Méta : Le titre de cette entrée est une référence à Galaxy Quest — possiblement le film le plus génial de tous les temps soit dit en passant, voyez-le si ce n'est pas déjà fait. ❧ Par ailleurs, ce qui suit a été rédigé de façon chaotique au fur et à mesure que les infos arrivaient et que mes idées changeaient, donc ce n'est pas très structuré et il est même possible que je me contredise d'un endroit à l'autre : tout est à prendre avec des pincettes encore plus grosses que d'habitude.
Mise à jour () : pour des réflexions un peu plus récentes de ma part sur ce variant ο, voir fil Twitter (25 tweets ; ici sur ThreadReaderApp). Pour un avis de personnes plus informé que moi et pour avoir au moins une note d'espoir (à prendre, à ce stade, avec des pincettes), voir ici une interview de François Balloux dans Intelligencer concernant l'Afrique du Sud, et ici un fil Twitter concernant l'interprétation de premières données du Royaume-Uni.
Alors voilà, il n'aura pas fallu une semaine après avoir
écrit le dernier billet, dans
lequel je me plaignais que cette pandémie ressemblait à une répétition
éternelle des mêmes événements, pour que SARS-CoV-2 nous
invente son dernier variant en date,
rapidement baptisé omicron
(ο)
par l'OMS, sautant en cela les lettres ν (sans doute
pour éviter que les gens fassent des jeux de mots en anglais
sur the nu variant / the new variant
) et ξ
(apparemment
pour éviter
le jeu de mot avec le nom du dirigeant chinois)
du code de l'effroi. Car oui, il
y a bien eu des
variants ε, ζ, η, θ, ι, κ, λ
et μ
même si vous n'en avez pas entendu parler parce qu'ils ont seulement
été classés sous surveillance
et pas préoccupants
.
Et préoccupante, la situation l'est certainement.
Je pense que ce serait une erreur de se dire bah, on en a déjà
vu douze, des variants
(certes, mais ce n'est que le cinquième à
être classé comme préoccupant
par l'OMS, et on ne
peut vraiment pas dire que δ n'ait pas été très important, il semble
qu'il soit responsable de centaines de milliers de morts en Inde).
Ni de toute façon, il est normal que, plus on progresse dans la
pandémie, donc plus le virus devient endémique, plus on voit de
variants se succéder, cela ne préjuge en rien de la gravité de la
situation
: ce dernier point est correct, les virus mutent, c'est
normal, c'est un peu le principe même, et ce fait n'est pas en
soi préoccupant (voir par
exemple cet
article, celui-ci ou
encore celui-là concernant d'autres coronavirus humains déjà
endémiques), mais on peut être plus ou moins chanceux dans
l'apparition des mutations. Ce que je veux dire, c'est que je
m'attendrais a priori à ce que les mutations successives
tendent à apporter de petites augmentations incrémentales de
la vitesse observée de transmission, tendant à un équilibre graduel
infection/immunité entre le virus et la population infectés ; je
m'attends à ce que les sauts considérables soient excessivement rares,
et d'autant plus rares que le temps passe (comme une forme
de recuit
simulé), et soit cette intuition est fausse, soit nous sommes
vraiment f✺cking malchanceux, parce qu'ici pas mal de signes suggèrent
que nous sommes (et c'est au moins la troisième fois après α et δ) en
présence d'une vitesse de transmission effective nettement accrue.
Et dans ce cas précis, il semble difficile d'échapper à la
conclusion que cette transmission accrue est au moins en partie liée à
une évasion immunitaire (ce qui est doublement préoccupant) : d'une
part, il semble qu'on ait un certain nombre de raisons génétiques
directes de le craindre (cf. les liens deux paragraphes plus bas),
mais d'autre part, il semble difficile à ce stade, dans une population
largement immunisée par le passage du variant δ d'expliquer une
transmission élevée sans postuler au moins une partie d'évasion
immunitaire — i.e., ce n'est pas tant que la nouvelle forme est plus
contagieuse, c'est que l'ancienne l'est moins parce qu'on est déjà en
partie immunisés contre elle, et que cette immunité ne vaut pas aussi
bien contre la nouvelle. (Déjà les calculs que certains ont fait
du R₀ du variant δ du genre il est 80% plus contagieux
que le variant α qui est lui-même 80% plus contagieux que la forme
ancestrale qui avait un R₀ de 2.5, donc R₀ de
8
sont
de la connerie, mais là si on pense que le variant ο est quelque
chose comme 2.5 fois plus contagieux que δ on arrive à
un R₀ de 20, et il faut s'arrêter un moment pour se dire
que c'est juste totalement absurde de penser que dans une population
naïve chaque personne en contaminerait en moyenne 20 autres ! Ces
calculs sont de la pure bouillie intellectuelle ; mais du coup, il est
difficile de ne pas invoquer au moins une part d'évasion immunitaire
pour expliquer la conclusion.)
Encore une fois, on s'attend à ce que ce genre de choses se produise, cela fait partie du processus normal d'endémisation, d'ailleurs je l'évoquais la semaine dernière : même vaccinés, nous allons tous attraper la covid un jour ou un autre, et même de façon répétée au cours de notre vie, par oubli immunitaire et/ou mutation du virus ; mais je m'attendais à quelque chose de nettement plus… graduel.
Pour ceux qui veulent des précisions scientifiques, parce qu'ils ne faut pas compter sur les journalistes pour en donner, ce fil Twitter du virologue Trevor Bredford est fort intéressant quant à la datation du clade (21K / B.1.1.529) dont on parle. (Voir aussi cette suite sur la transmissibilité.) J'attire notamment l'attention sur la double observation que les séquences phylogénétiquement les plus proches répertoriées datent de mi-2020 (donc antérieurement à l'apparition des variants α et δ) et que pourtant le rapprochement des branches suggère le clade semble être apparu autour du , ce qui suggère une évolution chez un individu (ou alors il faudrait imaginer un groupe d'individus qui non seulement ne serait pas séquencé mais même n'aurait eu aucun contact avec le monde extérieur entre mi-2020 et octobre 2021, ce qui semble hautement invraisemblable). Le détail des mutations observées et leur signification conjecturée est listé ici. (Ce message signale aussi, ce qui est intéressant, l'insertion d'une séquence probablement d'origine humaine au niveau N-terminal.)
Bref, j'espère ne pas tellement avoir été du genre à crier au loup pendant cette pandémie (et je ne crois en tout cas pas avoir été de ceux qui font commerce de leurs angoisses), mais je suis inquiet. (J'écris d'ailleurs ce billet pour me forcer à rationaliser un peu cette inquiétude en la mettant en mots, parce que j'étais retombé sur un cycle d'angoisse assez semblable à celui du début de cette pandémie où je vais à peu près bien dans la journée, j'ai une grosse montée d'angoisse au moment du dîner, ça retombe un peu au moment de me coucher, et je me réveille pendant la nuit en ruminant, ce qui s'ajoute à des difficultés à dormir que j'avais déjà.)
À ce stade, le nombre de reproduction effectif du covid en Afrique du Sud, désormais presque exclusivement causé par le variant ο, a l'air de tourner autour de 2 à 2.5 (chiffre à prendre avec énormément de pincettes, cf. ci-dessous), ce qui est tout de même bien élevé, et comparable à ce qui était observé début mars 2020. Ce qui ne veut pas dire que je pense que telle ou telle réaction des autorités s'impose (fermer les frontières, faire un confinement <U+1F644 FACE WITH ROLLING EYES>, que sais-je encore), parfois la plus sage réaction est d'attendre que l'orage vienne et passe et d'accepter qu'on n'y peut rien, je vais y revenir ; mais au niveau individuel on peut éventuellement se préparer mentalement et organisationnellement à ce que nos vies soient de nouveau perturbées dans une poignée de mois.
On peut, donc, légitimement s'inquiéter que le variant ο ait pour effet de nous ramener dans une situation proche de ce qu'était la pandémie au tournant 2019–2020 (c'est-à-dire qu'on soit face à un virus qui, même dans les populations largement immunisées — par une combinaison quelconque de l'infection préalable et de la vaccination — se reproduit aussi vite que le SARS-CoV-2 d'origine lors de la première vague), comme si omicron-19 était un gadget qui nous ramène dans le temps à ce moment-là, ou comme une marmotte démoniaque qui voit son ombre et nous offre un an de pandémie supplémentaire.
Le pire n'est jamais certain, bien sûr, et il n'est même pas le plus probable. Pour commencer, les calculs de vitesse de reproduction sur la base de données très fragmentaires (et qui ont d'ailleurs eu un bug) ne valent vraiment pas grand-chose, surtout qu'elles se placent dans un contexte où, justement, il ne se passait pas grand-chose en Afrique du Sud. On a constaté avec les variants précédents que l'avantage de transmission observé avait tendance à chuter rapidement avec le temps et j'ai déjà fait remarquer que cela pouvait par exemple d'expliquer par une hétérogénéité de susceptibilité (cf. ce fil pour d'autres commentaires ou explications possibles). Certains variants n'ont eu (pour des raisons pas toujours très claires) qu'une extension géographique limitée, mais là, franchement, je ne compterais pas du tout dessus.
D'autre part, on ne sait pas grand-chose sur la capacité pathogène et la létalité de ce nouveau variant ο : ce n'est pas du tout parce qu'il est plus transmissible et/ou qu'il échappe à l'immunité préexistante qu'il est forcément plus pathogène. Il faut distinguer — même si cette distinction est elle-même simpliste — l'immunité stérilisante, c'est-à-dire la protection contre l'apparition d'une infection, et l'immunité protectrice, c'est-à-dire la protection contre les formes graves de la maladie. Le fait que le variant échappe partiellement ou même largement à l'immunité stérilisante n'implique pas que les personnes vaccinées ou immunisés par d'autres variants ne seront pas protégées au moins contre les formes graves de la maladie. (Cet article de The Atlantic me semble expliquer assez bien les choses pour le grand public.)
(Rappelons quand même — même si on aurait tort de trop tirer de conclusions de cette idée sommaire — que le « but » du virus n'est pas de tuer son hôte ni même de le rendre malade, c'est de faire des nouvelles copies de lui-même. Et dans la mesure où les gens qui ont des symptômes vont s'isoler un peu mieux que les gens qui n'en ont pas, il existe au moins une pression sélective — certes pas énorme — sur le virus pour causer le moins de symptômes possibles. Ceci ne joue probablement pas un rôle énorme pour expliquer pourquoi SARS-CoV-2 apparaît comme plus pathogène que les HCoV déjà endémiques, la différence principale est que nous sommes encore assez naïfs vis-à-vis de l'un alors que nous attrapons les autres quand nous sommes jeunes, mais il est possible que ça joue au moins un peu : pas vraiment pour dire que le virus va muter pour devenir moins pathogène, mais au moins pour dire que dans la mesure où le virus mute pour échapper à l'immunité, ce qui est favorisé c'est d'échapper à l'immunité stérilisante, pas de provoquer des maladies graves.)
Le pire n'est jamais certain, donc, mais il est tout à fait possible, et même désagréablement plausible. J'ai peut-être tort, et je dis ça sans argument scientifique (je n'ai cessé de dire que ceux qui prétendent pouvoir prédire l'avenir de la pandémie sont des charlatans), mais je suis nettement plus inquiet de l'apparition de ce variant précis que de la hausse hivernale actuelle des cas en Europe. Disons au minimum que je suis assez convaincu qu'il y aura encore une vague due au variant ο, sans doute dans deux ou trois mois, et je soupçonne que selon à peu près n'importe quelle métrique elle sera plus importante que celle qui se déroule en ce moment.
Tout le monde se demande, bien sûr, quel sera l'impact du variant ο pour les personnes vaccinées par les vaccins actuels (donc développés contre la forme ancestrale) ou bien immunisés par infection par un variant antérieur. Et bien sûr on n'en sait pas grand-chose. Mais je veux surtout souligner (je me répète) qu'il y a deux questions bien distinctes concernant la protection conférée par l'immunité préexistante : celle de la protection contre l'infection (dans des circonstances infectieuses données), ou immunité stérilisante, et celle de la protection contre les formes graves (ou la mortalité) en cas d'infection, ou immunité protectrice. Ou même trois : protection contre l'infection, protection contre l'apparition de symptômes quelconques en cas d'infection, et protection contre les formes graves en cas d'apparition de symptômes. Même en l'état actuel, je veux dire, sur les variants qui circulent largement, on sait assez mal répartir ces facteurs (notamment parce que, presque par définition, on ne sait pas quel est le nombre des infections asymptomatiques) : donc on ne saura pas avant longtemps, voire jamais, ou seulement très grossièrement, quelle sera l'éventuelle diminution de ces protections dans le cas du variant ο. Cela n'empêchera pas des chiffres d'être avancés, qui ne voudront rien dire parce qu'ils ne diront jamais clairement de quelle (baisse d')efficacité il s'agit. Caveat préemptif, donc.
Si une transmission accrue suggère une baisse de l'immunité stérilisante (protection contre l'infection) conférée par infection par une forme antérieure ou vaccination, cela ne dit rien, ou pas grand-chose, sur la protection contre les formes graves en cas d'infection (et notamment, la létalité). Il y a vaguement des raisons de penser qu'elle serait moins affectée : les coronavirus de rhume déjà endémique n'arrêtent pas d'évoluer pour échapper à notre immunité, ils arrivent effectivement à nous réinfecter de temps en temps, et pourtant ils ne causent des maladies graves que chez des personnes très affaiblies ; ceci s'explique sans doute par le fait qu'il est beaucoup plus difficile pour le système immunitaire partiellement-mais-non-parfaitement formé contre l'agent infectieux d'arrêter l'infection immédiatement que de déployer une réaction suffisante pour l'arrêter ultérieurement (mais sans dommage sérieux pour l'organisme) ; cela s'explique sans doute aussi, notamment, par le rôle joué par les lymphocytes T qui sont moins sélectifs que les anticorps.
On entend déjà des messages rassurants concernant les symptômes présentés par le variant ο au moins chez les personnes vaccinées (voir aussi ici), mais il faut souligner qu'à ce stade ces chiffres sont assez dénués de signification (disons qu'ils suggèrent juste que ce n'est pas la pire catastrophe possible). Le covid a déjà une létalité très basse même chez les personnes non vaccinées, extrêmement basse chez les personnes vaccinées, donc forcément il faut beaucoup de données pour distinguer entre 0.3% ou 0.1% ou 0.05% de létalité, et on est loin d'avoir ça à ce stade.
Quelque grande que soit l'incertitude concernant le comportement du
variant lui-même, une chose était bien prévisible, c'étaient les
réactions face à son annonce. À commencer par fermer les frontières,
ce qui est parfaitement idiot parce qu'à moins d'être un cinglé qui va
croire au zéro omicron
comme certains ont pu s'obstiner à
croire au zéro covid
, on sait très bien que le variant va se
répandre sur toute la planète, et au mieux on peut gagner quelques
jours, ce qui a éventuellement un intérêt si on sait quoi
faire de ces quelques jours gagnés, mais je n'ai vu aucune
proposition pertinente dans ce sens (s'il s'agit de développer de
nouveaux vaccins ça ne suffit pas, cf. ci-dessous, et s'il s'agit de
vacciner plus de gens avec les vaccins existants, mieux vaut chercher
à vacciner plus vite). L'effet néfaste de fermer les frontières, en
revanche, c'est de désinciter les pays qui découvrent de nouveaux
variants à communiquer cette découverte, et plus généralement de
désinciter à la transparence.
Il était aussi prévisible que des gens pointent du doigt la vaccination insuffisante en Afrique du Sud et tiennent cette insuffisance pour responsable de l'émergence de ce nouveau variant, et/ou accusent les états occidentaux d'être responsables de ce manque de vaccin en accaparant toutes les doses pour eux. Je sympathise assez avec ces deux idées, mais en l'espèce, c'est assez faux. D'abord, je suis assez peu convaincu par l'idée que la vaccination nous protège de l'apparition de variants (à la limite, on pourrait même penser qu'elle va la favoriser par recherche d'évasion immunitaire des anticorps induits par la vaccination) : le nombre de générations de virus (donc de mutations possiblement accumulées) ne dépend en gros que du temps, pas de la circulation de celui-ci, et le nombre de personnes infectées (donc de mutations tentées) va de toute façon être grosso modo quelques dixièmes de la population de la Terre, sauf à avoir une politique de vaccination tellement efficace qu'elle est invraisemblable je ne crois pas qu'on puisse gagner tant que ça (ce qu'on gagne surtout en vaccinant, c'est sur la létalité, en protégeant en premier les personnes les plus vulnérables). Et en l'occurrence, si ce que j'ai cité plus haut de Trevor Bredford est correct, il est plausible que la mutation soit apparue chez une personne immunodéprimée traitée par anticorps, donc la conclusion à tirer serait plutôt qu'il faut faire très attention à surveiller ce genre de situation. Quant à l'équité vaccinale, c'est indubitablement un problème en Afrique, mais pas spécifiquement en Afrique du Sud, qui a plutôt plus de vaccins que de gens qui acceptent de se le faire injecter.
Je ne crois pas, à vrai dire, qu'il y ait de leçon ou de morale intéressante à tirer de cette émergence d'un nouveau variant. Les zérocovidiens pourront toujours essayer de dire (et certainement ils vont le faire, du moins ceux qui restent) que si on les avait écoutés on serait dans un monde merveilleux sans covid donc sans variants, plein de petits oiseaux qui chantent et de liberté, ils sont à peu près aussi crédibles que si on prônait carrément le zéro maladie (pourquoi s'arrêter à la covid ?) : depuis que même la Nouvelle-Zélande et l'Australie ont dû abandonner le fantasme du zéro covid (et certainement démontré que ça n'apportait pas du tout la fin promise des confinements), il est clair que ça ne pouvait éventuellement marcher que si le monde entier se coordonnait là-dessus (et bon courage pour faire appliquer de la République centrafricaine à l'Afghanistan et du Venezuela au Bélarus les mêmes règles qu'en Nouvelle-Zélande !).
Il y aura inévitablement des gens qui appelleront à encore un confinement, coincés sur des solutions qui n'ont jamais fait leurs preuves, dans leur fantasme du confinement de 2020 (à leurs yeux le seul, le vrai), et insensibles au fait qu'ils sont incapables d'expliquer d'où viendrait la fin de la ronde infernale des confinements. Peut-être diront-ils que c'est juste un petit confinement le temps de « mettre à jour » le vaccin ? Le temps de mettre à jour le vaccin est peut-être bien plus court que celui de son développement initial, il reste insupportablement long quand on lui adjoint le temps de faire de nouveaux essais cliniques et le temps d'injecter ces nouvelles doses, quand bien même on arriverait à convaincre tout le monde de se faire injecter une quatrième dose spéciale variant ο : bon courage pour confiner le pays en attendant. J'aimerais bien croire que le gouvernement tirera les leçons de la Guadeloupe et comprendra qu'il n'est pas bon de vouloir tout diriger avec un gros bâton policier au lieu de chercher à établir ou rétablir un lien de confiance entre population et autorités sanitaires ; mais j'ai à vrai dire peu d'espoir à ce sujet : j'ai juste un vague espoir que l'approche des échéances électorales leur fasse hésiter un peu plus avant de reproduire certaines des plus grandes conneries des épisodes précédents de la pandémie. Nous verrons.
Mes propositions à moi sont toujours essentiellement les mêmes : il
s'agit d'être parfaitement transparent sur ce que le vaccin offrira
comme protection (donc probablement quelque chose comme il diminue
considérablement les chances de contracter une forme grave de la
maladie, surtout avec trois doses, mais ne les élimine pas
complètement ; en revanche, son efficacité sur la transmission est
nettement plus limitée, et il faut faire avec
— si les
spéculations ci-dessus sont correctes), et en même temps d'offrir aux
personnes les plus vulnérables des moyens sérieux pour se protéger
elles-mêmes (je renvoie à ce sujet à ce que j'avais écrit sur
le confinement volontaire, qui me
semble tout à fait d'actualité si le variant ο apporte effectivement
une nouvelle vague comparable à celle de mars–avril 2020) et de les
inciter à en profiter, tout en permettant aux personnes peu à risque
de mener une vie normale. Qu'on incite les gens à se faire vacciner
est très bien, et pourquoi pas avec trois doses si cela améliore
l'efficacité, mais il faut se rendre compte que quand on a déjà 90% de
la population adulte vaccinée et la majorité des ≥75 ans avec trois
doses, on peut peut-être faire encore un petit peu mieux en donnant
trois doses à tout le monde, mais on touche vraiment aux limites de
l'exercice et le rendement décroissant ne justifie sans doute plus de
continuer à jouer du bâton et de continuer à alimenter la défiance et
le complotisme en voulant absolument forcer le bras des réfractaires
avec des avatars protéiformes du pass sanitaire.
Finalement, il faut aussi que la société accepte d'arrêter son
obsession insensée sur le taux d'incidence et que s'il monte à,
disons, 2500/sem/10⁵ (ce qui n'est sans doute pas extraordinaire pour
une maladie saisonnière assez contagieuse), on ne pousse pas des cris
en disant 200 000 tests positifs dans la journée !!! du jamais vu
depuis le début de la pandémie !!!
— et là j'ai l'impression qu'on
n'est pas encore mûrs pour ça.