David Madore's WebLog: Introduction à la classification DRECOFGE du vivant

[Index of all entries / Index de toutes les entréesLatest entries / Dernières entréesXML (RSS 1.0) • Recent comments / Commentaires récents]

↓Entry #2717 [older| permalink|newer] / ↓Entrée #2717 [précédente| permalien|suivante] ↓

(mercredi)

Introduction à la classification DRECOFGE du vivant

Je voudrais tenter de faire un peu de vulgarisation scientifique sur un sujet dont je ne suis pas du tout spécialiste, en l'occurrence la classification DRECOFGE du vivant, et même si je n'ai pas grand-chose à dire à part qu'elle existe (ce qui ne va pas m'empêcher de mettre environ 6000 mots à dire qu'elle existe), parce que je pense que ça fait partie de la culture scientifique élémentaire que tout le monde devrait avoir (disons, du même ordre qu'avoir entendu parler de la première guerre mondiale a même si on n'a pas fait d'études d'histoire), et parce que c'est quelque chose que mon papa m'a raconté quand j'étais petit (même s'il est avéré que ses connaissances sur le sujet étaient déjà datées à l'époque) entre deux conversations sur les maths ou la physique, alors pourquoi ne pas en reparler à mon tour. (Bien sûr, tout est sur Wikipédia, mais pas forcément expliqué de façon terriblement pédagogique.) Et je veux renier, voire expier, ce que j'ai écrit dans cette vieille entrée. Bon, après, j'ai un but secondaire caché, qui est que je vais certainement écrire des bêtises et que des gens plus compétents viendront me corriger, et comme ça j'apprendrai des choses.

Il s'agit, donc, d'un système de classification des êtres vivants en groupes ou taxa (pluriel de taxon), eux-mêmes organisés en une structure hiérarchique arborescente (c'est-à-dire que deux groupes sont toujours soit disjoints soit proprement inclus l'un dans l'autre, il ne peut rien y avoir à cheval entre deux groupes) dont les rangs (principaux) s'appellent séquentiellement : domaines (les plus gros groupes), règnes, embranchements, classes, ordres, familles, genres et espèces (les plus petits groupes, mais on discerne parfois des taxa encore plus petits au sein de l'espèce). Les mammifères, par exemple, sont une classe — c'est-à-dire un taxon de rang classe —, inclus dans l'embranchement des cordés, et qui contient lui-même divers ordres comme celui des primates.

L'origine du système remonte à la taxonomie créé par Carl von Linné (Linnæus) dans son Système de la nature en 1735–1758, surtout sa classification du règne animal (son organisation des espèces végétales n'a pas survécu dans sa structure, et l'idée de classifier le « règne minéral » selon le même système a été vite abandonnée). C'est pour ça qu'on parle aussi de classification de Linné, même si Linné n'utilisait que cinq des huit degrés classiquement reconnus de nos jours : ce n'est que plus tard (je ne sais pas quand) qu'on a jugé bon d'intercaler le rang de famille entre ordres et genres, et le rang d'embranchement entre règnes et classes, et encore plus tard le rang de domaine qui relève, il est vrai, plus de la théorie phylogénétique que de la classification. On parle aussi de classification de Linné pour le nom scientifique binomial (genre+espèce) ou abusivement nom latin des espèces, qui est quelque chose d'un peu différent de la classification DRECOFGE, mais je vais y revenir.

L'idéal, au moins l'idéal moderne, de la classification serait de refléter une véritable relation de parenté entre les êtres vivants, c'est-à-dire d'être phylogénétique : l'arbre phylogénétique, c'est l'arbre généalogique des espèces vivantes, indiquant la manière dont chacune s'est séparée de son groupe parent (et idéalement, à quel moment de l'évolution). On appelle clade ou groupe monophylétique un groupe d'êtres vivants qui descendent d'un individu unique (enfin, ça c'est une théorie un peu impossible, mais disons, d'un nombre extrêmement réduit d'individus) : l'idéal serait que chaque taxon de la classification fût un clade, et que la hiérarchie taxonomique reflétât exactement l'arbre phylogénétique (par exemple, chaque famille devrait correspondre à la descendance d'un couple — ou en tout cas d'un tout petit nombre — de parents originels, parmi laquelle descendance on aurait les parents originels de chaque genre de la famille, et ainsi de suite à chaque degré). ❧ Il peut cependant y avoir des raisons de mettre un peu d'eau dans le vin de la phylogénie stricte et d'avoir des taxa qui ne sont pas des clades : une entorse vénielle à la cladistique consiste à constituer un groupe de tous les descendants de X sauf ceux de Y, typiquement parce que ces derniers ont divergé plus significativement que les autres et qu'il est donc commode de les ranger à part, on parle alors de groupe paraphylétique pour ceux qui restent (il s'agit donc d'un clade moins un autre, ou moins un petit nombre d'autres) ; une entorse plus sérieuse consiste à regrouper plusieurs clades différents dans un même groupe, simplement à cause d'une ressemblance (évolution convergente), et on parle alors de groupe polyphylétique. ❧ La raison la plus évidente pour laquelle la taxonomie dévierait de la phylogénie est simplement qu'on est ignorant de la phylogénie exacte : reconstituer l'arbre généalogique du vivant est difficile, même en disposant des techniques d'analyse génétique, on en est réduit à faire des conjectures, parfois fausses, ou à ne même pas faire de conjectures et à regrouper les espèces selon des caractères purement descriptifs qui peuvent avoir évolué de façon indépendante. (À la base de l'arbre, une raison encore plus profonde est que l'arbre phylogénétique n'est pas vraiment un arbre, il y a des transferts horizontaux de matériau génétique ou des relations d'endosymbiose qui font qu'on ne peut plus forcément définir une relation de parenté nette entre les êtres vivants unicellulaires.) Mais il peut aussi y avoir des raisons plus pragmatiques de s'écarter de la phylogénie, du genre on sait très bien que ce groupe n'est pas monophylétique, mais on ne sait pas très bien comment le réorganiser, ou le réorganiser impliquerait des changements trop pénibles par rapport à la taxonomie en usage standard. De toute façon, il n'y a pas assez des huit rangs de la classification DRECOFGE, même si on peut toujours ajouter des sous-machin et des super-bidule et inventer quelques autres mots, pour refléter l'arbre phylogénétique vrai qui, par nature, est essentiellement binaire (quand un groupe se sépare, c'est essentiellement en deux, même s'il se sépare plusieurs fois il y a un ordre chronologique de spéciation), ce qui implique d'avoir au minimum 23 degrés si on veut organiser neuf million d'espèces. Pour les bactéries, je crois que toute prétention à la phylogénie est abandonnée, et la taxonomie est purement descriptive (et souvent selon des critères utiles à la médecine).

Par ailleurs, quand bien même on aurait accès à l'arbre phylogénétique exact, ça ne dit toujours pas à quel niveau dessus on doit décider qu'un groupe porterait le nom de règne, d'embranchement, de classe, d'ordre, de famille, de genre et d'espèce : en quoi les bourdons (genre Bombus), par exemple, ont-ils le même degré de parenté entre eux que les agrumes (genre Citrus) pour mériter qu'on considère que les uns et les autres constituent un genre ? pourquoi les agrumes ne seraient-ils pas plutôt une famille ? tout ça est scientifiquement assez arbitraire ; mais pour être arbitraire, ce n'en est pas moins assez pratique pour ranger les choses de façon à s'y retrouver un peu.

Comme on s'y attend d'une classification portant une certaine part d'arbitraire, et dont la partie non-arbitraire (c'est-à-dire la phylogénie) est très incertaine et peut donner lieu à des découvertes à tout moment, il y a beaucoup de changements et de réorganisations, et comme il n'y a pas, ou pas vraiment, d'autorité centrale sur la classification, tout le monde n'a pas le même avis sur tout. Ajoutons que l'unité de base de la classification, l'espèce, n'est elle-même pas toujours claire (cf. ci-dessous). Et que les mêmes principes de classification ne vont pas s'appliquer uniformément quand on classifie des bactéries que des mammifères. Et que si c'est une chose déjà difficile de classifier les espèces vivantes existantes, que dire de toutes les espèces maintenant éteintes dont on n'a que quelques traces fossiles et qui viennent forcément bousculer les limites de la classification puisqu'elles réalisent justement un continuum entre chaque espèce et sa parente. Néanmoins, la classification ne marche quand même pas mal, marche même étonnamment bien à mes yeux, pour un sujet aussi complexe que la classification de tout le b****l de monde vivant sur Terre.

L'unité de base, donc, c'est l'espèce (même si on peut chercher à définir des choses à l'intérieur d'une espèce : sous-espèces, variétés, formes ; et quand l'homme met sa main dans l'histoire : races, cultivars). Elle est déjà notoirement difficile à délimiter. La définition qu'on m'a donnée au collège-lycée est quelque chose comme : une espèce, c'est un ensemble d'êtres vivants capables de se reproduire ensemble et dont la descendance est fertile. (Donc, un chat et un chien n'appartiennent pas à la même espèce parce qu'on ne peut pas les croiser, alors qu'un berger allemand et un husky le sont.) Déjà on sent une certaine gêne dans cette définition : la clause et dont la descendance est fertile est destinée à éviter que le cheval et l'âne soient considérés comme la même espèce, leurs descendants le mulet et le bardot étant stériles, mais c'est un peu un bricolage. Les cas douteux ou discutables sont faciles à trouver. Mais de toute façon, il me semble que la définition se focalise sur la mauvaise question : le problème n'est pas de savoir si les individus de tel et tel groupe sont capables de se reproduire ensemble, mais s'ils le font effectivement et s'il existe des populations séparées qui maintiennent une identité distincte et entre lesquelles le brassage génétique est insuffisant pour propager des mutations : si c'est le cas, on a affaire, sinon à des espèces distinctes, au moins à des populations en train de devenir des espèces distinctes. À titre d'exemple, la corneille noire (Corvus corone) et la corneille mantelée (C. cornix) peuvent s'hybrider, et leur descendance est fertile, elle est simplement moins fertile, ce qui fait que les populations des deux groupes restent distinctes et il est raisonnable, quoique certainement pas indiscutable, de les qualifier d'espèces séparées. Il en va de même des différentes sortes d'agrumes (genre Citrus) qui sont toutes plus ou moins interfertiles (et la quasi-totalité des agrumes cultivés que nous mangeons sont des hybrides entre des espèces sauvages distinctes) mais qu'on peut raisonnablement considérer comme des espèces différentes, parce que même si elles peuvent s'hybrider, et même si elles le font naturellement, les populations sauvages ont une identité stable.

Une autre question bien épineuse est celle de savoir si la domestication définit une nouvelle espèce ou simplement une sous-espèce de l'espèce sauvage dont elle est issue (et qui est d'ailleurs parfois difficile à retrouver exactement, comme pour la chèvre, ou éteinte, comme pour la vache) ; comme il peut y avoir plusieurs événements de domestication, que les individus domestiqués peuvent retourner à l'état sauvage ou féral (le cas le plus manifeste étant le pigeon biset qui peuple nos villes), et éventuellement se réhybrider avec la population sauvage d'origine, ou parfois donner une sous-espèce assez clairement identifiable (comme le dingo, Canis lupus dingo, descendant de loups domestiqués sous forme de chiens et revenus à l'état sauvage), la question est véritablement difficile à trancher. Linné faisait des animaux domestiqués des espèces à part, mais je crois que la tendance de nos jours est plutôt de les considérer comme des sous-espèces de l'espèce sauvage : le nom d'espèce utilisé est alors le nom de l'espèce sauvage, auquel on ajoute éventuellement un nom de sous-espèce qui serait celui de l'espèce domestiquée si on la considère comme espèce à part entière (Canis lupus désigne le loup, Canis lupus familiaris le chien domestique considéré comme sous-espèce du loup, et Canis familiaris le chien domestique si on le voit comme espèce séparée).

De toute façon, il est clair que quelle que soit la définition choisie d'espèce il y aura des cas tangents ou litigieux. Si deux groupes d'individus vivent à des endroits géographiquement bien distincts et sans contacts, restant théoriquement capables de s'interféconder, mais sans jamais le faire parce qu'ils sont séparés, on a affaire à un début de spéciation : il faudrait savoir l'avenir pour savoir si les groupes resteront séparés assez longtemps pour perdre leur caractère interfertile ou s'ils redeviendront un seul groupe. On peut parler de sous-espèce pour des groupes qui développent des caractéristiques identifiables, mais qui continuent à se mélanger entre eux : mais la frontière sera forcément ténue entre espèce à part et sous-espèce identifiable. Concernant la géographie, il y a le cas fascinant des espèces en anneau (variations clinales) où en tournant géographiquement autour d'un lieu inaccessible (p.ex., le pôle nord) on a des populations interfertiles de proche en proche mais qui ne sont plus interfertiles après un tour complet (autrement dit, ce n'est pas parce que X₁ est de la même espèce que X₂ qui est de la même espèce que X₃, etc. jusqu'à Xn que pour autant X₁ est de la même espèce que Xn). Et de toute façon, le mot interfertile suppose une reproduction sexuée, mais il y a plein d'organismes dont la reproduction est soit possiblement, soit exclusivement asexuée. (On pense aux bactéries, évidemment, mais aussi aux ronces qui bien que capables de reproduction sexuée comme plantes à fleurs, colonisent le terrain surtout par marcottage et drageonnage et développent des micro-espèces au sein de l'espèce agrégée Rubus fruticosus.)

Peut-être que quand on enseigne le concept d'espèce dans les collèges et lycées, au lieu de prétendre donner une définition propre et nette sur la base de l'interfertilité, il faut plutôt mettre l'accent sur le fait que le monde vivant ne se plie pas à notre volonté de le ranger dans des petites définitions bien nettes et que la définition d'espèce comporte forcément une part de cas litigieux, donc d'arbitraire. (Comme, en linguistique, il est très délicat de définir ce qu'est une langue et un dialecte, malgré des tentatives à partir de la notation d'intercompréhension.) Je ne sais pas si c'est le cas. Je crois qu'on m'a dit du bien du documentaire Espèces d'espèces qui porte justement, entre autres, sur la difficulté de classifier et d'organiser le vivant, mais comme d'habitude avec ce genre de documentaires, c'est du boulot largement perdu parce qu'ils sont impossibles à trouver sauf quand une chaîne de télé décide de les diffuser, en tout cas, je n'ai pas pu le voir.

Ceci étant dit sur la notion d'espèce, quels sont les différents rangs de la classification DRECOFGE, et à quoi correspondent-ils ? On peut bien sûr se contenter de dire qu'ils sont ce qu'ils sont, totalement arbitraires, qu'il n'y a que leur hiérarchie qui ait un sens, mais c'est quand même un peu comme les grades militaires : on ne peut peut-être pas définir exactement ce qu'est un capitaine à part que c'est au-dessus d'un lieutenant et en-dessous d'un colonel, mais on peut quand même essayer de donner quelques idées sur ce que fait un capitaine et combien de personnes il commande. (Si j'étais patient, je récupérerais un dump de Wikispecies et je calculerais je nombre de bits d'information apporté par chaque degré de la classification vers l'identification d'une espèce, ce serait au moins un élément quantitatif intéressant. Mais je suis flemmard donc je n'ai pas fait ce calcul. Peut-être quelqu'un d'autre l'a-t-il fait ?)

  • Le domaine (parfois appelé super-règne ou quelque chose comme ça) est le taxon le plus vaste qui soit. Il n'y a que trois domaines identifiés du vivant (si on exclut les virus dont le caractère vivant est discutable) : les bactéries, les archées et les eukaryotes. Tous les organismes multicellulaires complexes (notamment les végétaux et les animaux) sont du domaine des eukaryotes, et beaucoup ce que je vais dire ci-dessous de la classification concerne, en fait, uniquement ce domaine-là.
  • Le règne était le taxon le plus vaste avant qu'on n'introduise la notion de domaine au-dessus de lui pour rendre compte des progrès de connaissance en phylogénie de la base de l'arbre du vivant. Les trois règnes pluricellulaires évidents du domaine eukaryote sont les végétaux, les champignons et les animaux, auxquels il faut ajouter les protistes unicellulaires. Mais la classification en règnes n'est pas évidente : on a traditionnellement rattaché les champignons aux végétaux, mais phylogénétiquement ils sont plutôt proches des animaux (les deux appartenant au clade des opisthocontes) ; et il y a des organismes qu'on ne sait pas bien à quel règne attacher (p.ex., les mycétozoaires, plus connus sous le nom de blobs ou slime molds en anglais).
  • L'embranchement, que dans le règne végétal on appelle justement division, est la plus grande division du règne. Chez les animaux, les trois embranchements les plus connus du grand public (les plus facilement visibles et identifiables, disons) sont probablement les arthropodes (p.ex., les insectes et les araignées), les mollusques (p.ex., les escargots ou les poulpes) et évidemment les cordés (p.ex., nous). Mais il y en a beaucoup d'autres (dont plusieurs embranchements dont les individus ont la forme de vers : annélides, nématodes…). Dans le règne végétal, comme Linné n'a pas bien fait son travail, il n'est pas clair quel rang précis doit être considéré comme analogue à celui d'embranchement chez les animaux ; la grande majorité des plantes terrestres que nous avons en tête en disant plante sont des trachéophytes ; au sein des trachéophytes on a par exemple les ptéridophytes (la plupart des fougères) et les spermatophytes (anciennement appelées phanérogames : les plantes produisant des graines), et au sein même de ces dernières, on distingue notamment les angiospermes (ou magnoliophytes : plantes à fleurs), les pinophytes (ou conifères) et les ginkgophytes (dont la seule espèce vivante est le Ginkgo biloba) ; il n'est pas clair, donc, au moins pour moi, quel niveau parmi ces trois groupes imbriqués (trachéophytes ⊃ spermatophytes ⊃ angiospermes) mérite de recevoir le nom d'embranchement/division.
  • La classe était le niveau au-dessous du règne dans la classification animale de Linné (l'embranchement a été introduit après coup). Du coup, il s'agit de groupes parfois bien identifiables. Quelques classes d'animaux bien connues sont : les arachnides et les insectes (au sein de l'embranchement des arthropodes), les bivalves et les gastéropodes (au sein de l'embranchement des mollusques), les mammifères et les oiseaux (au sein de l'embranchement des cordés). Mais dès qu'on y regarde de plus près, les choses sont plus problématiques. Les reptiles, notamment, sont historiquement considérés comme une classe, mais ils sont en fait un groupe paraphylétique correspondant soit aux sauropsides moins les oiseaux, soit même à l'ensemble des amniotes moins oiseaux et mammifères ; c'est-à-dire que les sauropsides et les amniotes sont des clades, le second étant plus large (c'est-à-dire plus ancien) que le premier, mais les reptiles ne sont pas un clade, c'est juste ce qui reste d'un clade quand on a retiré ce qu'on a voulu classer à part, et c'est souvent la situation à laquelle on aboutit quand un groupe a divergé de façon plus significative d'un groupe parent : reste à décider si c'est un problème sérieux ou pas, et si oui, comment réorganiser la classification. Chez les végétaux, comme pour le rang d'embranchement, on ne sait pas trop ce qui se place au niveau de classe : les eudicotylédones et monocotylédones sont des taxa importants des angiospermes se situant quelque part entre le rang d'embranchement et le rang d'ordre, mais ils ont plutôt l'air d'être considérés comme des super-ordres ; donc peut-être que les angiospermes doivent être considérés comme une classe ? bref, de nouveau, Linné n'a pas bien fait son boulot.
  • En gros au niveau de l'ordre et en tout cas des rangs inférieurs, la classification taxonomique prend une tournure un peu différente : plutôt que de fonctionner de façon analytique, c'est-à-dire en divisant le champ des possibles, les ordres et rangs inférieurs fonctionnent plutôt de façon synthétique, c'est-à-dire en rassemblant des espèces qui se ressemblent assez autour d'une espèce-type, ou plutôt d'un genre-type. Cela dépend des classes : chez les insectes, les ordres sont analytiques, en fonction de la structure des ailes (d'où des noms en -ptère), et d'ailleurs assez bien connus : hyménoptères (guêpes et abeilles), diptères (mouches et moustiques), coléoptères (scarabées), lépidoptères (papillons), etc. ; mais chez les oiseaux, les ordres sont organisés autour de genres-types : ansériformes (ordre des oies), colombiformes (ordre des pigeons), falconiformes (ordre des faucons), et surtout le grand ordre des passériformes (ordre des passereaux). Ces ordres organisés autour d'un genre-type ont souvent en zoologie des noms du style foobariformes (ordre des espèces qui ont la forme d'un foobar), au sein duquel on aura souvent une famille des foobaridés (famille des espèces qui ressemblent encore plus à un foobar), le tout organisé autour du genre-type Foobar. En botanique, les noms des ordres ressemblent plutôt à foobarales, et la notion d'espèce-type est moins claire. Quelques autres exemples d'ordres : dans la classe des mammifères, les primates (singes) et les artiodactyles (ruminants, chameaux, girafes, hippopotames, etc., auxquels il faudrait sans doute adjoindre les cétacés pour former un clade) ; et chez les plantes angiospermes, les rosales (ordre des roses, un grand ordre d'eudicotylédones) et les asparagales (ordre des asperges, un grand ordre de monocotylédones).
  • La famille, notion introduite postérieurement à Linné, est généralement organisée en rassemblant des espèces autour d'un genre-type. En zoologie, si le genre-type s'appelle Foobar, on aura normalement la famille des foobaridés. Si l'ordre est lui-même organisé organisé autour du même genre, s'appelant typiquement les foobariformes, alors la famille et l'ordre se font un peu doublon, c'est-à-dire que l'ordre des foobariformes contiendra une grosse famille des foobaridés, les autres espèces rattachées au niveau de l'ordre mais pas de la famille correspondant à des évolutions supposées plus anciennes ou plus nettement différenciées. Parfois, pour les espèces ressemblant encore plus au genre-type on distingue une sous-famille des foobarinés (la dénomination est automatique), cf. ci-dessous. En botanique, les noms des familles se terminent normalement en -acées (contre -idés en zoologie, donc). Beaucoup de groupes facilement identifiables du grand public sont des familles : les félidés par exemple (famille des chats et grands chats) dans l'ordre des carnivores dans la classe des mammifères, les bovidés (famille des ruminants : bovins, ovins, caprins, dont les bisons, gnous, mouflons, chamois ; mais aussi gazelles et antilopes) dans l'ordre des artiodactyles dans la classe des mammifères, les corvidés (famille des corbeaux) dans l'ordre des passériformes dans la classe des oiseaux, les apidés (abeilles) dans l'ordre des hyménoptères dans la classe des insectes ; ou encore les poacées (ou informellement graminées, la famille des herbes et céréales) dans l'ordre des poales (lequel contient aussi des choses comme les joncs) ou les rosacées (une énorme famille de plantes à fleurs — à cinq pétales — contenant non seulement les roses, mais aussi les ronces, les prunus, les amandiers, etc.).
  • Le genre est la première partie du nom binomial. Alors qu'il y a beaucoup de variabilité sur l'écriture ou le nom précis des degrés supérieurs (et même pour savoir si on doit utiliser un nom latin ou une version vulgaire), le genre et l'espèce sont écrits ensemble de façon archi-codifiée dans ce qu'on appelle le nom binomial, je vais y revenir. Notamment, le genre est censé s'écrire en italiques et avec une majuscule. Le genre correspond souvent aussi à la première partie d'un nom vernaculaire : par exemple le bourdon terrestre (Bombus terrestris), le bourdon des prés (B. pratorum), le bourdon des pierres (B. lapidarius) et le bourdon des champs (B. pascuorum) sont quatre espèces du genre Bombus donc on peut dire que c'est un bourdon est une bonne approximation de c'est un individu du genre Bombus. Un certain nombre d'espèces sont d'ailleurs familièrement nommés par leur genre, comme les prunus (arbres du genre Prunus des pruniers et cerisiers) ou les ficus (arbres du genre Ficus, peut-être à l'exception de ceux qu'on nomme par leur nom français de figuier).
  • Enfin, l'espèce, l'unité de base de la classification, est la seconde partie du nom binomial : on ne l'écrit jamais seule, mais toujours avec le nom du genre avant elle (éventuellement abrégé à son initiale). Le plus souvent, il lui correspond à un nom vernaculaire de la forme nom+adjectif ou nom+complément, et le nom correspond à peu près au genre et l'adjectif à l'espèce (mais il y a, bien sûr, plein d'exceptions ; seul le nom scientifique binomial est vraiment précis et formalisé).

Les huit degrés domaine–règne–embranchement–classe–ordre–famille–genre–espèce sont censés être toujours définis pour une espèce donnée (et encore, seulement en zoologie : en botanique, comme je l'ai signalé, l'embranchement et la classe varient furieusement selon les sources). Mais les classificateurs peuvent toujours en ajouter d'autres, au-dessus ou en-dessous, avec des noms comme super-* (super-ordre, super-famille, etc.) pour un degré au-dessus ou en sous-* (sous-ordre, sous-famille, etc.) pour un degré en-dessous (voire infra-* pour encore plus bas), et parfois aussi des termes ad hoc, dont le plus fréquent est la tribu qui se situe entre la famille et le genre, mais on voit passer des noms un peu fantaisistes comme section, cohorte, légion ou que sais-je encore. (Les degrés se comparent en comparant le terme principal avant le préfixe, c'est-à-dire qu'un super-ordre est plus petit qu'une infra-classe, par exemple, ou une super-tribu qu'une sous-famille.) C'est bien sûr quand on veut se rapprocher de l'arbre phylogénétique vrai qu'on est obligé de multiplier les degrés, puisque j'ai fait remarquer ci-dessus que pour classifier neuf millions d'espèces en un arbre binaire, il faut au minimum 23 degrés sur cet arbre.

J'ai aussi mentionné en passant qu'il peut y avoir des choses en-dessous de l'espèce : en zoologie il semble qu'on ne parle que de sous-espèce, mais en botanique on parle de variété en-dessous de l'espèce, et de forme en-dessous de la variété. (En zoologie, on cite le nom de la sous-espèce immédiatement après le nom binomial de l'espèce, ce qui donne un nom trinomial ; en botanique, comme plus de degrés sont possibles, il faut écrire explicitement subsp. pour spécifier la sous-espèce, var. pour une variété, f. pour une forme.) Il y a aussi, toujours en botanique, le cas particulier des espèces agrégées qui sont des groupes rassemblant plusieurs populations qui devraient sans doute être des espèces à part, mais qu'on n'arrive pas clairement à délimiter (par exemple les ronces, Rubus fruticosus), et qu'on peut subdiviser en micro-espèces si on tente d'isoler vraiment les populations formant une espèce (aux limites forcément discutables).

La combinaison genre+espèce est à part de tout le reste : elle forme ce qu'on appelle le nom binomial de l'espèce, et ceci est la manière standard d'identifier une espèce en biologie : même si tout le reste de la classification est sujet à débat, le nom binomial est soumis à des règles beaucoup plus strictes que le reste (je vais y revenir ; et cela ne signifie pas qu'il n'existe pas des synonymes). Il est censé être écrit en italiques avec une majuscule au genre (éventuellement abrégé à cette seule initiale, mais jamais complètement omis) et le nom complet de l'espèce sans majuscule. Contrairement aux noms des taxa de niveau famille et supérieur, qui peuvent être traduits ou transcrits (p.ex., bovidés plutôt que Bovidae), le nom binomial est donné exactement tel quel, tel que publié lors de la première description validement publiée de l'espèce, ne varietur ; il peut (devrait ?) être suivi d'une autorité de première publication, mais ignorons ça pour le moment.

Le nom binomial est parfois appelé dans le langage courant le nom latin de l'espèce. C'est un mauvais terme pour toutes sortes de raisons. D'abord, ce n'est généralement pas le nom de l'espèce en langue latine, pour la bonne raison que les Romains ne connaissaient pas l'immense majorité des espèces auxquelles on attribue un nom binomial ; et même quand ils la connaissaient, ils pouvaient utiliser plusieurs noms (par exemple ils n'avaient pas le même mot pour un bœuf, une vache, un taureau, etc., alors que le nom binomial, Bos primigenius ou Bos taurus selon qu'on le considère comme sous-espèce de l'auroch, est le même puisqu'il s'agit d'individus de la même espèce, peu importe que le mot taurus en latin désigne spécifiquement le mâle entier). Et en latin on n'est pas obligé d'écrire deux mots, typiquement nom+adjectif, comme pour le nom binomial d'une espèce qui est hautement codifié. De plus, le nom binomial est invariable et indéclinable, notamment au pluriel : on doit écrire j'ai vu des Bombus terrestris butiner les Lavandula spica devant chez moi et pas j'ai vu des bombi terrestres butiner les lavandulæ spicæ devant chez moi comme en bon latin. Bref, le nom binomial est un identifiant technique de l'espèce, qui s'avère emprunter à la langue latine, mais qui n'est pas le nom latin de l'espèce. (Il est cependant vrai que le nom binomial obéit à certaines règles de la grammaire latine, et notamment si le nom de l'espèce est une épithète, celle-ci doit s'accorder en genre grammatical avec le nom du genre taxonomique.)

Il y a des règles extrêmement complexes qui régissent toute cette nomenclature. L'esprit de ces règles est que la première personne qui publie la description d'une espèce en fixe le nom, et qu'on doit ensuite s'en tenir au nom de cette première publication valable ; on cite d'ailleurs le nom de l'auteur et l'année après le nom de l'espèce. Mais bien sûr les règles ne fixent que la manière de nommer, pas la classification elle-même, qui est sujette à des changements ou des désaccords d'ordre scientifique (ceci est-il une sous-espèce de cela ? ceci est-il la même espèce que cela ? ceci est-il dans le même genre que cela ?) : les règles déterminent donc aussi la manière de nommer l'espèce si, disons, la première personne à l'avoir décrite l'a appelée Foobar caeruleus mais que la personne qui l'utilise considère qu'elle doit en fait faire partie du genre Bazqux (en gros, ça va donner Bazqux caeruleus sauf s'il y a déjà une espèce de ce nom dans le genre en question, auquel cas il faut prendre un autre nom) ; les règles déterminent aussi, si on décide qu'un genre est en fait deux genres distincts, lequel doit garder le nom d'origine (c'est celui qui contient l'espèce-type), et ces sortes de choses. C'est la raison pour laquelle une espèce a un certain nombre de synonymes valables : par exemple Vachellia farnesiana, Acacia farnesiana et Mimosa farnesiana sont tous les trois des noms de la même espèce, selon qu'on pense qu'elle fait partie du genre Vachellia, Acacia ou Mimosa ; et le même cèdre de l'Atlas peut être qualifié de Cedrus atlantica ou Cedrus libani subsp. atlantica selon qu'on considère qu'il s'agit d'une espèce à part ou d'une sous-espèce du cèdre du Liban. L'existence de ces synonymes ne contredit pas le principe une espèce = un nom, car dans chaque système de classification donné il n'y a (en principe) qu'un nom correct possible pour une espèce (on ne peut appeler un cèdre de l'Atlas Cedrus atlantica que si on le considère comme une espèce à part).

Il y a aussi des règles sur comment citer l'auteur de la première publication valable, y compris si le nom a été modifié par reclassification. Toutes ces règles sont extrêmement compliquées, elles sont même écrites dans une sorte de jargon juridique assez impressionnant. Et bien sûr, elles ne sont pas les mêmes pour la zoologie (le règne animal) et la botanique (le règne végétal + algues + champignons). Beaucoup de détails sont sur Wikipédia, y compris cette différence que je trouve délicieusement gratuite entre zoologie et botanique, qui est qu'on doit parler de nom binomial en botanique, et de nom binominal en zoologie, c'est-à-dire que zoologistes et botanistes n'ont même pas réussi à se mettre d'accord sur la nomenclature de la nomenclature.

Idéalement, la question de la nomenclature et celle de la classification sont deux choses qui ne devraient avoir aucun rapport : la nomenclature, c'est juste le fait de donner des noms aux espèces (mais bon, ça impose un minimum de savoir ce qu'est une espèce) et éventuellement aux taxa supérieurs ; la classification, c'est celle de décider ce qu'on va regrouper en taxon de quel degré (peut-être idéalement en suivant la phylogénie, mais peut-être pas si on n'y arrive pas ou que c'est trop malcommode). Forcément, elles interagissent au moins un petit peu : pour classifier, on est bien obligé de donner des noms. La nomenclature s'occupe avant tout des genres et espèces, puisque c'est par cette combinaison qu'on forme le nom binomial, et secondairement des taxa jusqu'à la famille quand ils sont nommés de façon automatique à partir du genre-type ; la classification, elle, s'intéresse à tel ou tel bout de l'arbre du vivant, souvent pour la faire recoller avec la reconstitution de la phylogénie (donc avec multiplication des degrés), et en proposant une reclassification complète ou partielle quand des nouvelles données suggèrent que les clades sont organisés autrement que ce qu'on pensait.

Évidemment, il n'y a pas d'autorité en matière de classification. Il y a plusieurs ouvrages qui tentent de proposer une classification de tel ou tel règne, voire de tout le vivant, ou plus modestement de telle ou telle classe, et qui vont proposer un système de noms dans leur petit bout d'arbre. Sur Wikipédia, on trouve sous chaque espèce une classification (c'est-à-dire l'ensemble des taxa de rangs supérieurs auxquels elle appartient) selon tel ou tel système ou mélange de systèmes, parfois plusieurs en concurrence. L'article sur la classification des mammifères est intéressant parce qu'il donne plusieurs classifications différentes (ce qui est, du coup, très long, parce que chacune descend de la classe jusqu'au niveau de la famille).

Bon, je peux avoir donné l'impression que tout ceci est tellement compliqué qu'il faut le laisser aux spécialistes, mais je veux en fait défendre l'idée que, non, c'est une bonne idée de s'intéresser un minimum à ces choses pour comprendre le monde vivant qui nous entoure. Évidemment qu'il y a des millions et des millions d'espèces vivantes ; mais les espèces de bestioles ou de planplantes que nous rencontrons et remarquons vraiment dans notre vie courante, dans la région où nous habitons, et que nous avons une chance d'arriver à identifier, il n'y en a pas tant que ça. Aller jeter un œil à leur nom binomial, c'est une façon par exemple d'éviter les confusions pour savoir si deux noms vernaculaires (i.e., courants) sont ou ne sont pas la même espèce. (Un pigeon et une colombe, c'est la même chose ? plus ou moins, oui, mais il y a plusieurs espèces de pigeons, dont certains, ou dont les individus blancs de certaines, s'appellent des colombes. Alors que si on dit on dit Columba livia, on parle sans ambiguïté de l'espèce des pigeons bisets dont des individus féraux peuplent largement nos villes.) Ou pour éviter les confusions entre noms dans des langues différentes, ou variantes géographiques d'une même langue. (Ce qu'on appelle élan n'est pas du tout la même espèce de cervidé en français d'Europe — Alces alces — et en français d'Amérique — Cervus canadensis. Et je ne vous parle pas des noms des poissons, parce que la même espèce peut avoir cinq noms vernaculaires différents et le même nom vernaculaire peut désigner cinq espèces différents : n'essayez pas de savoir ce qu'est un lieu ou un colin, ou le rapport entre haddock, morue et aiglefin, c'est juste impossible.)

Regarder les taxa de rang supérieur est aussi intéressant pour savoir si les ressemblances qu'on détecte sont accidentelles ou résultent de proximité phylogénétique (ou du moins considérées comme telle par les taxonomistes) ; par exemple, je confonds tout le temps les belettes, furets, martes, fouines, putois, blaireaux, loutres, et j'ai été ravi d'apprendre qu'ils sont dans la même famille, les mustélidés, que je définis maintenant comme la famille des petits mammifères carnivores à la con ; en revanche, les mouffettes (skunk en anglais, ce qui n'est pas pareil qu'un putois) sont dans une famille différente, les méphitidés, quoique rangée dans la même super-famille des mustéloïdés — donc s'il y a un groupe qu'il faut différencier des autres, c'est celui-ci. (À l'inverse, le tas d'arbres que je prends régulièrement pour des frênes parce qu'ils ont un peu la disposition des feuilles typiques de ceux-ci appartiennent à des familles complètement différentes, donc ce n'est pas un lien de parenté ; même si le fait qu'on trouve des noms d'espèce comme fraxinifolia montre que je ne suis pas le seul à voir une ressemblance.) Ces taxa supérieurs sont aussi utiles au non-spécialiste pour décider jusqu'où essayer d'identifier quelque chose : si je ne renonce à identifier les espèces ou même les genres des insectes courants qui m'entourent, je peux peut-être me fixer comme objectif d'identifier les familles, et à part quelques faux amis (par évolution convergente ou mimétisme), ça ne devrait pas être trop difficile d'identifier les ordres.

Bref, si j'ai été découragé de la taxonomie entre autres par la lecture de Vingt mille lieues sous les mers (les dialogues interminables sur la classification des poissons !…), je trouve intéressant de me livrer à l'exercice, à chaque fois que je remarque particulièrement un être vivant (ce qui, j'en conviens, arrive plus souvent pour un arbre ou une grosse bestiole que pour un petit insecte ou un petit champignon) d'essayer de l'identifier aussi précisément que je le peux, et de prendre note de toute sa hiérarchie de taxa (ce qui ne veut pas dire que je la mémorise, mais à force de relire tout le temps les mêmes choses, ça finit par rentrer). Pour identifier les plantes (mais malheureusement pas les champignons), il y a une application bien pratique sur Android, PlantNet, qui permet de prendre une photo et de reconnaître l'espèce — ce n'est pas parfait, il y a des erreurs, mais il est certainement bien meilleur que moi, donc c'est comme Wikipédia, je commencerai à me soucier des erreurs dedans quand j'en saurai à peu près autant, ce qui n'est pas près d'arriver. Pour les animaux, il n'y a rien de tel, mais à part les pioupious qui sont de toute façon tous des gentils pioupious, la biodiversité des animaux un peu gros que je suis susceptible de rencontrer et de remarquer en Île-de-France, on en a assez vite fait le tour (et on finit par mémoriser leurs noms binomiaux). Il y a évidemment plein d'espèces qui, dans l'absolu, se ressemblent beaucoup, mais quand on regarde leur aire de répartition géographique, et qu'on se concentre sur les plus fréquentes, il n'y a pas tant que ça de cas de confusion plausible. (Une astuce consiste à se concentrer sur les espèces identifiées par Linné, parce que ça a des chances d'être celles qu'on rencontre le plus fréquemment en Europe : même si ça a pu changer un peu par introduction d'espèces invasives, il y a globalement peu de chances que je remarque un truc que Linné n'avait pas remarqué ou dont il n'avait pas connaissance par d'autres naturalistes européens.)

↑Entry #2717 [older| permalink|newer] / ↑Entrée #2717 [précédente| permalien|suivante] ↑

[Index of all entries / Index de toutes les entréesLatest entries / Dernières entréesXML (RSS 1.0) • Recent comments / Commentaires récents]