Comments on Quelques pensées supplémentaires sur Covid-19

Apokrif (2020-03-21T21:35:21Z)

La grande gueule de service: https://www.laprovence.com/article/papier/5940125/pr-didier-raoult-je-ne-suis-pas-un-outsider-je-suis-en-avance.html à la fois « alarmiste » (pour le dépistage massif) et relativiste (« Toutes les situations doivent être mises en perspective »)

Il parle du nombre total de morts (il me semble qu'on attend plutôt >= 100'000 morts en France) ou du nombre *par an* ?: « On va voir si on arrive à en tuer 10 000, mais ça m'étonnerait. »

IL me semble qu'en France, la moitié des morts (ou des cas graves, ou des hospitalisés ?) ont moins de 60 ans ? « Pour l'Italie, on disait pis que pendre, j'ai reçu une analyse, c'est comme ailleurs, ce sont des gens de plus de 75 ans »

Par ailleurs, au lieu de se concentrer sur le nombre de morts, raisonne-t-on en termes d'années perdues par rapport à l'espérance de vie restante compte tenu notamment de l'âge et des fameuses comorbidités ? Par exemple, si quelqu'un meurt aujourd'hui du COVID et avait un problème cardiaque qui l'aurait tué demain, faut-il le compter, dans les statistiques, comme une personne de 10 ans sans mode de vie à risque et sans maladie connue ?

Apokrif (2020-03-20T20:14:01Z)

Lien avec des problèmes de sécurité publique ?

https://legrandcontinent.eu/fr/2020/02/24/litalie-et-le-covid-19-7-points-pour-comprendre-les-risques-a-lechelle-pertinente/ :

« Si un foyer de cas venait à se déclarer dans une zone où le ou les hôpitaux publics sont à bout de souffle et où l’ensemble du personnel soignant en grève dénonce le manque cruel de moyens pour pouvoir soigner dans des conditions acceptables, submergeant rapidement ce ou ces hôpitaux, le ressentiment des populations touchées envers les pouvoirs publics pourrait créer des situations extrêmement tendues. »

« Par ailleurs si les autorités françaises venaient à devoir instaurer une zone de quarantaine et que certains tentaient de la forcer, dans le climat actuel de débat extrêmement tendu des deux côtés sur la proportionnalité de la force employée dans le maintien de l’ordre, la situation pourrait très rapidement dégénérer. »

D'un autre côté, quelqu'un disait il y a une quarantaine de minutes sur CNews qui'l y avait une baisse massive des incivilités à l'égard des soignants, des agressions dans les hôpitaux.

Apokrif (2020-03-18T04:17:13Z)

Le titre de cet article: https://www.sudouest.fr/2020/03/17/coronavirus-porter-des-masques-et-des-gants-pourquoi-c-est-une-fausse-bonne-idee-7337565-10861.php me semble contestable:
* quel problème si on ne se touche *pas* le visage? (et si, en plus, on a quelque chose pour protéger les yeux ?)
* peut-on nettoyer régulièrement les gants (lorsqu'ils sont portés) eux -mêmes ? (et dans ce cas: de préférence comme les mains, avec de l'eau et du savon, ou plutôt avec solution/gel hydroalcoolique, ou alcool à 90°C… ?)

Vincent (2020-03-17T21:23:30Z)

Vraiment intéressant de relire les commentaires de ce post, qui ne datent que d'une semaine. On se rend compte comment la situation a évolué rapidement. A ce moment, le consensus des commentateurs considérait qu'on n'avait pas besoin du confinement général à l'italienne.

Ca relativise les reproches faits aujourd'hui sur la décision trop tardive.

Pas simple tout ça…

SB (2020-03-13T19:00:06Z)

Existe-t-il l des recommandations sérieuses (c'est un peu combattre le feu par le feu) dans le sens de la méthode du message de JML (« les gens très connectés en bonne santé devraient voir encore plus de monde pour attraper le virus tant qu'il y a des places en soins intensifs »), méthode qui, au-delà de l'intérêt individuel (être mieux soigné et être malade à un moment planifié), aiderait à « aplatir la courbe » et à réduire le nombre de gens contaminés (puisque les gens contaminés volontairement seraient isolés dès la contamination, sans être des porteurs sains qui s'ignorent pendant plusieurs jours) ?

Dyonisos (2020-03-13T13:12:56Z)

Quand devrait-on à ton avis grosso modo arriver autour du 1 pct de la population touché au sens des personnes présentant des symptômes, à supposer qu'on maintienne les mêmes mesures que celles adoptées dans l'allocution de Macron sans intensification des restrictions sur les mouvements et sans assignations strictes à résidence ?
Je ne suis pas ce qui se passe en Chine de près mais j'entends dire que le nombre de morts entame des diminutions et ne correspond donc pas à une stagnation et qu'en plus ce pays commence à redémarrer son appareil production en lâchant du lest, ce qui ne colle pas avec ton objection sur la pertinence de la stratégie "pause" qui laisserait le problème de fond intact. Est-ce de l'intox cette courbe vertueuse de la Chine ? Si c'est avéré, c'est le chemin attractif par excellence.
Sinon je pense que l'esprit de Macron a suivi une remise en cause analogue à la naissance de tes doutes sur la stratégie "ralentissement" : c'était manifestement ce qu'ils avaient en vue lorsqu'ils disaient qu'aucun scénario dans la phase 3 ne prévoyait la fermeture des établissements. Face à la détresse de l'Italie et le chaos du prétendu "flatten the curve", on se rabat sur la première méthode sans taper toutefois aussi fort (pour l'instant…) que la Chine and co. C'est vraiment la sortie de crise ou non de ce pays qui constitue une des clés de lecture cruciales en ce moment.

Vicnent (2020-03-12T00:59:05Z)

« On manquera forcément de places en réanimation, […] Attendez-vous à ce qu'on tourne autour de 300 000 morts. »

1/ t'es complétement fou, une très grande partie de la population ne saurait pas entendre ce discours et tu provoquerais des paniques totalement dingues !!!! Et ce n'est surement pas parce que c'est vrai et honnête que tu peux le balancer ainsi, crument, sans contexte, sans plan d'action etc…
2/ j'attends d'un responsable politique qu'il fasse de la Politique : de l'action, pas des prédictions (totalement pifométriques par ailleurs…)

Ne prends jamais un poste de direction de gestion de crise :-)

Ilia (2020-03-11T20:10:01Z)

@Touriste : Ah OK, autant pour moi ; merci pour ces infos plus précises. Du coup il y a en fait moins de 1000 malades dans la province de Lodi, donc un peu plus d'1% de la population. Et ce pourcentage est sans doute à revoir encore à la baisse, parce qu'en fait je viens de me rendre compte qu'une "province" c'est tout petit, et qu'on doit pouvoir utiliser les lits des provinces voisines…

jst (2020-03-11T16:44:21Z)

@Ruxor: non pas 7 lits de réa / million d'habitants, mais 70. Bon on est encore loin du compte.

JML (2020-03-11T16:22:09Z)

(Je ne comprends pas d'où vient ton 7 lits / million ? Confusion réa proprement dite et soins intensifs ?)
Il serait totalement inutile de construire 500 lits/Mhab parce que des lits ne servent à rien sans personnel qualifié + machines.
Pour le personnel, il est probablement possible de former rapidement (en quelques semaines) pas mal de médecins et infirmiers aux spécificités du Covid-19, donc doubler ou quintupler le nombre de lits (mais ça fait aussi moins de personnel ailleurs). Après la variable d'ajustement classique, c'est l'infirmière qui joue au médecin, l'aide-soignante à l'infirmière et l'agent de nettoyage à l'aide-soignant (la débrouille de la crise humanitaire).
Mais tout cela ne sert à rien s'il n'y a pas les appareils médicaux, et en premier lieu, les machines qui font l'effort mécanique de la respiration à la place du patient qui est trop faible pour le faire lui-même (le reste est surtout des perfs, pousse-seringues, alimentation parentérale ou autre, et du monitoring : taux d'O2, cœur, tension ; les systèmes de matelas anti-escarres sont très importants aussi) et permettent de passer le cap le plus critique. Transférer une telle machine d'un patient à un autre, c'est condamner le premier à une mort rapide, et devoir le faire aurait un impact important sur le personnel. Quand on sèvre un patient de sa ventilation, ça ne se passe pas toujours bien, normalement on garde la machine à côté… (Le Samu fait ça avec une poire mécanique, à presser et relâcher rythmiquement. H24 par la famille… ?)
(Il faut aussi le matériel de protection complet du personnel, parce qu'on peut demander beaucoup à une infirmière ou aide-soignante, mais pas de risquer sa vie quand elle a des enfants jeunes à la maison.)
Alors peut-être que la raison principale des hôpitaux chinois en 10 jours, c'est qu'ils peuvent faire venir ces machines du reste de la Chine ?

Ceci dit, un hôpital spécialement conçu pour le Covid-19 aurait certainement des avantages, et je ne comprends pas pourquoi l'Europe ne fait pas comme la Chine.

Concernant la comm' du gouvernement, je te rappelle que la France n'est pas composée de Davids Madores, genre il suffit de donner les infos objectives en toute transparence pour que tout se passe pour le mieux. En premier lieu, ne pas créer de panique générale, c'est déjà pas mal… Le gouvernement dit « on est au début de l'épidémie », on a vu ce qu'il se passe en Chine et en Italie, ça donne déjà une idée. De toutes façons on n'a pas grand chose à faire à notre niveau, non ? (Enfin mon reproche au gouvernement, c'est comment on fabrique un FFP2 maison ?)

Au fait, j'avais oublié une conclusion : les gens très connectés en bonne santé devraient voir encore plus de monde pour attraper le virus tant qu'il y a des places en soins intensifs, les gens peu connectés se replier encore plus chez eux… :)

@ooten Presque tout le monde est plus préoccupé par ses rentrées d'argent que par le sort des personnes fragiles, et ça fait des milliers d'années que c'est comme ça.

@Clément L'été va venir un chouïa tard (sauf peut-être dans le Sud) et il n'y a aucune garantie qu'il arrange la situation. Je suis d'accord pour espérer un temps doux précoce et efficace :)
Concernant les vaccins, il y a un doc dans le lien OMS que j'ai donné avec une liste d'équipes qui travaillent dessus. Mais ce n'est qu'au stade expérimentation animale. Après il faut s'assurer que
1. La vaccination est nettement moins dangereuse que la maladie sur les humains
2. La vaccination est suffisamment efficace (ça prend du temps parce qu'il faut vacciner une cohorte et voir s'ils tombent moins malade que le groupe contrôle / placebo)
Puis 3. Produire le vaccin en masse. En principe ça prend 1 an pour un nouveau vaccin. Je me dis qu'un mode « économie de guerre » pourrait raccourcir de beaucoup ce délai, mais de toutes façons les étapes 1 et 2 sont déjà trop longues, la maladie aura passé son pic d'ici là.
Donc un vaccin ne concerne que les itérations futures de la maladie.

Touriste (2020-03-11T14:03:35Z)

@ Ilia

Comme on peut le constater <URL: http://www.salute.gov.it/imgs/C_17_pagineAree_5351_5_file.pdf > l'épidémie dépasse largement la "zone rouge" installée il y a une quinzaine de jours autour de Codogno. Il y a eu notamment une extension très importante à l'est de Milan, d'abord en province de Bergame puis désormais aussi en province de Brescia. La province de Milan est relativement peu touchée vis-à-vis de sa population, mais il est clair que sa densité fait qu'elle est au cœur des préoccupations des autorités.

Je regarde ça à peu près tous les jours, un truc remarquable (mais au pifomètre, sans méthodes quantitatives) c'est de voir comment les choses s'étendent lentement en tache d'huile à partir des zones contaminées.

Ilia (2020-03-11T11:25:13Z)

Une remarque par rapport à ton thread twitter : quand tu donnes l'exemple de l'Italie, j'ai l'impression que tu sous-estimes à quel point l'épidémie est localisée. Sur les 9000 cas recensés en Italie hier, environ 5500 étaient en Lombardie (source : https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_outbreak_in_Italy#Statistics ) ; et vu le déroulement des événements, mon pifomètre me dit (mais n'hésite pas à me dire si tu n'es pas d'accord) qu'une bonne moitié de ces 5500 doit être concentrée sur les quelques communes de la province de Lodi qui sont en quarantaine depuis le 22 février ( https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_outbreak_in_Italy#Lockdown_areas ). Cela ferait ~3000 cas pour une population de ~60000, donc un taux d'attaque plutôt de l'ordre de 5% que 0.5%.

ooten (2020-03-11T10:02:00Z)

@Ruxor : Si le gouvernement dit : « On manquera forcément de places en réanimation, et dans une proportion telle que ce n'est vraiment pas la faute de restrictions budgétaires : aucun pays du monde à aucun moment de l'histoire n'a jamais eu 500 lits de réanimation par 1M habitant. Attendez-vous à ce qu'on tourne autour de 300 000 morts. ». Ca serait beaucoup trop court et cela poserait alors la question épineuse comment on réparti les lits disponibles, il préfèrerait sûrement déléguer ces problèmes aux autorités sanitaires en espérant que cela ne se voit pas trop. Ou alors en instaurant des mesures drastiques de confinement pour enrayer l'épidémie. Et puis peut-être, c'est ce que je pense, ils sont beaucoup plus préoccupé par l'activité économique que le sort de personnes fragiles et qui sont de toute façon vouées à la mort, après tout pour eux et leur idéologie productiviste et individualiste quoi de plus normal ?

Clément (2020-03-11T09:18:57Z)

Pourquoi ne pas parler de vaccins ? Et n'y a-t-il pas de raisons de penser que l'été ralentira l'épidémie et que l'on pourra construire des hôpitaux, etc cet été ?

Ruxor (2020-03-11T06:07:59Z)

…Mais ça, je ne comprends pas pourquoi le gouvernement ne le dit pas. « On manquera forcément de places en réanimation, et dans une proportion telle que ce n'est vraiment pas la faute de restrictions budgétaires : aucun pays du monde à aucun moment de l'histoire n'a jamais eu 500 lits de réanimation par 1M habitant. Attendez-vous à ce qu'on tourne autour de 300 000 morts. » — il me semble que c'est un discours vrai et honnête, et ça peut aider à ce que les gens prennent la chose au sérieux.

(Cf. aussi <URL: https://threadreaderapp.com/thread/1237372990540713984.html >, que je vais sans doute transformer en post de blog.)

Ruxor (2020-03-11T06:02:34Z)

@JML: Oui, je suis arrivé à la même conclusion. Si on a 7 lits de réa pour 1M habitant, une épidémie qui au plus fort de la crise touchera bien au moins 1% de la population (au sens symptomatique) et semble envoyer 5% de ceux qu'elle touche en réanimation nécessite 500 lits de réanimation par 1M habitant, soit 70 fois trop. Donc à ce moment-là, au moins 98% des personnes dans ce cas ne trouveront pas de place, et mourront : et le taux de létalité (de ceux qui sont symptomatiques) ne sera pas autour de 1% mais de 5%. D'un autre côté, était-il vraiment possible de prévoir un système de santé dimensionné avec 70 lits de réanimation pour 1M habitant qui auraient donc été 95% vides l'essentiel du temps ? L'autre option, c'est de prendre des mesures drastiques de confinement, mais il faut alors les garder essentiellement indéfiniment. Ou alors le temps de construire ces 500 lits de réanimation par 1M habitant : combien de temps ça prend, ça ?

JML (2020-03-10T22:13:26Z)

Sur les news ce soir :
« Le directeur général de la santé, Jérôme Salomon, a affirmé qu'il y avait en France 5000 lits de réanimation »
1. On va dire que ce sont les lits pertinents (réanimation + soins intensifs) pour y mettre les 5% des cas les plus graves (qui nécessitent une haute surveillance, une assistance à la respiration…).
2. Quelle proportion peut-elle être libérée pour accueillir les malades supplémentaires à cause du Covid-19 ? Les opérations programmées seront repoussées quand c'est possible, il y aura peut-être moins d'accidents de circulation ou sportifs, mais les mamies vont difficilement se casser moins le col du fémur… Soyons optimistes et disons 3000 lits ?
3. Combien de temps les patients passent-ils en soins intensifs en moyenne ?
Je n'ai pas trouvé de source fiable. « “We estimate the length of stay in cases who died in ICU in China to be 28 days on average — three days in hospital and 25 days in ICU.” » dit https://www.vox.com/2020/3/5/21165973/coronavirus-death-rate-explained. Faute de mieux, disons 15 jours ?
4. Alors le nombre maximum de nouveaux malades par jour serait de 3000x100/5/15 = 4000.
News de ce soir : on est à +370. Si je dis qu'au doigt mouillé on atteindra le nombre critique d'ici 2-3 semaines, je me trompe ? Autrement dit, d'ici 1 à 2 semaines on devrait voir fleurir les mesures drastiques ?

L'article suivant a quelques faits intéressants sur la situation aux US, et notamment un manque d'appareils de ventilation (aucune idée de ce qu'il en est en France) :
https://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:M-mYYCQBRb0J:https://www.medscape.com/viewarticle/926240+
La Chine aurait non seulement construit des hôpitaux en 10 jours, mais surtout déplacé 40 000 personnels pour s'occuper d'une région de 15 millions de personnes. On risque peut-être d'avoir un léger souci de ce côté-là…

Sur le site de l'OMS j'ai trouvé beaucoup de PDF qui évoquent des blagues avec dedans le mot « comité » :(
https://www.who.int/blueprint/priority-diseases/key-action/novel-coronavirus/en/
mais il y a clairement des gens qui bossent, comme à la srlf https://www.srlf.org/recommandations-dexperts-sars-cov2/ avec un chouette PDF sur ce qu'il se passe en soins intensifs. À la fin du PDF il y a de belles photos montrant tout le matériel à mettre pour se protéger (n'importe quel truc prend 2 fois plus de temps avec les patients contagieux à cause de ça, c'est une partie importante du problème parce que le même personnel ne peut pas s'occuper d'autant de patients)… et tout ça est jeté chaque fois qu'une personne sort de la chambre.
Ça me scandalise qu'il y ait un manque de FFP2 pour protéger diverses catégories de personnel, forcés de se rabattre sur du FFP1 qui ne protège que les patients, alors que là on a un virus peu résistant à la désinfection, on pourrait avoir du matériel désinfectable pour pallier à tout risque de manque… Mais tout est fait dans l'esprit "jetable", plus pratique, avantageux pour les industriels, adapté aux situations normales, c'est-à-dire sans tension sur la fourniture du matériel : les crises sanitaires, ça n'existe pas vraiment, n'est-ce pas ?

Ruxor (2020-03-10T18:13:18Z)

@Dyonisos: J'avais raté ton dernier commentaire lors de la modératiom, je viens de l'approuver.

@Ni: Famous people, and politicians in particular, have lots of contacts, so they are disproportionately likely to be hit early. The flip side is that such highly connected individuals are thus likely to acquire immunity early, disconnecting them from infection paths, making herd immunity much easier to reach than naïve models suggest: see <URL: https://twitter.com/gro_tsen/status/1237373211777564673 > (and also JML's comment in the next entry).

Ni (2020-03-10T17:23:55Z)

There's something that bugs me about the number of cases reported: as of March 9, we have 1412 reported cases in France, out of a population of 67 million, ie, 0.002%. However, we have 4 MPs and one minister affected, out of 577 MPs and 19 ministers (0.7% of MPs, and 5% of ministers). Is there something that makes politician more likely to be infected, or a link between those cases?

There is a similar phenomenon in Iran, with 10% of MPs infected on March 3, when the number of cases was only 0.003% of the population. There is also an MPs with COVID-19 in Spain and 2 MEPs in Italy…

More generally, the number of high profile people infected seems much higher than expected, is this just an observation bias, or could it be because there is actually a much higher number of cases than counted, and public personalities get tested more?

For reference, there is a list of 34 infected people on Wikipedia, who are sufficiently know to have their own Wikipedia page:
<URL: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_people_with_coronavirus_disease_2019 >
I'm not sure how to compute meaningful statistics from that because there are clearly lots of biases, but that seems to be quite a lot…

Vicnent (2020-03-10T12:07:03Z)

"Il est normal d'être inquiet, sinon pour soi, au moins pour ses proches." : non, ce n'est pas la normalité, c'est une croyance, une opinion, un état d'esprit.
Si on devait être inquiet des conséquences pour lesquelles les causes nous sont totalement arbitraires ou sans objet de comportement, on devrait passer son temps à être inquiet. Quelle absolue triste vie.

merci pour les 3 billets. (je commente dans le second alors que le troisème a déjà été publié)

Pour le reste, tu as raison : il y a des modèles, des tendances, mais localement, il y a tellement de facteurs qui jouent que ça devient difficile de conclure… (entre la proportions de personnes âgées, la capacité d'un gouvernement à mettre en quarantaine propre, le système de santé, la modification des comportements au fur et à mesure de l'avancée…). En ce sens, les résultats de la Chine sont absolument stupéfiants. (mais quid du redémarrage…)

Ruxor (2020-03-08T20:48:04Z)

@Achille: Oui, il y a ça aussi. Après, comme il semble que les malades soient contagieux bien avant les premiers symptômes (même s'ils le sont sans doute moins pendant cette période), et qu'il y a beaucoup de porteurs asymptomatiques, les masques n'aident pas tant que ça. Mais ça peut jouer au moins en partie.

@Ilia: Tu parles du taux d'attaque (nombre de cas sur la population totale). Moi je parle de la proportion des cas qui sont symptomatiques : comme la population du Diamond Princess a été très systématiquement testée, on a une idée de quelle proportion de ceux qui ont contracté l'infection (qu'on détecte par les tests) présente effectivement des symptômes. Et ça tourne autour de 50% ou un peu plus. <URL: https://en.wikipedia.org/wiki/2020_coronavirus_outbreak_on_cruise_ships#Diamond_Princess > donne 410 cas asymptomatiques pour 696 infectés ; malheureusement, les données n'ont pas été très bien gérées : on m'a appris que les personnes classées comme asymptomatiques sont restées marquées comme telles même si ultérieurement elles ont développé des symptômes, mais l'ordre de grandeur reste bon. <URL: https://cmmid.github.io/topics/covid19/severity/diamond_cruise_cfr_estimates.html > fait une analyse précise de ce qu'on peut en déduire sur le taux de létalité, mais je n'ai pas eu le temps de regarder en détails.

Ilia (2020-03-08T20:32:16Z)

Pourquoi dis-tu que le Diamond Princess confirme le chiffre de 50% ? D'après les chiffres que j'ai vus, il y a seulement 700 cas pour 3400 personnes (passagers et personnels cumulés), dont plutôt 20% non ?

Et pour la Chine : penses-tu qu'il n'y a aucun espoir pour eux d'arrêter totalement l'épidémie chez eux, et ensuite l'empêcher de repartir en contrôlant strictement les frontières (et en traquant ensuite les cas isolés qui arriveraient à passer) ? C'est sûr que c'est un objectif ambitieux, mais le résultat qu'ils ont déjà est vraiment impressionnant. (À moins qu'ils ne soient en train de manipuler les chiffres, ce qui ne me semble pas totalement à exclure non plus…)

Achille (2020-03-08T19:40:44Z)

Sur les différences de comportement entre les populations, il y a le port du masque. Au Japon (et bien d'autres pays asiatiques), les gens malades mettent un masque. En France, on tousse allègrement sur ses voisins, même aujourd'hui en phase pré-épidémique. Je me demande comment la mesure simple de rester chez soi si on tousse, et de porter un masque, se comparerait en terme de d'incidence sur le taux de reproduction avec les mesures plus drastique que l'on est entrain de considérer.

Dyonisos (2020-03-08T19:12:44Z)

En tout cas, merci pour ces entrées de blog. Je retiens l'estimation que tu as donnée de la fourchette entre 100 000 et 500 000 morts que tu as exposée à un moment. Je pense qu'un reproche légitime que risque d'avoir les pouvoirs publics est à tout le moins de ne pas avoir très fortement recommandé à tout le monde de ne pas être en contact avec ses "aînés" vulnérables (diabète, problèmes cardiaques et respiratoires) ni d'avoir insisté pour que ces personnes vivent quasiment en vase clos pendant la séquence sinistre qui s'annonce. Il y a eu juste un mot trop elliptique de Macron lors de sa visite à la maison de retraite, euphémisme s'expliquant sans doute par la volonté de ne pas engendrer la panique. C'est à la lecture de ces posts que je vais prendre les devants par rapport à une attitude qui aurait été bien plus passéiste en coupant au maximum les liens avec toutes les personnes très vulnérables et en leur recommandant de ne pas prendre le moindre risque (d'ailleurs la lecture par celles-ci de tes posts sur l'ampleur probable de l'épidémie a un effet tonique sur leur résolution). Je ne sais si ça suffira mais il serait vraiment inconscient de ne pas modifier notre mode de vie avec ces projections sombres. Thanks,

Ruxor (2020-03-08T19:06:12Z)

@Dyonisos:

Si la létalité tournait autour de 20%, je suis persuadé que ce serait juste la fin de notre civilisation. Le scénario que j'imagine serait que tous les pays deviendraient des dictatures et imposeraient des mesures d'isolement totalement impensables (qui seraient consenties par une population complètement terrifiée), et que du coup tout l'appareil de production et la chaîne alimentaire s'effondrerait, et qu'en fait beaucoup plus de gens mourraient de faim, voire dans des combats de guerre civile, que de l'épidémie elle-même. Heureusement, on n'en est pas là !

Sinon, globalement, nous sommes d'accord. Décider de ne pas fermer les écoles est irresponsable. Dire qu'on va essayer autant que possible de ne pas les fermer serait plus raisonnable. Mais je pense que c'est une promesse en l'air et qu'elle ne sera pas tenue. On va juste attendre un peu plus longtemps que l'Italie (relativement aux progrès de l'épidémie) pour le faire. Ce n'est pas forcément idiot : je n'ai pas une idée claire de quel est le bon dosage à appliquer dans les mesures tentant de ralentir l'épidémie. Une différence entre les deux pays est que si je crois <URL: https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_OECD_countries_by_hospital_beds >, la France a presque deux fois plus de lits d'hôpital par habitant que l'Italie (je ne sais pas pourquoi !), donc ça peut justifier qu'on prenne un peu plus tard (relativement aux progrès de l'épidémie) les mesures qui seront de toute façon nécessaires à un moment où un autre.

@JML: Ce sont de bons arguments, en effet.

JML (2020-03-08T17:49:56Z)

Utilité de ralentir le début de la progression d'une pandémie :
- permet d'entraîner les professionnels
- permet de tester les indications de traitement
- permet de fabriquer le matériel nécessaire
- permet à la population de se préparer (peut-être plus mentalement qu'autre chose : ni céder au catastrophisme, ni mépriser le problème, ni osciller entre les deux)
- permet l'approche des beaux jours où nous laisserons nos fenêtre ouvertes…

Il vaut probablement mieux en faire trop au début pour habituer la population aux mesures drastiques qu'il faudra bien prendre si le système de santé est débordé et pour entraîner les administrations à cette situation…

Dyonisos (2020-03-08T15:29:32Z)

@ Ruxor : j'ai compris ce qui m'avait échappé, à savoir l'importance de la grande partie de la population touchée pour que le problème soit surmonté (l'autre option d'un quasi gel de la vie jusqu'à l'obtention d'un vaccin testé sur des mois n'étant pas réaliste).
Ce qui reste de mon argument, ce n'est pas sa légitimité quant à la désobéissance des mesures gouvernementales adoptées mais plutôt l'irréalisabilité d'un modèle de population passive. Pour le cas présent, ça peut fonctionner. Mais lorsque tu évoques le chiffre de 50 pct (j'ai bien compris que ça n'a valeur que du pur exemple), on raisonne en quelque sorte dans les airs. Supposons par exemple que le taux de létalité ne tourne pas autour de 2/3 pct mais plutôt 20, 30 pct. Je suppose que tout le monde reconnaîtra que de très grandes parties de la population refuseront d'aller travailler, légitime ou non, cette réaction de facto apparaîtra.
Juste une réserve sur l'explication de l'écart entre l'Italie et la France : de fait ce n'est pas ainsi que le gouvernement présente la chose. A BFM tv par exemple, Blanquer a exclu catégoriquement une fermeture généralisée des écoles dans toutes les écoles lors de la phase 3 et a dit que le modèle de l'Italie ne serait pas de vigueur en France. Macron de même. Ca ne s'explique donc pas par un simple retard/décalage dans la diffusion de l'épidémie : il y a place pour des décisions contingentes en fonction des paramètres avancés.
Cette idée de la nécessaire atteinte d'un grand seuil de la population pour que la résorption commence, elle devrait être explicitée par le gouvernement.

Annie (2020-03-08T12:01:18Z)

Je rappelle aux lecteurs que tu as quand même écrit "ça c'est pour un individu « générique », parce que pour un individu particulier, il faudrait parler d'un r et d'un f individuels, chacun pouvant avoir des facteurs personnels pour que l'un ou l'autre soit plus élevé". Mais quels sont ces facteurs personnels exactement ? Et alors, la probabilité qu'on obtiendra concernera le groupe des individus réunissant ces facteurs et non un individu particulier. Sinon, comment combine-t on ces facteurs ?

nameornick (2020-03-08T11:57:04Z)

Apparemment, en Lombardie le système de soin est bord de l'effondrement à cause du nombre élevé de personnes nécessitant des soins intensifs, dixit le coordinateur de la cellule de crise samedi soir (hier): <URL: https://www.corriere.it/cronache/20_marzo_07/coronavirus-stiamo-creando-terapie-intensive-anche-corridoi-cb01190a-60be-11ea-8d61-438e0a276fc4.shtml >

La France étant environ sur la même trajectoire, ce n'est guère rassurant…

Ruxor (2020-03-08T11:50:57Z)

@Grasyop: Oui, tu as raison, je voulais plutôt dire « au moins le double » (« ≳2 » si on arrive à se mettre d'accord sur ce que ce signe signifie, cf. <URL: https://twitter.com/gro_tsen/status/1236616513907556352 >). Le nombre de cas asymptomatiques ne doit pas être tellement plus que 50% des cas puisque c'est ce qui a été observé sur le Diamond Princess, mais il est vrai qu'il est tout à fait plausible que beaucoup de cas symptomatiques-mais-très-peu passent pour de « simples rhumes » (rappelons d'ailleurs qu'une part non infinitésimale des « rhumes » sont causés par d'autres coronavirus humains). Néanmoins, le cas de la Corée qui a fait des tests en nombre énorme suggère que le taux de létalité, dans un pays ayant un système de soins fonctionnel et pas surchargé, tournerait autour des 0.5% et probablement pas beaucoup moins (c'est un scénario qu'envisage l'American Hospital Association, <URL: https://twitter.com/sethbannon/status/1236125593290276864 >), donc avec 11 morts on peut penser qu'il y a ~2000 cas, mais une dizaine de milliers semble un peu surprenant.

@Achille: Je me pose aussi la question. Il y a plein d'éléments explicatifs possibles, entre des différences de comportement (ben oui, les Japonais font peut-être plus attention à l'hygiène personnelle et préfèrent plus éviter les contacts physiques que les Français et Italiens, ce n'est pas parce que c'est un cliché que c'est forcément faux !), des différences de climat (le printemps ne nous sauvera probablement de l'épidémie, mais il peut la ralentir… si le printemps daigne se manifester, ce qui en Europe est pour l'instant en suspens), des approches différentes pour détecter ou classifier les cas (voire de la manipulation des chiffres, ce que j'ai entendu pour le Japon), des différences de fonctionnement du système de santé (il me semble comprendre qu'au Japon il n'y a pas de médecins généralistes, ça peut changer beaucoup de choses), et sans doute encore plein de choses. Pareil pour les variations de taux de létalité.

Ce truc (que je réclamais depuis des semaines) est vraiment super pour comparer la différence de situation entre pays : <URL: https://cmmid.github.io/topics/covid19/current-patterns-transmission/global-time-varying-transmission.html > (estimation du nombre effectif de reproduction et de sa variation dans le temps, entre différents pays). Ça n'explique rien, mais ça permet de voir un peu ce qui se passe.

Achille (2020-03-08T09:27:32Z)

Il semblerait que l'épidémie ne progresse pas partout pareil partout. Par exemple, elle a commencé beaucoup plus tôt au Japon. A ma connaissance, le Japon n'a pas pris de mesures aussi drastiques que la Chine, ou même que l'Italie, et pourtant le nombre de cas journalier reste faible. Autre exemple, la Corée où le nombre de nouveaux cas diminue alors que ça a débuté (je crois) avant l'Italie, et que le nombre de cas est supérieur. Je ne comprends pas ce qui explique ces différences.

Grasyop (2020-03-08T08:54:26Z)

« ~1000 cas déclarés, sans doute pas loin du double en vrai »

Bonjour. Sur quels éléments fondes-tu cette estimation d'un facteur deux (plutôt que dix) ? J'entends des médecins (notamment Philippe Juvin, dans C dans l'air, hier) avoir des discours rassurants (peut-être faussement rassurants, peut-être biaisés par la motivation d'éviter la désorganisation liée à toute panique) estimant un nombre beaucoup plus grand de cas pas ou peu symptomatiques (donc non déclarés), allant jusqu'à dire que la létalité du coronavirus ne serait finalement pas beaucoup plus forte que celle d'une grippe saisonnière.

Tout est très flou : on sous-estime manifestement le nombre de personnes infectées ; on sous-estime aussi le nombre de morts du coronavirus en France, faute de tests systématiques sur les morts (à l'inverse, l'Italie les surestimerait en considérant que le virus est un facteur causal dans la mort de toute personne qui en est porteuse).

Ruxor (2020-03-08T01:05:41Z)

@Dyonisos: En bref, l'Italie a ~9 jours d'avance dans l'épidémie par rapport à la France (en tablant sur une croissance exponentielle de 0.2/j et en comparant le nombre de cas ; si je compare le nombre de morts, je trouve plutôt 15j d'écart : il y a une bizarrerie à creuser sur la différence de taux de mortalité). Il est donc normal que la France mette ~9j de plus pour appliquer des mesures qui sont à prendre en fonction de l'avancement de l'épidémie.

Il faut bien comprendre le fait suivant (que j'ai moi-même eu du mal à comprendre, et qui du coup est sans doute très mal expliqué dans mes posts de blog sauf peut-être le tout dernier que je viens de poster) : tant qu'une certaine proportion (qui dans un modèle simpliste vaut 1 − 1/R₀ soit ~70%, je pense que c'est heureusement une surestimation, mais je ne sais pas de combien : peut-être ~40%, peut-être ~20%) de la population n'aura pas été infectée (ou vaccinée !), il est essentiellement impossible que l'épidémie s'arrête ; celle-ci ne pourra qu'être mise en « pause » au prix d'efforts héroïques et redémarrera dès que ces efforts seront arrêtés. On n'a pas tellement de prise sur ce seuil critique sauf à changer fondamentalement et définitivement nos rapports sociaux (ce qui diminuerait R₀). On peut espérer ralentir l'épidémie pour que le système de soins tienne un peu le coup (et je pense qu'elle se ralentira d'elle-même sous l'effet de la peur), les contagions se feront plus lentement, mais ça ne changera pas énormément ce seuil critique quelle que soit sa valeur précise.

Donc il faudra de toute façon que cette proportion (mal connue, mais élevée) de la population attrape l'épidémie, et devienne ainsi immunisée, ce qui permettra d'atteindre un état stable. Ça, on ne le contrôle pas. Ce qu'on peut espérer contrôler partiellement, c'est à quelle vitesse, et peut-être qui sera infecté. Sur ce dernier point, il vaut évidemment mieux que ce soient les plus jeunes et les moins fragiles qui soient infectés en premier : oui, bien sûr, ils vont en infecter d'autres, mais comme de toute façon il doit y avoir une certaine proportion d'infectés, il vaut mieux que ceux-ci passent en premier et acquièrent une immunité qui ralentira ensuite la progression et évitera d'atteindre les plus âgés et fragiles.

Bref, si on ferme tout et qu'on se barricade tous, comme en Chine, on appuie sur le bouton PAUSE, mais le problème reste là indéfiniment. Si on arrive à ralentir l'épidémie au niveau où elle est soutenable par le système de santé (je ne dis pas que c'est facile !, ni qu'on y arrivera), on peut espérer arriver à quelque chose de stable. Mais pour ça, il FAUT que des gens, et en proportion suffisante, soient infectés, pour qu'ils servent ensuite de barrière contre la progression. Et pour ça, il ne faut pas tout arrêter.

Je ne sais pas à quel moment il est opportun de fermer les écoles. J'ai tendance à penser qu'il faut graduer les mesures en prévoyant d'atteindre les plus restrictives (quasiment les mêmes qu'en Chine) à peu près cinq jours (durée d'incubation) avant que le système de santé soit dans un état critique, mais j'espère qu'il y a des gens plus compétents que moi pour réfléchir intelligemment à ça et faire des modèles plus précis que ça. Mais j'insiste, il ne faut pas non plus faire les choses trop tôt. Pour l'instant, en France, on a ~1000 cas déclarés, sans doute pas loin du double en vrai, et encore deux-trois fois plus en incubation. Sur une population de dizaines de millions, ce n'est vraiment pas grand-chose : ralentir les choses maintenant aura un coût social, n'aidera pas le système de santé, et ne changera pas le nombre de gens qui seront finalement contaminés.

Alors bien sûr, ça peut ressembler à un dilemme du tramway : si on décide de ne pas fermer les écoles trop tôt pour ne pas ralentir trop tôt l'épidémie parce qu'il faut bien atteindre la proportion d'infectés à laquelle on peut espérer la stabiliser, en ce faisant on contamine des gens différents de ceux qui auraient été contaminés dans une politique différente ; en visant l'objectif que les plus jeunes soient infectés pour servir de barrière immunitaire protégeant les plus âgés, on fait des choix éthiquement compliqués. Mais bon, comme on navigue de toute façon dans le noir, on ne peut faire mieux que gérer au mieux avec les informations et modèles très partiels dont on dispose.

De toute façon il faut se préparer à ce que ~100 000 personnes meurent en France, et possiblement plus (peut-être jusqu'à un demi-million). Avec un pic de l'épidémie où des milliers de personnes mourront chaque jour. L'opinion publique sera tellement choquée qu'elle fera toutes sortes de reproches au gouvernement (pourquoi vous n'avez pas fermé les écoles plus tôt ?), mais je ne pense pas qu'on puisse faire mieux que les chiffres que je viens de dire : on ne peut juste pas stabiliser l'épidémie avant qu'il y ait une immunité assez répandue dans la population, ce qui demande qu'assez de gens l'aient attrapé (et donc, probablement, que pas mal en soient morts).

Legolas (2020-03-07T21:37:48Z)

> ok mais pourquoi l'Italie alors prend des mesures bien plus paralysantes que la France ? Le spectacle de mesures si différentes pour un problème identique donne l'impression que les raisons de ces choix ne sont pas si scientifiques qu'on le prétend.

Mais pourquoi faudrait-il nécessairement s'aligner sur le pays qui prend les mesures les plus restrictives ? Je pense que certains choix relèvent avant tout de compromis, et qu'il n'y a pas forcément une unique façon de faire. Je n'aimerais pas être celui qui prend ces décisions, parce qu'il aura toujours tort.

Ce que j'aimerais c'est surtout que l'on nous explique correctement les choix qui sont faits, et comment et par qui ils sont pris. J'observe beaucoup de défiance face aux autorités, et également face aux scientifiques, et même si les mesures sont bonnes, elles mériteraient d'être justifiés (mais peut-être que c'est le cas, je n'ai pas vraiment suivi la communication du gouvernement).

Un exemple que j'ai vécu. A Singapour, on se fait contrôler la température partout. Aéroport, bars, hotels, centres commerciaux. J'ai lu qu'on ne le faisait pas en France parce que c'était inefficace. Je veux bien croire que ça puisse être le cas, que le coût du dispositif ne vaille pas la peine, ou qu'on n'a simplement pas les moyens matériels de le mettre en place.

Je vois aussi des gens qui se plaignent d'être rentrés d'Italie et qu'à l'aéroport, personne ne les a contrôlés. Je suis d'accord que sur le principe ça semble être une bonne idée, mais là encore, peut-on vraiment contrôler des centaines de milliers de voyageur qui reviendraient de zones "à risque" ? Et il y a des idées qui semblent de bons sens et qui ne le sont pas forcément.

Je suis d'accord que l'exemple du prof qui ne voudrait pas s'exposer est compliqué. Mais inversement, si l'on est dans une phase où il n'y a que quelques milliers de cas, on peut considérer qu'il n'est pas légitime pour le prof de ne pas exercer sa fonction.

Dyonisos (2020-03-07T18:52:31Z)

ok mais pourquoi l'Italie alors prend des mesures bien plus paralysantes que la France ? Le spectacle de mesures si différentes pour un problème identique donne l'impression que les raisons de ces choix ne sont pas si scientifiques qu'on le prétend. Je ne tiens pas particulièrement à sombrer dans le catastrophisme et si des mesures excessivement restrictives créent la panique sans résorber le fléau de fond, il faut certes les éviter. Il n'empêche que les premiers concernés, étant donné qu'il s'agit de questions vitales, vont peut-être s'autonomiser par rapport à la politique choisie "d'en haut". Imaginons l' exemple suivant : d'après ce que j'ai saisi, la volonté de fermer les écoles, ce n'est pas tant pour protéger les enfants qui sont souvent porteurs sans développer de maladies mais tout de même transmetteurs du virus, que pour en limiter. Donc les professeurs seront particulièrement exposés. Imaginons que l'un d'entre eux ne puisse pas ne pas entrer en contact régulier avec ses parents parce qu'il vit chez eux et que l'un d'entre eux ait plus de 70 ans et avec des fragilités de santé prononcées. La mesure générale, bien que peut-être fondée à cette échelle, peut impacter au coeur de l'essentiel ce fonctionnaire au point qu'il lui semble plus juste de prendre les devants et de ne pas prendre un tel risque à sacrifier un de ses parents par obéissance à une autorité qui aurait en quelque sorte choisi de sacrifier son cas à l'autel du prétendu intérêt général.
Et en plus on n'en est pour le moment qu'à évoquer un pays qui a réussi tout juste à stabiliser cette épidémie, pas même la faire décroître. Mon espoir est que les beaux jours provoquent cette baisse, mais c'est un voeu qui tourne dans les moulins à prière du pifomètre étant donné qu'on n'est pas du tout assuré que cette conjoncture soit fondée.
Ceteris paribus, c'est déjà ça de stabiliser une telle propagation.

Ruxor (2020-03-07T16:36:20Z)

@Dyonisos:

La décision de ne pas faire comme en Chine est complètement sensée. La Chine a stabilisé l'épidémie, mais c'est un équilibre instable : si elle relâche ses mesures, comme essentiellement personne n'est immunisé, l'épidémie redémarrera (même si elle attend que tous les cas en Chine soient finis et elle boucle complètement ses frontières, il y aura toujours quelque chose qui passera, et l'épidémie repartira en croissance exponentielle).

Si l'infection avait un taux de létalité de ~50%, ça se justifierait peut-être, je suppose (l'humanité devrait perpétuellement vivre avec de telles contraintes), mais là… le fait est qu'aucun autre pays ne semble vouloir prendre des mesures aussi drastiques. C'est le principe de la démocratie que les dirigeants prennent ce genre de décisions face à l'imprévu, ça me semble normal, et si elles sont sensées et à peu près en ligne avec ce que font les autres pays, je trouve normal que les dirigeants décident. Ce qu'on peut leur reprocher, plutôt, c'est de ne pas dire clairement comment ils prennent leurs décisions et ce qu'ils en attendent, bref, de manquer de transparence. (Et puis, quand on dit qu'on ferme les écoles « pour 15 jours », c'est idiot : dans 15 jours l'épidémie sera bien pire, c'est évident qu'on ne les rouvrira pas !)

La stratégie qui me semble sensée est de prendre des mesures (interdiction des rassemblements, fermeture des lieux publics et des transports en commun, etc.) juste assez contraignantes pour permettre au système de santé de gérer l'épidémie sans être complètement dépassé. Pour ça, il faut surveiller en permanence l'évolution du nombre de cas, extrapoler ce qu'on peut avec les meilleures données qu'on a, et adapter les mesures au fur et à mesure ; et j'espère que des gens le font (ça me semble vaguement plausible, même si, de nouveau, un peu plus de transparence serait bienvenu). Suivre le modèle de la Chine n'est pas une bonne idée.

Mais bien sûr, les pouvoirs publics ne peuvent pas tout. Les gens doivent adapter leurs comportements (limiter le plus possible les contacts et prendre toutes les précautions d'hygiène qui leur sont raisonnablement possibles) ; pour l'instant, le taux de croissance de l'épidémie suggère que ce n'est pas franchement le cas, mais quand il y aura ~1000 morts par jour, on peut espérer que le grand public prenne conscience de l'ampleur du phénomène (i.e., peur) et adapte ses comportements en conséquence !

Dyonisos (2020-03-07T14:55:43Z)

@ Legolas :
oui c'est possible. Ce que je critique ce n'est pas qu'on prenne dans la panique des mesures trop drastiques (perso j'irais spontanément du côté du très préventif mais ce n'est pas rationnel, ni forcément irrationnel, en soi) mais que ce soit un peu comme un fait du prince. C'est un des côtés polémiques de la démocratie représentative : par définition, rien dans le débat public de 2017 ne laissait présager une telle situation, et rien dans le programme des candidats n'y était relatif. Face à de l'impondérable, c'est à la volonté démocratique de décider la manière dont elle entend réagir. Or dans les interventions de Macron ou Blanquer, ça se présente trop à mon goût comme "on a décidé" de manière irrévocable. Que ce soit au Louvre, à la ratp ou dans les écoles, des agents concernés vont sans doute à mon avis dans les jours/semaines prochaines rechigner à obéir si passivement. Tant qu'il ne s'agit pas de quelque chose de vital, la démocratie représentative as usual se déploie (encore qu'il y a eu des tensions ces derniers mois); avec le spectre des décès, ça peut tanguer davantage dans l'obéissance aux mesures ordonnées.

ooten (2020-03-07T14:24:22Z)

Une personne qui décède alors qu’elle a le Covid-19 ne signifie nullement que cela est dû seulement à cet agent infectieux. Ainsi on sait que les personnes âgées et celles qui ont des maladies chroniques comme le diabète et des maladies cardiaques ont plus de risque de décéder que celles qui sont en bonne santé si elles ont toutes le Covid-19. Il faudrait alors pondérer les causes de la mort de ces personnes en disant de quelles pathologies ces personnes étaient atteintes.
Comment intégrer et extrapoler dans le modèle probabiliste les porteurs asymptomatiques, ceux qui ont été malades mais qui ne seront pas testés au Covid-19, comment évaluer donc les causes des personnes décédées infectées mais ayant d’autres pathologies ?

Legolas (2020-03-07T14:17:39Z)

> Le fait que Macron en phase 3 ne projette pas d'appliquer de telles contraintes

Moi au contraire, je suis plutôt rassuré qu'on n'applique pas de telles contraintes, même si elles pourraient plaire à une partie de l'opinion publique. D'une part, on ne sait pas bien de toutes les contraintes mises en place par la Chine, lesquelles ont été efficaces. D'autre part, "sauver des vies" ne justifient pas toutes les contraintes. On peut faire l'analogie avec les limitations de vitesse sur la route : c'est un arbitrage entre sécurité et liberté.

Ce que j'aimerais dans cette histoire, c'est que ces décisions soient prises par des experts, en fonction des données disponibles et des projections, et pas improvisées au jour le jour en fonction de la pression médiatique. Comme le disait Ruxor quelque part, ce serait bien qu'on nous dise un peu où l'on va, et ce à quoi on peut s'attendre en fonction de l'évolution de la situation.

Dyonisos (2020-03-07T12:36:17Z)

Une chose qui m'agace dans le traitement médiatique de cette épidémie est l'insistance sur la situation en Europe au . détriment de la restitution du détail de ce qui se passe en Chine. Elle semble avoir réussi ces derniers temps à stabiliser le nombre de nouveaux cas et ses "mesures drastiques" y sont sans doute pour quelque chose. Le fait que Macron en phase 3 ne projette pas d'appliquer de telles contraintes, et que cette décision soit en quelque sorte soustraite à la discussion publique comme si elle tombait du ciel de l'autorité infaillible, me semble critiquable. Si des décès s'accumulent (enfin pas si, quand…), il est probable que certaines personnes, et je les comprendrai, décideront d'exercer "leur droit de retrait". L'image de l'Italie à côté etc… Les mesures censées diminuer la diffusion du virus et le ratio de cet objectif par rapport à l'importance d'éviter des crashs économiques seront peut- être l'objet de controverses vives dans les jours qui viennent.

Ruxor (2020-03-06T16:16:03Z)

@sbi: « C'est moins mortel que la grippe », si on parle de la grippe saisonnière, est très très optimiste. Les chiffres actuels suggèrent plutôt autour de 10×, 20× voire 30× plus mortel (je pense que le 10× est plus juste, mais pour l'instant c'est un peu du wishful thinking ; il y a juste de timides indices suggérant qu'il y a énormément de cas non détectés qui sont juste considérés comme « un rhume » : rappelons d'ailleurs que beaucoup de « rhumes » sont causés par certains autres coronavirus humains connus). Moins mortel que la grippe de 1918, en revanche, c'est quasi certain.

Les infectiologues vont certainement apprendre plein de choses, mais on a surtout un grand sentiment d'impuissance : si dans quelques années une épidémie analogue apparaît avec un taux de mortalité proche de 90% (ce qui est tout à fait envisageable), pourra-t-on faire quoi que ce soit ? Non. Je trouve ça super flippant. Tout le monde prendra des mesures comme la Chine en prend en ce moment (cf. ma réponse à Legolas ci-dessous), mais il faudra les maintenir perpétuellement.

Ce coup-ci on n'en est pas là. On va sans doute tomber quelque part entre « une mauvaise saison de grippe » et « quelque chose de comparable à la grippe de 1918 en nombre de morts », on ne sait pas bien où. Psychologiquement, il est assez difficile de trouver un état émotionnel intermédiaire entre « ce n'est pas bien grave, business as usual » et « c'est abominable, c'est la fin du monde ». Il est normal d'être inquiet, sinon pour soi, au moins pour ses proches. Je comprends donc qu'on en parle beaucoup.

@Legolas: La Chine est face au dilemme suivant : maintenir les restrictions de circulation incroyablement draconiennes qu'elle a mises en place pendant des mois voire 1–2 ans, jusqu'à ce qu'il n'y ait plus aucun cas détecté nulle part dans le monde, ce qui a un coût économique et social monstrueux, ou relaxer ces mesures et voir l'épidémie repartir. Un compromis semble désirable (avoir des mesures restrictives qui freinent l'épidémie, mais pas aussi draconiennes que ça, de façon à ce que l'épidémie traverse doucement la population sans surcharger le système de santé). Mais est-il réellement possible, je ne sais pas bien. C'est sans doute ce que les pays européens vont chercher à faire (interdire les grands rassemblements, fermer ponctuellement les écoles, les transports en commun, probablement les restaurants, cinémas, théâtres, etc.), sans aller jusqu'à interdire presque complètement aux gens de sortir de chez eux comme le fait la Chine. J'espère que cette stratégie sera un succès pour limiter le nombre de morts et la surcharge du système de santé !

Legolas (2020-03-06T14:09:56Z)

Je serais curieux à la fin de cette histoire de comparer les courbes de cas de chaque pays, et voir si l'on peut en déduire quelque chose sur l'efficacité des mesures prises, et la qualité du système de soin.

Enfin, je me demande si l'on peut vraiment déduire quelque chose de tous ces chiffres. Les pays n'effectuent pas le même nombre de test, les testés sont sélectionnés selon des critères différents etc… Le nombre de mort est sans doute plus pertinent.

Je suis aussi curieux de savoir quel sera le nombre de cas au moment du pic épidémique. Est-ce qu'il a été atteint en Chine ? on a l'air de penser que ça diminue mais comment est-ce possible ? alors que des grandes villes comme Shanghai ou Pekin n'ont pas vraiment de cas (?), et qu'on a au final que 80000 cas sur une population de plus d'un milliard. Les chinois vont bien finir par retourner au travail et le virus sera toujours là. Si seulement 80000 personnes sont immunisés, et les 1 milliards restant devront bien tomber malade eux aussi.

Tout ça est bien mystérieux

Ptitboul (2020-03-06T07:28:58Z)

A propos du comptage des asymptomatiques sur le Diamond Princess.
Il semble que cela n'ait pas été fait rigoureusement : les passagers ont été testés, et ceux qui avaient le virus et n'avaient pas de symptômes ont été classés comme asymptomatiques, mais sans suivi ultérieur. Donc cette catégorie regroupe en réalité les passagers asymptomatiques et les passagers en train d'incuber et qui déclencheront la maladie plus tard.
Le taux de contaminés asymptomatiques est probablement bien inférieur à 50%.

sbi (2020-03-06T07:23:49Z)

Je trouve intéressant de voir autant d'attention portée à ce virus particulier.

Certains trouvent cela overkill (c'est juste une deuxième grippe saisonnière,
mais non précédée de son quasi-vaccin, c'est moins mortel que la grippe…).

Au-delà de ces considérations peut-être trop minimalisantes, je trouve cela
intéressant pour la raison suivante.

Ce virus ressemble à un rhume ou à la grippe (que je ne suis pas encore sûr de
bien distinguer mentalement des autres virus ORL) dans son incubation, ses
symtomes, son mode de transmission, ses délais propres (période pendant
laquelle on est contagieux)…

Je m'étais déjà demandé comment les virus ORL apparaissaient et revenaient
souvent (apparemment ils mutent; si d'un coup de baguette magique on détruisait
tous les virus actuellement présents sur Terre peut-être qu'ils ne
reviendraient jamais sauf mêmes conditions chanceuses de bootstrap que celles
qui les ont vus naître… il y a longtemps?) et se propagaient: si je guéris
d'un rhume en 7 jours alors d'ici 2-3 semaines ou mois ce virus devrait avoir
totalement disparu de la surface de la Terre non?

Mais jamais je n'avais vu porter autant d'attention à un virus ORL: de jour en
jour on voit des cartes, des courbes, des nombres de gens infectés, d'autres
statistiques… On comprend qu'il prend l'avion, le bateau, que le monde est
très interconnecté et le virus touche vite même des pays confidentiels et
éloignés (ce qui suppose qu'un voyageur s'y est rendu après avoir été infecté,
et a infecté d'autres personnes sur place -- alors même que la probabilité
d'infection n'est peut-être pas si élevée). On voit l'effet d'une buvette,
d'une réunion de masse… Je ne sais pas si les infectiologues avaient des
modèles aussi détaillés ni s'ils sont précis, et les mesures rapides et
drastiques de confinement et limitations de propagation ont dû avoir un impact
(et sans elles on n'aurait pas les autres données: si on porte autant
d'attention à ce virus c'est, qu'à tort ou à raison, on le craint).

JML (2020-03-05T16:08:02Z)

« Le but du jeu est de voir combien de temps on arrive à tenir sans perdre ! »
Je me demande s'il serait techniquement possible de fabriquer des gants qui réaliseraient une désinfection automatique en temps réel, de manière à ce que l'on gagne automatiquement tant qu'on les porte.
Peut-être une conception mécanique qui causerait une diffusion d'un produit désinfectant à chaque fois que l'on exerce une pression, ou un système smart qui détecterait que l'on est en train de ne rien toucher du tout après avoir touché quelque chose sur une petite zone de la main et procéderait à une brève décharge de décontamination…
S'il est possible de fabriquer des gants comme ça qui permettent de réaliser sans trop d'inconfort les activités d'extérieur habituelles comme faire ses courses, ce serait le moment de les vendre :)

Autre remarque : s'il est vraiment efficace d'éviter les contacts main-visage pour se prémunir (partiellement) d'une contamination, alors les différents systèmes bricolés par les habitants des zones touchées, style bonbonne d'eau vide en guise de casque, qui nous sont présentés comme étant inefficaces, devraient en réalité être efficaces puisqu'il est alors impossible de se gratter la tête…

Je continue à trouver très suspect qu'il n'y ait pas de FFP2 DIY — au moins quelque chose qui soit mieux que rien…

Ruxor (2020-03-05T12:01:14Z)

J'ai ajouté un certain nombre de compléments à la fin de mon billet, notamment sur le fait que le bon terme pour r soit apparemment « taux d'attaque » et sur son rapport avec R₀ qui est r = 1 − 1/R₀ dans le modèle le plus simpliste (ce qui est apparemment la source du 70% cité çà et là).

@Manu, @Eric, @Bob: Concernant le caractère saisonnier et l'effet de la météo, voir <URL: https://docs.google.com/document/d/17mWPx-HTE1F2RKkbJlt4VkSYaznUiJgt21nuvmu51Kc > qui discute le fait que ça ne nous sauvera sans doute pas.

@Étienne: C'est ce que je voulais dire par « des immunités préexistantes l'empêchant de contracter l'infection », mais c'est vrai que j'aurais pu être plus clair.

@Olivier: En fait apparemment c'est plutôt « taux d'attaque » le bon terme, mais je ne comprends pas bien le rapport avec « taux de morbidité ».

@Toto: Faire le nécessaire pour que les écoles aient toutes du savon dans les toilettes, par exemple, ce serait déjà un bon point de départ si on veut faire passer le message que c'est très important de bien se laver les mains régulièrement. Plus sérieusement, publier une feuille de route détaillée avec les mesures qui seront prises en fonction des conditions (du genre « quand le taux de morbidité dépassera 5% tous les rassemblements de plus de 100 personnes seront interdits », que sais-je encore) pour que tout le monde sache à quoi s'attendre et puisse s'y préparer et mieux accepter ces mesures. Pour l'instant, je n'ai rien vu de la sorte.

@Ni: You're right, this is basically the point I had failed to grasp (see the additions I just made at the end of the post).

@Oncle Machin: Même s'il y a un taux de létalité finalement comparable à la grippe saisonnière (pour l'instant on est quand même un bon ordre de grandeur au-dessus !), le fait qu'on puisse vacciner les personnes fragiles contre la grippe et pas contre Covid-19, et qu'il y ait une immunité pré-implantée, justifie une différence de traitement ! Quant à l'économie, peut-être faudrait-il réfléchir à trouver des régulations pour qu'elle soit un peu moins à flux tendu et de façon que des mesures analogues prises pour des épidémies futures ne causent pas de dégâts.

@Cigaes: De fait, j'encourage tout le monde à relire Italo Calvino !

@Apokrif (concernant les mesures d'hygiène): On a évidemment peu de données. Voir cependant <URL: https://twitter.com/FryRsquared/status/1234491912775782400 > sur le lavage des mains, qui est intéressant.

@Annie: C'est une remarque qu'on peut faire sur n'importe quel phénomène probabiliste et, franchement, ce n'est pas très intéressant : si on tire un dé à six faces pour chaque personne et qu'on tue ceux qui tirent un 1, la probabilité individuelle de mourir est de 1/6, c'est vraiment peu pertinent de faire remarquer que l'univers est vraisemblablement déterministe donc que les probabilités ne peuvent valoir que 0 ou 1.

@Apokrif (concernant les mutations): J'ai vu passer les avis de plusieurs virologues exprimant l'opinion que ces contaminations multiples étaient probablement en fait des fausses guérisons, pas des réinfections. Mais je n'en sais rien.

@Name: Corrigé.

@Laurent: Merci pour ce lien ! Je le rajoute à ma liste <URL: https://gist.github.com/Gro-Tsen/866cb55d6004356c142ebab462b50025 >.

Toto (2020-03-03T17:50:24Z)

Bien vu :) https://www.newsweek.com/vatican-pope-coronavirus-italy-1490204

Bob (2020-03-03T13:38:03Z)

Une question que je me pose beaucoup et à laquelle je ne trouve pas de réponse satisfaisante : quel est l'effet de la météo (essentiellement température et humidité) sur la propagation ?
Il me semble que le virus se propage beaucoup moins dans les pays chauds par exemple. Ainsi, l'arrivée du printemps est sans doute un facteur à prendre en compte.

Laurent (2020-03-02T20:23:23Z)

Name (2020-03-02T15:19:05Z)

On est maintenant à 7 morts pour le Diamond Princess (voir article wiki).

634 cas incluant 328 asymptomatiques donne environ 50% d'asymptomatiques et non un tiers !?

JML (2020-03-02T14:45:22Z)

Question décalée (à l'usage de ceux qui paniquent) : combien de vies le coronavirus va-t-il sauver ?

Ben oui, entre autres conséquences des quarantaines et autres restrictions, il y a moins de pollution atmosphérique…
https://earthobservatory.nasa.gov/images/146362/airborne-nitrogen-dioxide-plummets-over-china

Je ne crois pas que les effets positifs aient de bonnes chances de l'emporter sur les effets négatifs… mais c'est marrant de poser la question !

Apokrif (2020-03-02T13:09:14Z)

@Ni: is it correct that being infected by a mutated virus can be worse than the first infection ? :
https://www.schneier.com/blog/archives/2020/02/friday_squid_bl_717.html#c6806325

Annie (2020-03-02T10:23:02Z)

Je ne suis pas d'accord concernant ces histoires de taux r et de taux f *individuels*. Pour une personne donnée, r vaut soit 0 soit 1, pareil pour f et dans le cas où r=0, le nombre f n'est pas défini.

Apokrif (2020-03-02T02:07:46Z)

- cette maladie, ou la grippe, change-t-elle les pratiques de commerçants (boulangeries par exemple) ou restaurateurs (nourriture touchée à mains nues, couverts posés sur table sans nappe) ?

Aura-t-elle (cf le débat sur un éventuel report des municipales) une influence sur:
* la tenue des scrutins (machine à voter de préférence à des bulletins papier, vote par Internet de préférence à des machines dans le bureau de vote)
* les modes de paiement dans les commerces (carte préférée au liquide, carte sans contact préférée à carte avec contact, smartphone préféré à la carte)

?

Apokrif (2020-03-02T02:00:28Z)

"arrêter de serrer la main ou de faire la bise spontanément aux gens qu'on croise, se laver régulièrement les mains, noter mentalement toutes les fois qu'on touche une surface possiblement contaminée et qu'on se touche le visage après pour essayer de le faire le moins souvent possible"

A-t-on une idée de l'efficacité de ces mesures ? Par exemple, ordre de grandeur du taux de contaminations par postillons ou par manipulations, chez soi, d'objets (comme vêtements, courses, courriel postal) qui ont séjourné à l'extérieur ?

Oncle Machin (2020-03-01T13:49:03Z)

> f = taux de létalité

J'ai beaucoup de mal à comprendre comment les épidémiologues utilisent ce paramètre. Je le comprends comme la probabilité pour une personne infectée de mourir. C'est comme ça que tu l'utilises dans ton calcul.

Wikipédia donne cette définition:

A case fatality rate (CFR, also case fatality risk, or case fatality ratio) is the ratio of deaths from a certain disease to the total number of people diagnosed with this disease for a certain period of time

Si on ne met pas une contrainte sur la selection de l'échantillon de personnes testés, le résultat est arbitraire.

En particulier, je lis un peu partout dans les médias que ce taux serait de 2% (et notamment dans des interviews d'experts). Ils le calculent comme le rapport entre le nombre de morts et le nombre de personnes testées positives en Chine. Hors j'ai l'impression que faute de tests disponibles, on s'est concentré sur les cas critiques (et a fortiori, pas les cas asymptomatiques). Est-ce que ce chiffre de 2% à la moindre valeur ? au minimum, il faudrait utiliser celui du bateau comme tu le fais dans ton calcul.

Cigaes (2020-03-01T12:30:22Z)

@Eric :

Je serais surpris que ni la déprime saisonnière ni la fatigue causée par le froid n'aient une part dans le caractère saisonnier de la grippe. Mais bien sûr, dans un livre sur la vitamine D, on ne trouvera que les explications liées à la vitamine D.

@Ruxor :

Je vois que tu rends hommage à Italo Calvino en considérant qu'on peut relire La Peste mais pas le lire pour la première fois.

Oncle Machin (2020-03-01T09:46:38Z)

Mon pronostic: mortalité du même ordre de grandeur qu'une épidémie de grippe saisonnière. Si le virus passe le printemps, potentiellement du bordel dans les hôpitaux. Les principaux emmerdements seront auto-infligées. Quarantaines, restrictions de voyages, chute de la bourse, temps perdu à lire des news sur le virus.

Eric (2020-03-01T05:59:28Z)

Le caractère saisonnier de la grippe s'explique en partie par le soleil. Plus de soleil permet à l'Homme de produire plus de vitamine D (si, bien sûr, il s'expose au soleil au moins 20mn/jour), qui renforce considérablement ses défenses immunitaires. D'ailleurs on a plus tendance à être malade en hiver qu'en été et plus malade en février qu'en novembre car notre "stock" de vitamine D constitué pendant l'été précédent est au plus bas (source : Livre sur la vitamine D de T. Souccar).

Ni (2020-02-29T12:08:42Z)

Another factor that could explain why r does not reach 1 is that once someone is infected, he becomes immune (at least it seems to be the case for the flu…). In terms of percolation, it means that edges of the graph are removed over time, and at some point it does not percolate anymore.

Toto (2020-02-29T11:24:44Z)

> espérer que les pouvoirs publics prennent la mesure du phénomène

Qu'attendrais tu comme réponse de la part des service publics ?

Olivier (2020-02-29T10:50:38Z)

Pardon, en reprenant tes notations, je parlais de r et non de f.

Olivier (2020-02-29T10:47:56Z)

Sauf erreur de ma part, le ratio f s'appelle le "taux de morbidité" (terme assez trompeur, d'ailleurs).

Étienne (2020-02-29T09:57:30Z)

Je ne suis pas plus spécialiste que toi, mais il me semble qu’il y a un facteur important que tu sembles oublier quand tu t’étonnes que r n’atteigne pas 1 pour les épidémies historiques : être exposé au virus n’entraîne pas forcément infection. Dans bien des cas, la grande majorité pour la plupart des maladies il me semble, le système immunitaire réussit à empêcher l’infection. Le virus est éliminé avant même d’avoir pu s’installer. On n’est pas malade, pas même asymptomatique, et pas contagieux.

Manu (2020-02-29T07:23:46Z)

Une autre chose qui n'est pas claire, c'est le caractère saisonnier de ces virus. J'ai l'impression que personne ne sait vraiment pourquoi la grippe ne sévit qu'en hiver.
Vu tes estimations sur la date du pic, elle pourrait coïncider avec l'arrivée des beaux jours et jouer en notre faveur, si ce virus se comporte comme celui de la grippe…

Clément (2020-02-29T06:52:19Z)

Merci David pour ce post clair, rationnel et utile !

Touriste (2020-02-29T06:45:56Z)

Pour la valeur de "r", j'ai vu passer ça (dans le "Live" du Welt) : le professeur Christian Drosten, virologue allemand à la fiche Wikipedia donnant un air de sérieux s'attend à un taux de l'ordre de 1/3 : "Es werden sich wahrscheinlich 60 bis 70 Prozent infizieren, aber wir wissen nicht, in welcher Zeit“, cela se produisant "Das kann durchaus zwei Jahre dauern oder sogar noch länger." Le tout en gardant une très grande incertitude, bien sûr.

<URL: https://www.welt.de/vermischtes/live205334991/Coronavirus-Internationale-Tourismus-Boerse-in-Berlin-abgesagt.html#live-ticker-entry-29709 >


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