David Madore's WebLog: Le nombre de cas de Covid-19 serait-il massivement sous-évalué ? (Ce serait une bonne nouvelle…)

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(vendredi)

Le nombre de cas de Covid-19 serait-il massivement sous-évalué ? (Ce serait une bonne nouvelle…)

Voici enfin quelque chose qui ressemble à une bonne nouvelle. Je ne sais pas combien j'ose y croire, parce que j'ai un peu peur de me laisser aller à trop espérer et d'être déçu, mais il y a des éléments très significatifs : il semble que la grippe soit en recrudescence… sauf que cette « grippe », ce serait en fait le Covid-19, qui serait énormément plus fréquent que ce qu'on imagine. Pourquoi serait-ce une bonne nouvelle ? Reprenons au début.

Commençons par l'anecdotique.

La semaine dernière, le poussinet a eu une sorte de rhume, plutôt typique mais avec quelques symptômes inhabituels (comme un goût sucré persistant dans la bouche). Évidemment, il s'est inquiété et si c'était le Covid-19 ? ; je lui ai fait remarquer que le nombre de cas était encore extrêmement faible rapporté à la population française, et que même s'il est largement sous-estimé et qu'il faut multiplier encore par un facteur de croissance de l'exponentielle entre les premiers symptômes et le moment où un cas est recensé, ça n'apparaissait toujours vraiment pas probable, surtout que son rhume collait quand même très peu avec les symptômes de Covid-19 (pas de fièvre, pas de fatigue, pas de maux de tête) et quand même bien avec un rhume classique (nez qui coule, toux plutôt grasse). J'ai fini par le convaincre. Mais entre temps nous avons demandé à un certain nombre d'amis s'ils n'avaient pas eu des symptômes particuliers ces derniers temps…

…et le nombre de réponses a été hallucinant. Plein de gens, mais vraiment plein (peut-être 20% d'un échantillon aléatoire, même si c'est vraiment difficile de compter parce qu'on obtient plus facilement des réponses positives que négatives), et, ce qui est important, des gens indépendants (par exemple des connaissances par un forum informatique qui ne se voient que rarement en vrai et n'ont pas de raison d'être des contaminations croisées) m'ont signalé avoir eu des symptômes grippaux très modérés, souvent juste un ou deux jours, ces derniers temps. Qui une toute petite poussée de fièvre, qui une toux sèche inhabituelle, qui une grande fatigue un jour, et ainsi de suite. Des symptômes qui sont assez inhabituels pour qu'on se dise tiens, c'est bizarre, mais pas assez importants pour qu'on consulte, et puis ils passent, et on n'y pense plus jusqu'à ce que je pose la question. Certains ont eu des cas plus sérieux : un ami qui fait de l'anosmie complète, un autre qui a eu une grosse fièvre avec une grande fatigue et difficulté à se concentrer pendant plusieurs jours. Sur Twitter aussi, je vois plein de gens dire des choses comme ah, j'ai de la fièvre… bon, espérons que ce n'est qu'une grippe. Faut-il vraiment espérer que ce ne soit qu'une grippe ?

Moi-même, hier, j'ai eu une forme de toux sèche, légère mais très inhabituelle (ni la toux grasse que j'ai en fin de rhume, ni la toux sèche qui lui succède ensuite quand je sens bien que j'ai la gorge iritée, mais l'impression déplaisante d'avoir quelque chose à sortir qui ne vient vraiment pas). Puis cette impression est passée, je me suis dit que c'était probablement la poussière de l'appartement où je n'ai pas l'habitude de rester confiné, ou simplement l'effet nocebo dû au stress, et je n'y ai plus repensé, sauf qu'un peu avant 20h j'ai eu un énorme coup de fatigue, avec une grande difficulté à me concentrer sur quoi que ce soit. Je ne sais pas quoi en penser. (Je note qu'en ce qui me concerne, je suis vacciné contre la grippe.)

Bon, tout ça c'est de l'anecdotique, même si c'est de l'anecdotique qui commence à devenir frappant quand mon poussinet et moi avons vu s'accumuler les réponses d'amis et collègues qui nous disaient avoir fait une grippounette.

Mais alors regardons des données moins anecdotiques. Plein de pays ont des réseaux de surveillance de la grippe qui enregistrent le nombre de consultations de médecins pour syndromes grippaux (ILI : Influenza-Like Infection). Et là on constate que, au moins en France, en Suisse, en Belgique, à New York (cf. les graphes de ce fil Twitter), alors que l'épidémie de grippe était en phase de recul, il y a ces derniers jours une nette recrudescence de consultations pour syndromes grippaux, comme si un nouveau pic de grippe arrivait. Or la grippe saisonnière ne fait jamais deux pics : elle vient, elle culmine, elle repart. (Une épidémie peut faire plusieurs pics si, par exemple, les gens prennent peur et s'isolent, avant qu'assez d'immunité se soit installée dans le pays, puis ressortent quand ils ont l'impression que le danger est passé. Mais ceci n'est pas du tout le cas pour la grippe. Au contraire, les mesures anxiogènes autour de Covid-19 devraient plutôt avoir un effet accélérant la fin de l'épidémie de grippe.) Si ce n'est pas la grippe, quel autre virus pourrait être responsable de nouveaux cas de grippe un peu partout ?

Non, en fait, ce n'est pas si simple : il y a une autre explication naturelle, c'est que les gens s'inquiètent plus et se surveillent plus, donc remarquent des symptômes qui en temps normal ne l'auraient pas été, ou encore qu'ils font une forme d'hypocondrie. J'ai du mal à croire que ça puisse être d'une telle ampleur (mes amis me décrivent des symptômes légers mais inhabituels d'après eux ; et ceux qui vont consulter un médecin ont probablement des symptômes un peu plus que complètement anecdotiques).

Cette prépublication (par Pierre-Yves Boëlle, du réseau Sentinelles de surveillance de la grippe en France) rapporte une corrélation significative, à travers les régions françaises, entre l'excès à la normale du nombre de consultation pour syndromes grippaux et le nombre de cas de Covid-19 rapportés dans la région, ainsi qu'une croissance de ceux-ci dans le temps ayant une pente logarithmique compatible avec la progression de l'épidémie de Covid-19. Il semble assez peu vraisemblable qu'un effet purement psychologique se comporte de cette manière (même si tout cela est très difficile à quantifier). Le texte signale que le réseau Sentinelles a eu des tests positifs au Covid-19 parmi les échantillons prélevés aléatoirement pour analyse de différents virus (il ne donne malheureusement pas le nombre, qui n'est probablement pas assez significatif pour qu'on puisse en tirer quelque conclusion que ce soit à part « il y a des cas »).

Bref, tout ça n'est pas une preuve absolue, mais il y a des indices qui commencent à devenir très forts que beaucoup de syndromes grippaux bénins sont en fait des cas de Covid-19.

En quoi est-ce que ça remet en cause beaucoup de chose qu'on croyait ? Cela suggère un ordre de grandeur vraiment différent du nombre de cas. L'article de Boëlle estime à 84 par 100 000 habitants l'excès du nombre de consultations pour syndromes grippaux, en semaine 2020-W10, sur l'ensemble de la France, c'est-à-dire 59 000 consultations supplémentaires sur cette semaine, alors que les cas nouveaux de Covid-19 officiellement recensés sur cette semaine étaient de 1000 environ, qu'il faut probablement multiplier par un facteur 2 ou 3 avant de comparer, pour tenir compte du fait qu'il y a quelques jours (pendant lesquels la croissance exponentielle continue…) entre le moment où un cas est au niveau qui amène la personne à consulter et le moment où il est au niveau qui l'amène éventuellement à l'hôpital et où on ferait un test. Je me doutais bien que la grande majorité des infections n'étaient pas testées (j'utilisais l'ordre de grandeur de ×10 tiré du recollement d'estimations très grossières), mais là on est vraiment au-delà de ce que je pensais. Ou pour le dire autrement, comme il semble que la mort se produise généralement autour d'une semaine après les premiers symptômes, sur ces 59 000 consultations supplémentaires suspectes en 2020-W10, seules 100 sont mortes de Covid-19 en 2020-W11, ce qui fait une létalité autour de 0.2% parmi les cas suffisamment graves pour justifier une consultation chez un médecin, dont on peut eux-mêmes penser qu'ils sont encore loin de représenter l'ensemble des infections (la plupart des amis que j'ai évoqués plus haut ne sont pas allés voir un médecin ! évidemment, rien ne dit qu'ils avaient Covid-19, et évidemment ils ont tendance à être plus jeunes que la médiane, mais c'est une idée à garder à l'esprit).

En quoi serait-ce une bonne nouvelle ? En ce que cela suggère que la létalité aurait été fortement surestimée. Il faut se dire qu'on a affaire à un iceberg (qui grossit !) : on n'en voit que la partie émergée (les morts, les cas de détresse respiratoire aiguë, et d'autres cas assez graves pour être traités par les services d'urgence et faire l'objet d'un test qui sera comptabilisé dans les statistiques s'il est positif). Mais on ignore la taille de la partie submergée (les cas qui se présentent comme une grippe banale, voire une grippounette, peut-être même une absence totale de symptômes). Si on ne regarde que la partie émergée, l'iceberg est très inquiétant, parce qu'il va grossir jusqu'à des proportions démesurées. Mais si la partie submergée est assez grosse, c'est que nous sommes bien plus avancés qu'on le pensait dans l'infection, et le seuil d'immunité n'est plus forcément si loin. I.e., l'aplatissement de la courbe nécessaire pour traverser l'épidémie ne semble plus aussi invraisemblablement inatteignable.

Le nombre de décès et de cas graves est évidemment ce qu'il est. Le débordement des services d'urgences où il a lieu est un fait incontestable et qui appelle au minimum à ce qu'on ralentisse fortement l'épidémie, mais la différence est que cette situation représenteraient une épidémie déjà bien avancée et pas le tout début du bout de son nez. Ce serait incontestablement une bonne nouvelle.

Pour dire les choses autrement, si on suppose que chez 90% de la population (chiffre complètement pifométrique) l'infection au Covid-19 ne produit que des symptômes tellement modérés que personne ne se rend compte de rien, et peut-être que ces personnes ne sont que très faiblement infectieuses, et que leur charge virale reste trop faible pour que les tests soient fiables auprès d'eux, cela ne changera pas beaucoup la dynamique connue de l'épidémie jusqu'à présent, sauf que c'est comme si la population à infectée était dix fois plus faible, et avec elle le nombre de morts à prévoir.

Si tout ça est juste, il me semble clair que la stratégie d'« aplatir la courbe » (celle que j'appelais ②), et pas celle de chercher à arrêter à tout prix l'épidémie (celle que j'appelais ①), est la bonne. On a toujours un choix[#] entre Charybde et Scylla, mais Scylla est moins horrible que ce qui était initialement prévu. Bien sûr, pour l'instant, on navigue à vue et il est trop tôt pour essayer de savoir de combien.

[#] Enfin, à supposer qu'on ait un choix, parce qu'il n'est pas clair que le niveau maximal de confinement acceptable pour la population soit suffisant pour ramener le nombre de reproduction en-dessous de 1… Quand je regarde les données pour le village italien de Lodi, qui est confiné depuis le 2020-02-23, j'ai l'impression qu'on tourne autour de 1 (ces chiffres sont malheureusement très difficiles à lire parce qu'il ne semble pas que le nombre de cas actifs soit publié, seulement le nombre de cas cumulé).

Quelques remarques, cependant. Le nombre de cas ne peut pas avoir été trop lourdement sous-estimé : la Corée du Sud contrôle son épidémie par une campagne de tests massifs : s'il y avait trop de cas presque asymptomatiques mais testant positifs, ça se refléterait sur leur taux de létalité qui n'est pas si bas que ça ; et s'il y avait trop de cas presque asymptomatiques testant négatifs, leur stratégie pour retrouver les contaminations ne marcherait pas, sauf si ces personnes ne sont pas du tout contagieuses : c'est pour ça que l'hypothèse à avancer est que ces cas en questions sont presque asymptomatiques, sont généralement négatifs aux tests, et sont peu contagieux. Cette hypothèse pose toujours un problème, qui est qu'il y a eu des événements de contamination de groupe où un grand nombre de personnes ont été contaminées parmi la population présente, ce qui laisse penser que le taux d'asymptotiques ne peut pas être trop bas. Mais l'hypothèse a été avancée (voir par exemple ici) que toutes les contaminations ne se valent pas : la gravité pourrait dépendre du nombre de contacts, des doses infectantes, et/ou de la voie d'infection : ceci expliquerait que les événements supercontaminateurs ne représenteraient pas des statistiques habituelles.

L'autre point crucial à souligner, c'est que tout ce que j'ai dit n'est une bonne nouvelle que si les contaminations presque asymptomatiques sont néanmoins assez pour conférer une immunité. Là je ne suis pas du tout qualifié pour m'exprimer, mais cette analyse semble suggérer qu'on peut être prudemment optimiste à ce sujet.

Et bien sûr, il faut garder à l'esprit dans tout ça qu'un facteur énorme à prendre en compte, c'est combien les personnes âgées sont touchées par l'épidémie. Voir cet excellent article qui analyse le cas de l'Italie par rapport à la Corée (la plus grosse différence dans le taux de létalité semble venir du nombre de personnes âgées infectées). Si on veut utiliser comme stratégie d'aplatir la courbe, il faut aussi prendre garder à protéger plus soigneusement les personnes âgées que les jeunes.

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