Comments on Introduction à la classification DRECOFGE du vivant

"Regarder les taxa de rang supérieur est aussi intéressant pour savoir si les ressemblances qu'on détecte sont accidentelles ou résultent de proximité phylogénétique"

Accidentelle ou… évolution convergente.

Le coup de l'anneau d'interfertilité non transitive se voit de manière évidente au niveau temporel (le énième arrière grand-parent…).

D'ailleurs, le bordel des désignations d'espèce en paléontologie, ça t'intéresse ?

Enfin, chez les camélidés américains, les animaux domestiques (alpaca, lama) sont considérées commes des espèces dustinctes de la vigogne et du guanaco.

#Ruxor : toi qui es un grand fan (et Manitou) des histoires de classement et surtout de symétries, en rapport avec cette entrée, est ce qu'il existe un arbre un arbre phylogénétiques des objets en mathématique ?

L'application «Seek by iNaturalist» permet d'identifier les animaux, les plantes et les champignons. Elle ne donne pas de degré de certitude comme plantnet mais propose parfois la famille ou l'ordre en cas d'incertitude.

C'est marrant, je me suis intéressé à ça tout récemment. J'en avais ma claque d'entendre "les foobars ressemblent à des bazquxs mais sont en fait plus proches des fumzots", alors je me suis servi du site <URL: https://labs.minutelabs.io/Tree-of-Life-Explorer/ > pour me faire une vue d'ensemble des animaux et surtout des mammifères.

Je recommande beaucoup ce truc pour une exploration générale. Il y a plein de trucs pas à jour (exemple : la classification des damans+lamantins+éléphants) et d'espèces manquantes (surtout domestiques), et c'est très lent quand l'arbre est gros ; mais on peut très facilement suivre une lignée dans un sens ou dans l'autre, ou comparer un petit groupe d'espèces.

Avec ça, j'ai fabriqué un arbre des mammifères où toutes les feuilles sont des espèces ou genres qui me disent quelque chose: <URL: https://tinyurl.com/mammals-map >. (L'arbre ne se charge pas toujours complètement car il est gros ; rafraîchir plusieurs fois jusqu'à voir le furet en bas à droite.)

Le but est de faire correspondre ma conception des bestioles avec leur classification, donc ça rentre énormément dans les détails quand ça me parle (par exemple, je connais bien les mustélidés à la con) et pas du tout sinon (je me fous complètement de la classification des chauves-souris). Je conseille de modifier l'arbre pour pondre une vue d'ensemble qui a du sens pour toi.

Ce qui n'apparaît pas dans l'arbre, et que j'espérais lire ici, c'est l'intérêt des grades comme "ordre" ou "famille".

Si je m'intéresse aux distinctions générales parmi les mammifères, ce qui saute aux yeux c'est les infraclasses placentaire / marsupial, et les 4 super-ordres Euarchontoglires / Laurasiatheria / Afrotheria / Xenarthra (et les clades immédiatement au-dessus qui les regroupent, mais ils sont encore mal connus). Si je m'intéresse à une espèce particulière, je veux voir celles qui lui ressemblent beaucoup : ça correspond souvent en gros au genre, mais certains ont des différences anatomiques ou comportementales énormes entre espèces, tandis que pour d'autres on a des familles entières qui sont à peu près le même bidule.

À quoi servent ces niveaux privilégiés, par opposition à un système où on nommerait n'importe quel clade par quelques espèces, peu importe son niveau ?

Ce qui complique les choses, c'est que la classification est assez évolutive. C'est ainsi que les lièvres et les lapins (léporidés) ont été exclus de l'ordre des rongeurs et constituent, avec les pikas, l'ordre des lagomorphes. Cela n'empêche pas Praline, mon lapin nain, de grignoter ce qui lui passe sous le nez (à noter qu'elle ne ronge plus les fils électriques)

@ Apokrif. Oui, il y a des cas assez curieux où le non-vivant singe le vivant, et vice-versa: blobs, diatomées (d'origine géologique), certains systèmes moléculaires organisés, les réplicateurs (en particulier les virus et prions), etc. Mais je pense qu'il s'agit d'une interface pas très épaisse entre les deux mondes. Et puis après, on peut discuter à l'infini: Descartes considérait un être vivant comme une machine (très) complexe, ce qui n'a plus de sens aujourd'hui. L'article de "Science" de 2010 (10.1126/science.1197258) évoquant la découverte d'une bactérie avec un ADN structuré par des arséniates à la place des phosphates n'est toujours pas retracté (alors qu'il devrait probablement l'être), etc.
Sur l'organisation du minéral générant du vivant, je conseille la lecture du roman de Stanislas Lem, "L'invincible", à mon humble avis bien plus profond que "Solaris".

@Coward Anon: et quand le minéral ressemble au biologique ? https://www.seuil.com/ouvrage/infravies-thomas-heams/9782021098198

La classification du (monde) vivant est passionnante car nous en faisons partie, et aussi parce que nous exerçons une énorme influence sur elle: il y a 8000 ans, la masse des hommes (Homo sapiens) et de ses animaux domestiques représentait 0.1% de la masse de tous les mammifères vivants; aujourd'hui, c'est 98%. Plus impressionnant encore: actuellement, 79% de la masse de la classe "aves" se résume à une seule sous-espèce: Gallus gallus domesticus, que nous élevons pour notre propre consommation…

Mais il y a autre chose de fondamentalement plus passionnant encore. La classification du vivant est effroyablement complexe (cet aspect est bien rendu dans le texte de David Madore). Je ne sais pas, par exemple, si le fait qu'il y ait 2000 espèces (connues) dans le genre Taraxacum (les pissenlits) doit être considéré comme un truc réjouissant ou désespérant. On peut positiver et penser que oui, c'est très bien comme ça, et qu'on peut avoir l'ambition de devenir LE spécialiste mondial de Taraxacum megalorrhizon (Forssk.) Hand.-Mazz. (oui, vous avez deviné, c'est bien le pissenlit à grosse racine qu'on trouve dans la campagne autour de Marseille).

Bon, j'en arrive à ce que je voulais expliquer: à la différence de la classification du vivant, la classification du non-vivant (les minéraux) est étonnamment simple. La hiérarchie ne comporte plus que 4 niveaux: Classe, Type, Groupe, Espèce. Il n'y a "que" 10 classes de minéraux, alors qu'il y a des centaines de classes dans la classification linnéenne (352 parait-il, un chiffre qui me semble assez fumeux). La taxonomie de Strunz (l'équivalent de Linné) utilisée par l'Association internationale de minéralogie, ne recense, en mars 2022, que 5794 espèces, alors que personne ne sait combien d'espèces vivantes existent. D'ailleurs, de manière ironique, il y plein d'espèces vivantes éteintes, alors que les minéraux, eux, existent pour toujours. Un minéral s'approche de l'éternel.

Cioran, qui s'y connaissait sur le thème de "c'est quoi être vivant?" avait bien capté cette énorme différence. Dans son "exercice d'admiration" sur Roger Caillois, il commente, qu'après avoir lu "Pierres", il va visiter la section de paléontologie du Muséum d'Histoire Naturelle, puis la Galerie de Minéralogie. C'est bien pratique, ils sont dans le même bâtiment du Jardin des Plantes. Sa conclusion est simple: "Auprès des pierres, le squelette fait piteux". Selon lui, Caillois, "en remontant en pensée jusqu'au moment de leur genèse, avait approché d'une illumination, d'une espèce insolite d'état mystique, d'un abîme où se dissoudre".

En fait, le monde est infiniment plus minéral que vivant. Ce qui ressort de ces classifications, c'est que la vie est une sorte de micro-bordel (je ne trouve pas d'autre mot), pas fondamentalement intéressant. Il n'y a rien de négatif dans cette conclusion, et en plus, elle débouche pour moi sur un fait très concret. Je n'aurais jamais pu étudier en Biologie, je trouve cette branche assez pleine de trucs dégoutants. Alors que les minéraux, leurs structures, leurs symétries internes, leurs vibrations, sont des trucs propres, très beaux en fait. Et j'ai eu cet immense coup de bol, vers 19-20 ans, de faire le bon choix, comme disait Giscard.

En découvrant la notion d'espèce en anneau "ouvert", je me demande s'il existe des espèces en anneau fermé, c'est-à-dire dont les populations adjacentes seraient toujours interfertiles mais dont au moins certaines populations non-adjacentes ne le seraient pas.

C'est cool que tu abordes le sujet !
La classification du vivant est à la fois fascinante et agaçante par le manque de pédagogie de cette matière parasitée par les problèmes d'égo et idéologiques. Tu donnes de bons exemples du manque d'entente qui en résulte. Les égos sont flattés par le principe du « le nom à la con que tu donnes à un truc est fixé pour l'éternité (du moment que le truc en question reste un concept pertinent) » : il n'y a pas de notion de nom temporaire et de processus qui vise à attribuer un bon nom définitif une fois que la science de la chose est bien fondée, c'est-à-dire une fois que l'on comprend bien le taxon à nommer, et en attribuant un nom qui facilite la tâche aux humains (cette critique est valable pour la plupart des domaines de la science : absence de processus de refondation de la terminologie une fois qu'un domaine est bien compris ; mon ego avant les générations futures). Chacun y va de son arbre phylogénétique en nommant absurdement chaque nœud de l'arbre alors même qu'il est certain que l'on n'en sait pas assez pour que l'arbre soit fiable et qu'il serait plus pratique d'avoir un “nom” descriptif en anglais (“animaux avec ceci mais pas cela”). Il y a l'idéologie que les bons noms seraient forcément monophylétiques au lieu d'avoir pour objectif des groupes paraphylétiques pratiques (et sans doute un mot qui voudrait dire “au sens large” quand on a tout de même besoin de dire que nous sommes des poissons, par exemple quand Oliver Sacks décrit un patient chez qui une atteinte cérébrale a relancé la respiration branchiale (battement rythmique des muscles homologues)). À cause de ces absurdités, la diversité du vivant est difficile à aborder : soit l'on est noyé dans des détails de groupes obscurs et l'on se retrouve à retenir des noms qui seront caducs 10 ans plus tard, soit l'on en reste à une présentation hyper simplifiée et réductrice. Le statut vivant des virus est discuté par ceux qui sont attachés à leurs conceptions culturelles idéologiques mais n'est pas discutable : ça se reproduit en évoluant et ça a même une sexualité par la co-infection… Le fait que le virion libre est inerte n'est pas une raison pour lui dénier sa nature de phénomène vivant (comme un tardigrade ou une spore bactérienne déshydraté est un être vivant figé) : sa vie se manifeste quand il infecte sa cible, et alors son identité d'être vivant ne se manifeste pas par un corps circonscrit dans l'espace mais par un processus diffus dans sa cible. Le pire que j'ai rencontré est un prof qui voulait définir ce qu'est une cellule par un concept de plus petite unité de sélection naturelle pour l'évolution des espèces ! Il avait lu un livre qu'il avait trouvé très intelligent, écrit par des membres éminents de la recherche académique, et bazardait cette définition absurde à des étudiants de BAC+1 qui avaient un module de biologie dans leur cursus…

« On appelle clade ou groupe monophylétique un groupe d'êtres vivants qui descendent d'un individu unique […] chaque famille devrait correspondre à la descendance d'un couple […] »
Faux pour les espèces sexuées, et ça fait partie des choses qui m'ont été très mal enseignées à l'école jusqu'à ce que je découvre les mots-clés qui permettent de comprendre ce qu'est la spéciation sexuée et pourquoi le concept de mutation n'est pas le concept moteur : « génétique des populations » et « fréquence allélique ». On définit une espèce comme un groupe d'individus dont les flux génétiques extérieurs sont faibles (et alors perçus comme des hybridations avec une espèce proche), et les populations comme des sous-ensembles d'une espèce par le même concept de flux génétique mais avec un seuil plus important : alors que les flux génétiques intérieurs à une espèce sont suffisamment importants pour que les fréquences alléliques des populations ne puissent pas trop diverger les unes des autres. La spéciation se produit quand les flux extérieurs d'une population tombent trop bas : alors les fréquences alléliques peuvent diverger fortement (en quelques générations, par exemple 5, si la pression de sélection est forte sur la population), et donc les phénotypes et les comportements (par exemple les individus deviennent petits, sombres et nocturnes, au lieu d'être nettement plus gros, clairs et diurnes). J'imagine qu'une mutation très favorable est susceptible dans des cas rares de provoquer une spéciation, mais le cas général est que les mutations n'interviennent que secondairement : une certaine mutation devenant favorable dans le contexte des nouvelles fréquences alléliques.
Tu vois qu'il n'y a pas d'Adam et d'Ève de la nouvelle espèce (mais un Adam ou une Ève pour chaque mutation) ; et ton modèle de spéciation forcément binomiale tombe à l'eau : une même espèce initiale, disposant d'un stock d'innovations fertiles, peut rester approximativement inchangée dans sa niche écologique initiale pendant que diverses populations spécient chacune dans sa nouvelle niche.
Les espèce non sexuées ont un avantage pour la colonisation rapide d'un terrain favorable initialement vierge ; mais j'ai du mal à comprendre comment elles peuvent tenir le choc à long terme. S'agit-il essentiellement de culs-de-sac évolutifs ? Ou bien se maintiennent-elles grâce à des mécanismes de transferts horizontaux ?

PS DRECOFGE est imprononçable → DRECOFaGE ? Y'a plus qu'à inventer une étymologie en mangeur de quelque chose :)

1) À propos de la définition d'espèce par interfécondité, tu renvoies à la page Wikipedia sur "Ring species", où il y a cette phrase :
Formally, the issue is that interfertility (ability to interbreed) is not a transitive relation; if A breeds with B, and B breeds with C, it does not mean that A breeds with C, and therefore does not define an equivalence relation.

Si je comprends bien le cadre mathématique, il n'est pas possible de définir des classes pertinentes (espèces, ici) en quotientant l'ensemble des individus par une relation qui n'est pas une relation d'équivalence. En l'espèce (si je puis dire), l'interfécondité n'est pas transitive.

En plus, il est théoriquement possible que les mâles du groupe A puissent se reproduire avec les femelles du groupe B, mais pas l'inverse. Il semblerait à ce propos qu'il y ait quelques cas documentés de mules (âne + jument) fertiles, mais rien de fiable pour des bardots (cheval + ânesse). Au passage, une poignée de cas exceptionnels invalident-ils le fait que le cheval et l'âne soient deux espèces différentes ? Sinon, où est la limite ?

2) Sinon, quand tu écris "L'unité de base, donc, c'est l'espèce", je me suis dit "Ah bon, c'est pas l'individu ?" J'ai l'impression que la définition classique comme celle que tu proposes ("le problème n'est pas de savoir si les individus de tel et tel groupe sont capables de se reproduire ensemble, mais s'ils le font effectivement et s'il existe des populations séparées qui maintiennent une identité distincte et entre lesquelles le brassage génétique est insuffisant pour propager des mutations") présupposent déjà (pour se limiter à la reproduction sexuée) que l'on a défini des groupes au sein desquels choisir un mâle d'un côté et une femelle de l'autre pour voir s'ils se reproduisent, et je ne vois pas comment appliquer ces critères ailleurs qu'au seul niveau de l'individu (tel animal bien précis et tel animal bien précis se sont reproduits, OK, mais ça ne fait pas beaucoup avancer la classification…).

3) Comme tu l'évoques, tout cela s'applique aux tentatives de définir "C'est la même langue" à partir de la notion d'intercompréhension. Ici, la relation n'est pas symétrique (par exemple, il paraît que les Danois comprennent mieux les Suédois que l'inverse), ni transitive. Le même problème de la définition préalable de groupes à comparer (mon point 2) pose également problème : il y a tellement d'échelons (le français, le français de Belgique, le français de Liège…) et le seul que j'arrive à cerner clairement est l'individu : la langue que je parle.

4) Pour rebondir en mélangeant les espèces et les langues, je suis fasciné par la richesse de la terminologie des équidés : horse, stallion, gelding, mare, sire, dam, foal (yearling, colt, filly), donkey, jack, jenny, mule, hinny… Même pony est amusant, car on a un terme spécifique selon la taille. C'est aussi vertigineux que la terminologie de la famille dans certaines langues (c'est ton oncle, OK, mais paternel ou maternel ? Et c'est le petit frère ou le grand frère de ton parent ?)

Pour avoir une idée très bien vulgarisée du bordel chez les non-eucaryotes, je recommande le passionnant : <URL: https://www.franceculture.fr/emissions/lsd-la-serie-documentaire/definir-le-vivant >

Je seconde la recommandation de Birdnet pour les chants d'oiseaux. Il y aussi Merlin, par la même équipe, qui a le bon goût de fonctionner hors ligne et sur la base de questions-réponses. Il reconnaît aussi les chants, mais seulement en Amérique du Nord pour l'instant malheureusement.

Ne soit pas trop sévère avec Linnée: il opérait dans un cadre conceptuel fixiste qui ne pouvait pas faire de place à l'idée de phylogénie. L'arbitraire de la classification était moins pesant, de fait.

Et même à son époque, l'effort requis pour ordonner l'ensemble du vivant est déjà non seulement louable mais c'est également une prouesse en soi.

C'est d'ailleurs à l'issue de ce travail phénoménal qu'il palpait d'ailleurs déjà l'idée que le fixisme posait bien quelques problèmes, mais personne n'avait la moindre idée que cela pouvait se jouer à l'échelle du vivant tout entier même. Il s'est tout de même rendu compte dans les séries botaniques que les catégories proximales étaient très insatisfaisantes en raison de la flexibilité que démontrait la nature. Il s'est accomodé de l'idée d'une variation accidentelle flexible, asservie d'une limite par essence. Il n'y avait probablement pas le matériel nécessaire pour que cette variation vienne secouer son fixisme aux catégories suppérieures, il faut attendre l'essor de la classification et les naturalistes voyageurs qui vont lui succéder pour commencer à avoir le matériel suffisant…

"Pour les animaux, il n'y a rien de tel"
IL ya birdnet qui reconnait très bien les oiseaux par leur chant!

Les spécialistes pensent t ils que le patou et le chihuahua sont en train de devenir deux espèces ? (pas tout lui c'est bcp bcp trop long :))

Ooh! Will you next talk about how chemistry in the real world also won't conform to the nice simple system that we want to use to describe it?

Le mec il se plaint "[d]es dialogues interminables sur la classification des poissons". La poutre, la paille, tout ça. =D