Comments on Le nombre de cas de Covid-19 serait-il massivement sous-évalué ? (Ce serait une bonne nouvelle…)

J'ai vu que sur twitter tu proposais avec d'autres de mélanger des échantillons pour qu'un seul test négatif valide d'un coup plusieurs personnes comme négatives.
Mais quid du problème mathématique associé ?

Soit une population qui à taux p teste + à un certain test. On ignore p mais on dispose de k tests.
Sachant que chaque test peut tester un nombre arbitraire de personnes à la fois en répondant + ssi l'une au moins de ces personnes est +, quelle est la meilleure stratégie d'évaluation de p et quelle approximation de p obtient-on ?

(Formulation ouverte où "meilleure" n'est pas défini. Une formulation plus proche des réalités pourrait être que chaque test ne peut tester que 10 personnes au maximum et que l'on voudrait une stratégie qui soit automatisable (une manière régulière de mélanger les échantillons).)

Cru comprendre sur CNEWS (il y a quelques minutes, avec Gérald Kierzek): un test sur 25 personnes (de CNEWS ?) aurait été effectué, aucun résultat positif n'aurait été obtenu et on n'aurait donc pas assez d'immunité collective.

https://information.tv5monde.com/info/allemagne-etude-en-preparation-sur-l-ampleur-de-l-immunite-au-covid-19-353180

« L'Allemagne va lancer une étude sur plus de 100.000 personnes pour déterminer si elles sont immunisées contre le nouveau coronavirus »

« Une sorte de carnet de vaccination pour les personnes immunisées pourrait voir le jour qui leur permettrait de reprendre leurs activités malgré par exemple des restrictions encore en place »

Erreur dans mon commentaire précédent: sous-estimation des *décès*.

Sous-estimation du nombre de cas en France (peut-être en parallèle avec une surestimation: gens porteurs du virus mais morts d'autre chose, cf un article en allemand cité dans les commentaires de ce blog): https://www.lepoint.fr/sante/coronavirus-la-verite-sur-le-nombre-de-morts-25-03-2020-2368669_40.php

Il ne faut pas à mon avis se faire beaucoup d'illusion sur le taux de pénétration ou d'attaque du SARS-CoV-2 dans les populations actuellement, le virus est arrivé sur le territoire national il y a à peine 2 mois et il a été identifié en Chine il n'y a même pas 4 mois, je cite l'article de Wikipédia : "Les premiers symptômes attribuables a posteriori à SARS-CoV-2 seraient toutefois apparus dès le 1er décembre 2019 chez un patient n'ayant pas fréquenté ce marché, de même qu'un tiers des 41 cas signalés à Wuhan en décembre 2019; des experts en ont déduit que l'origine de l'épidémie pourrait être antérieure à décembre 2019, et ne pas se trouver sur le marché de Wuhan". C'est atroce mais j'ai l'impression que dès qu'on va sortir du confinement même progressivement l'épidémie reprendra sa propagation fulgurante.

@Ruxor:
Mince, je voulais écrire 130 mille plutôt que 13000 (ceci sans compter les morts dus à l'engorgement des hôpitaux, ni tenir compte de la pyramide des âges).

Pour vérifier ton hypothèse, la sérologie arrive!
https://www.bfmtv.com/sante/coronavirus-pourquoi-la-france-compte-autant-sur-les-tests-de-depistage-serologique-1881836.html

J'ai regardé l'étude d'Oxford en diagonale, j'ai l'impression qu'elle dit « même si on prend un taux de mortalité faible, ça peut coller aux données avec notre modèle SIR, mais avec un taux d'attaque important, donc il faudrait tester la population parce qu'après tout c'est possible. »
Il faut reconnaître que pour un taux d'attaque qui dépasse nettement les 10% la sélectivité des tests séro suffirait à mesurer quelque chose.
Après c'est comme pour l'autre étude épidémio qui pense qu'à Wuhan City le taux d'attaque est de 20% : ça suppose que les autorités chinoises se sont bien gardées de nous transmettre la bonne nouvelle.
Après tout on est en guerre économique avec la Chine, pourquoi ne pas supposer qu'ils s'arrangent pour qu'on ruine notre économie pour rien…

Ils diraient dans cette étude : La majorité de la population aurait déjà été infectée par le SARS-CoV-2 en UK (et en France). Ce qui ferait qu’actuellement le taux de mortalité de cet agent infectieux est d’un peu plus de 3 pour 100000 (j’ai pris les 1000 morts officiellement provoqués en France par le covid19 et le fait que la moitié de la population française est de 32 500000 individus) ce qui n’est pas du tout réaliste par rapport à ce qu’on voit à la télé ou sur internet. C’est un Fake ?

https://www.scmp.com/news/china/society/article/3076323/third-coronavirus-cases-may-be-silent-carriers-classified
Le nombre de cas chinois vient de faire +50% dans les stats, ils n'avaient pas dénombré ceux qui testaient + sans symptômes.
Inconnues : test ARN ou anticorps ?

Personne n'envisage que ceux qui testent négatifs puissent être covidés quand même, sans parler de contagieux…

J'ai constaté un peu la même chose dans mon entourage.

Qu'arrive-t-il dans ton sondage si tu enlèves les parents de jeunes enfants? Le R0 des enfants doit bien être de 40+ ;-)

Il serait bon que le gouvernement alloue quelques ressources pour faire, disons, 10000 dépistages par tirage au sort en Ile de France, ou alors attendre les testes sérologiques pour savoir combien de gens sont immunisés. Ca permettrait d'affiner la stratégie pour les semaines qui viennent, même si le mieux en ce moment est sûrement le confinement, vu la saturation des hopitaux.

https://www.youtube.com/watch?v=JKY1i7IpK3Y&t=1846s

Cours de Ph Sansonetti au Collège de France qui fait un point très complet sur le virus, loin de quantité d"approximations médiatiques ou "sociales".

@Apokrif On en entendra parler en tout cas ! Il y a certainement moyen de faire avaler à la population un truc du genre TraceTogether, à base de données locales sur le téléphone :
https://www.zdnet.com/article/singapore-introduces-contact-tracing-app-to-slow-coronavirus-spread/
(suivi d'une avalanche de billets d'un certain D. Madore sur tous les problèmes du protocole, l'illusion de protection de la vie privée etc.)

Choses à garder en tête : pour les publis sur les tests ce sont des études chinoises et "anciennes". La publi sur le test sérologique met dans l'abstract des nombres à 4 chiffres significatifs sans aucun IC95 (!!). Nul doute que nos instances médicales se basent sur des données estimées plus fiables (des publis que je n'ai pas trouvées ou simplement bouche-à-oreille informel basé sur des impressions). Leur taux de faux négatifs estimé est donc quelque part dans 10-75%…

Si on peut tester l'existence d'anticorps, la Chine pourrait arriver à déterminer le pourcentage de cas graves en faisant des sondages dans la région de Wuhan: ça leur donnerait le pourcentage de la population infectée et, normalement, ils doivent avoir une trace des cas graves. Ca fournirait une base plus solide pour évaluer les dégâts potentiels que les chiffres qui tombent quotidiennement.

@Sandrine: aux Etats-Unis: https://twitter.com/JamesADamore/status/1240442283213889539

J'ai observé la même chose que toi sur les forums que je fréquente (donc parmi des gens qui ne se voient pas en vrai).
Plus précisément, cet hiver, vers janvier, il y avait plein de gens malades ou dont les enfants étaient malades. Je me suis dit : "tiens, il y a plus de virus que d'habitude cette année" (probablement parce que les températures ne sont pas descendues très bas).
Puis ça c'est calmé… Et voilà que récemment ça reprend.
Moi-même j'ai eu une angine, ce qui est fréquent… Mais avec de la fièvre, ce qui l'est beaucoup moins.

@JML: est-il envisageable en France de trouver les contacts, comme cela s'est fait paraît-il dans d'autres pays, en étudiant le bornage des téléphones ou l'historique des utilisations de carte bancaire ?

@Laurent: faut-il se centrer sur des symptômes plus spécifiques au COVID, comme l'absence de goût ou d'odorat avec nez *débouché* ?

@pff: est-ce l'idée britannique ou néerlandaise ?

J'avais oublié : si l'on a 40-50% de faux négatifs sur les patients manifestement covids, on ne peut pas beaucoup compter sur le test pour les patients simplement suspects…
Tout cela est bien ballot par rapport aux stratégies de déconfinement. Sans tracking des contacts, ça va repartir.

Suite à mes échanges avec une spécialiste des modèles à destination des décideurs :
elle est scandalisée que le modèle Ferguson soit utilisé pour des prédictions quantitatives. Au mieux, on peut utiliser ce genre de modèle pour évaluer si une certaine mesure aura un impact plutôt important ou plutôt négligeable ; et encore, cette évaluation n'est pas très fiable.
Le modèle essaye de se baser sur diverses données type INSEE, qui déjà ne sont pas très fiables, et surtout ne sont pas exhaustives (comment savoir si par exemple les visites aux prostituées jouent un rôle négligeable ou non dans la propagation du virus ?). Avoir un modèle suffisamment complet relève actuellement de la science fiction. Et cela sans même prendre en compte qu'il faudrait anticiper comment les gens vont dévier de leur comportement habituel en fonction de leur perception de la situation. Donc même si l'on connaissait les paramètres du virus (modes de propagation, contagiosité aux différents stades de la maladie etc.) il n'y a aucune chance que l'on puisse en dériver une prédiction quantitative quelconque (taux d'attaque, d'occupation des lits, durée de la pandémie etc.).
L'avantage d'un modèle géographique, c'est qu'il donne une vague idée de la manière dont une épidémie est susceptible de progresser (plutôt vers telle région que vers telle autre).

J'ai ainsi une réponse à la question que l'on se posait : comment les épidémiologistes font-ils pour prévoir l'évolution d'une nouvelle grippe ? Réponse : ils ne savent pas faire, aucune modèle ne marche.
Ils ont des modèles qui ont un très bon fit avec les situations passées… mais c'est parce que leurs modèles ont beaucoup de paramètres. Situation nouvelle = modèles dans les choux.

Donc ton petit modèle SEIR perl pourrait bien être proche de la pointe de la recherche. Avec un fit un peu fumeux sur des données sociales et "Covid-19" dans le titre du papier, ça serait parfait. Si tu pouvais nous préparer ça dans la soirée pour qu'on l'envoie au Conseil scientifique demain matin, un truc qui montre que le confinement est suffisant, histoire qu'on évite un emprisonnement massif de la population par des gens qui croient qu'il y a une science qui a des choses à dire, merci beaucoup :)

Tu as plus de 1400 followers sur Twitter, as-tu fait un sondage pour savoir quelle proportion a des symptômes de rhume en ce moment ?

A-t_on calculé l'effet d'un confinement différencié: on enferme les vieux (dont je fais partie) et autres sujets à risque pendant que les jeunes couples avec enfants et les loubards font la fête…?

Il y a quand même une donnée qui empêche d'être optimiste sous cet angle-là, c'est le Diamond Princess.
Il y a eu 8 morts sur 3711 personnes, ce qui ferait l'équivalent de 13000 morts pour la France.
Et si on est pessimiste (si on pense que les test étaient fiables), çà fait 8 morts sur les 712 cas positifs, et là, en tablant sur 60% de la population française infectée, 400000 morts pour la France.
Bien sûr l'échantillon est petit et biaisé. Mais il a de quoi penser que les urgences et les réanimations seront submergées pendant plusieurs mois avant qu'il y ait immunité de groupe - si on s'oriente dans cette voie.

Vu sur Reddit:

If only someone had warned us sooner… : mildlyinfuriating
https://www.reddit.com/r/mildlyinfuriating/comments/fmsc1j/if_only_someone_had_warned_us_sooner/

Lient vers l'article complet donné dans les commentaires:
https://cmr.asm.org/content/cmr/20/4/660.full.pdf

Bonjour Ruxor, encore une info pour te calmer (car je sais que tu comprends l'allemand):
<URL https://www.youtube.com/watch?v=JBB9bA-gXL4 >
<URL https://de.wikipedia.org/wiki/Sucharit_Bhakdi >
J'espère que tu dormiras mieux ;-)

@Régis: « ignore ceux […] qui n'ont pas de confirmation biologique, [..] parce les gens vont bien ou du moins ne vont pas trop mal. »

On a mentionné des tests post-mortem en Italie mais pas en France (d'où l'absence de comptabilisation de multiples décès survenus en EHPAD).

J'ai creusé, au cas où ça intéresse

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32087623
Étude chinoise, y'a que l'abstract en anglais
54 patients diagnostiqués covid (sur base clinique si je comprends bien)
RT-PCR -> 31 ARN+, 23 ARN- (40% probables faux négatifs)
Pas de différence clinique entre les deux groupes (un peu plus de dyspnée sur ARN+)

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32114193
Full text paywalled
19 cas suspects, 9 seulement ARN+. 3 kits de labo différents donnent les même résultats. Les auteurs pensent que les 10 autres sont aussi covid (donc environ 50% faux négatifs) et proposent d'utiliser chest CT (scanner torse) + PCR pour diagnostic.

10+23 / 54+19 -> 34-57% IC95 de faux négatifs (si tous les patients sont bien covids)
Il est suspect qu'il n'y ait pas de meilleure étude, en utilisant le test anticorps pour valider que les patients négatifs sont bien covid.
Ils ont apparemment confiance dans leur diagnostic (CT + signes cliniques).

PS
Pourquoi a-t-on fermé les bars ?
Parce que 2 Corona = 1 Mort Subite

Qu'est-ce que l'agueusie ?
C'est quand on ne peut plus aller se prendre une p'tite Gueuse.

Bonjour,
Merci pour votre excellent blog, instructif et agréable à la fois.
Que pensez-vous de l'hypothèse émise par certains du corps médical Italiens qui pensent au le virus a muté en devenant plus létal, en particulier en Lombardie.
Prenez soin aussi.
https://corrieredelveneto.corriere.it/veneto/cronaca/20_marzo_17/coronavirus-se-ceppo-lombardo-uccide-otto-volte-piu-gia-tre-mutazioni-c36578dc-6823-11ea-8372-e06aa5c607e8.shtml

Ce qui laisse penser que tu puisse avoir raison, c'est la différence importante de mortalité entre les différents pays affectés par le coronavirus: élevée en Italie où elle atteint 8%, moindre en Chine et en France, bien inférieure en Corée qui pratique le test à grande échelle. L'incidence qui nous est rapportée chaque soir par le DGS ne prend en compte que les cas testés positifs et ignore ceux, certainement nombreux, qui n'ont pas de confirmation biologique, essentiellement parce les gens vont bien ou du moins ne vont pas trop mal. Ce qui corrobore ce jugement, c'est que la proportion d'hospitalisés est élevée: 5000 personnes sur 12000 testées positives sont à l'hôpital, alors que 80-85% des malades, de ce qu'on sait jusqu'à présent, ne présentent que des formes bénignes relevant de soins symptomatiques simples (c-à-d le repos et la prise de paracétamol)
Mais bon, tout cela reste spéculatif, la seule façon que nous aurons de mieux connaître l'incidence réelle de l'affection au coronavirus sera de pratiquer, quand nous serons sortis de la crise, des tests sérologiques sur de grands échantillons de la population (on pourrait imaginer que chez 1 personne sur 10 qui va au labo du coin pour faire une analyse de sang de routine on prélève un peu de sang en plus des examens demandés pour faire le test après accord du patient)
Tout ce qui nous reste à faire, quoi qu'il arrive, c'est de garder notre sang- froid et, si possible, de penser à autre chose, tout en gardant en tête les mesures prophylactiques de bon sens…

revoir mon commentaire quand nous étions à 127 décès avec 17 jours avant soit 5,5k infectés avec 2,3% de mortalité ou 0,7% (donc 18k) comme en Corée qui a fait du systématique. (modulation la structure d'âge)

Si c'est 0,7%, on était il y a 3 ou 4 jours autour de 800 000 cas (resp aujourd'hui 2M) avec une contagion à 25% et 2,3M (resp aujourd'hui 7,2M) avec un pente à 33%. (ou 600k aujourd'hui depuis 2,3% et 25% et 2,2M avec 33%)

Bref, on est entre 600k et 7M aujourd'hui. Du fait du confinement, les personnes contagieuses vont infecter les foyers. Si on est à 600k, on devrait monter à quelques millions rapidement (infection au sein du foyer + du fait aussi de tous les gens qui bougent encore). Si on était à 7M, la croissance dans les 10 jours à venir va avoir un gros coup d'arrêt (peu en proportion à infecter par rapport aux 700k.)

Vers le 5 avril, on devrait avoir le pic de décès. Mais en fait, comme on n'aura jamais compté, on aura le même nombre de mort dans les deux hypothèses (qui sont proportionnels à la qualité de l'exponentielle) et donc on ne saura jamais. On aura un R0 reconstruit par rapport au décès mais on ne pourra pas aller plus loin.

Par contre, au relâchement, en fonction de nouveaux cas de décès, on devrait pour savoir si on repart d'une population X ou Y, et seul l'un des deux cas devrait donner le même R0. Et là, on devrait pouvoir calculer. (je suis clair ?).

Je suppose qu'éviter les analyses chiffrées est une manière comme une autre de maintenir une vision positive ?

Je ne comprends pas ce qui se passe avec les tests. Il y a un problème sur les test RT-PCR (sur prélèvements nasal, pharyngé etc.) mais personne ne sait vraiment d'où il vient parce que sur le papier ça devrait détecter à partir de 10 virus. Les auteurs suivants avancent l'hypothèse d'une dégradation du virus entre le prélèvement et le test. Des mutations ne sont pas exclues (si le gène ciblé est instable).
Bon j'ai pas creusé plus, c'est dans la bibliographie :
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.12.988246v2.full.pdf+html
En tout cas le taux de faux négatifs ne semble pas connu.

Je pensais que les tests actuels étaient tous PCR mais wikipedia m'a détrompé.
https://fr.wikipedia.org/wiki/Test_diagnostique_du_SARS-CoV-2
« La Chine a annoncé qu'elle produisait chaque jour 1,7 million de tests à base d'acide nucléique [PCR NdJML] et 350 000 kits de test d'anticorps au 25 février 2020. »
Pour le test d'anticorps, il doit s'agir de celui-là :
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jmv.25727
« The overall testing sensitivity was 88.66% and specificity was 90.63%. »
Ben 10% de faux positifs, ça ne nous permet pas de tester la population…
Nous avons besoin d'une spécificité bien plus élevée. Il y a beaucoup d'autres tests utilisés ou en cours de développement mais je n'ai pas pu trouver de données nettement meilleures.

Notre chère Europe a pondu un document au titre alléchant
https://ec.europa.eu/info/sites/info/files/covid19_-_eu_recommendations_on_testing_strategies_v2.pdf
mais c'est pas « comment on va s'y prendre pour tester la population et savoir où l'on en est », c'est « comment gérer la crise sanitaire en tirant le max de nos capacités de test insuffisantes » :(

Note : la page wikipedia n'hésite pas à dire que si la France n'a pas eu une politique de détection forte, c'est « faute de vouloir reconnaître l'efficacité de ce type de détection et de parvenir à gérer la question connexe de la pénurie de masques de protection, due à l'insuffisance de la production nationale ».

J'ai vu que circule l'idée qu'une faible charge virale initiale ferait une maladie plus rarement grave (pour autant que je comprenne, ça devrait être le cas d'une maladie à développement plus lent que le système immunitaire).
Mais dans ce cas, n'a-t-on pas un moyen simple de "vacciner" la population jeune et en bonne santé ? Puis on progresse vers la population un peu moins jeune…

J'ai vu que des voix médicales demandent encore plus de confinement. (Je ne les ai pas entendu confirmer qu'ils ont bien compris que rien ne changera dans la progression visible de la maladie dans la semaine qui vient quoi que l'on fasse…)
Il est peut-être bon de rappeler le réflexe atavique du médecin en échec de traitement : toujours plus du traitement ! Jusqu'à ce que le patient meure…
Pour tout, à l'époque de Molière : saignées jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de sang
Cancérologie, années 50 : opérations de plus en plus débilitantes
Covid-19, 2020 : toujours plus de confinement

PS
Macron exige qu'on réimprime notre attestation pour chaque sortie, c'est bien la preuve qu'il se prend pour Jupiter !
Il est de mèche avec les fabricants de toner.

La situation empire : les Français ont pris le coronavirus en grippe.

Aparemment dans les symptômes il y a influence sur le goût et l'odorat <URL: https://twitter.com/Le___Doc/status/1241070919503708162 >

Attention, Lodi n'est pas un "village" mais une ville, et ce qu'on voit sous le nom de Lodi dans les statistiques c'est la province dont cette ville est la capitale (230000 habitants). La zone rouge installée en février autour de Codogno n'est qu'une partie de cette province, je n'en retrouve pas facilement le nombre d'habitants en recherche rapide, j'ai un souvenir un peu flou d'avoir lu 50000.

Autre bonne nouvelle (quoique moins importante)

Les investisseurs (mais qui sont-ils au juste ?) semblent un peu rassurés : le rebond de la bourse est là.
Mon épargne salariale (pas très élevée, mais quand même) avait déjà perdu 30 à 40%…
Et le pic est peut-être pas loin de passer.
Je tâche de rester sincère (et pas amer).
Évohé !

Ça me fait plaisir de vous voir optimiste. Votre pessimisme aurait pu finir par vous rendre malade s'il avait trop duré !

Ceci dit, sur le fond, je suis assez d'accord avec vous : le taux de contamination légère peut être très largement sous-estimé en France, puisqu'on teste assez peu. Et effectivement, plus il est sous-estimé, plus c'est une bonne nouvelle.

Je copie ici ce que j'ai écrit sur discord ce matin (pas vraiment bien rédigé, mais l'idée est là, et ça peut peut-être remonter le moral à certains) :

I can share with you the 3 good news of the day :

1) there might be many many more cases in the population than expected (the tests are not sentive enough, some cases reported as flu can actually be Covid-19), so the mortality rate would be lower than previously thought, and we would be closer to immunity.

2) Vaccines for coronaviruses don't exist at the time for humans just because there was no real point in making them before. They actually already exist and work for cows, so there is no real difficulty in making them (as opposed to HIV for instance). So vaccination should be available soon.

3) The lockdown could last less than expected (i.e. a few weeks instead of a few months), because some measures of preventing the virus spread have been neglected by the Imperial Study group (details can be found everywhere online).

With these 3 good news, it now seems that confining is the best choice, because it will not be too long, and it helps us gain time while waiting for the vaccination
Confining means hard confining for a few weeks, then pseudo normal life (with social distancing) for a few months waiting for the vaccination.
And this is not even counting with the potential fourth good news, which would be that the virus is sensitive to warm temperatures.

Bonjour, Ruxor, vous êtes un hypocondriaque notoire, vous l'avez dit vous-même a de nombreuses reprises ;-) Donc je suis content que vous devenez maintenant un peu plus raisonnable. Voici un article d'un grand quotidien allemand qui devrait vous réconforter encore plus:

<URL https://www.faz.net/aktuell/gesellschaft/gesundheit/coronavirus/neue-corona-symptome-entdeckt-virologe-hendrik-streeck-zum-virus-16681450.html?printPagedArticle=true#pageIndex_2 >

Il s'agit d'un entretien avec le directeur de l'Institut de virologie de l'université de Bonn. Il conclût: "Natürlich werden noch Menschen sterben, aber ich lehne mich mal weit aus dem Fenster und sage: Es könnte durchaus sein, dass wir im Jahr 2020 zusammengerechnet nicht mehr Todesfälle haben werden als in jedem anderen Jahr." (Bien sûr il y aura encore des morts mais j'ose dire la chose suivante: Il est bien possible que dans l'année 2020 il y aura pas plus de morts au total que dans les autres années.)

> …et le nombre de réponses a été hallucinant.

Je ne te suis pas trop là. On est à la fin de l'hiver, on a tous des petits symptômes grippaux, et si vraiment on commence à faire attention, on va trouver des petites particularités. J'espère quand même que tu as raison.

Pour info, j'ai aussi une toux sèche qui traine un peu, assez inhabituelle en effet…