Comments on Quand la lumière au bout du tunnel en prend un grand coup

Du côté politique, un rapport du Sénat (pas trouvé le document complet) nous rassure en expliquant comment protéger les libertés en pistant encore plus les gens et, au besoin, en leur coupant les vivres (ça pourra être une bonne occasion pour restreindre encore plus l'usage du liquide): https://www.publicsenat.fr/article/societe/covid-19-un-rapport-du-senat-preconise-la-collecte-de-donnees-personnelles-pour?amp&__twitter_impression=true

Une couche de catastrophisme par Claude-Alexandre Gustave (notamment dans la réponse à la réponse - et je ne vois pas comment on peut envisager la « suppression » au stade actuel de l'épidémie, en France continentale, avec les moyens ou la volonté médicales, politiques, humains et logistiques en matière de test, d'isolement et de contrôle des frontières): https://www.facebook.com/story.php?story_fbid=258008455727743&id=100045557715566 :

« L’OMS l’a encore rappelé en insistant sur la mauvaise compréhension du concept d’immunité collective.
La population peut-être immunisée (naturellement après l’infection ou par la vaccination) contre le virus, mais cette même immunité induit une pression de sélection sur le virus qui finit par acquérir des mutations lui permettant d’échapper à cette immunité.
C’est déjà décrit pour les coronavirus endémiques (comme le Coronavirus 229E, qui évolue progressivement pour échapper à notre immunité.
Les variants dont nous avons parlé (britannique, sud-africain, brésilien…) sont déjà là et diffusent.
S’ils sont capables d’échapper à l’immunité, aller vite dans la vaccination ne les arrêtera pas.
L’urgence était, est et restera donc toujours l’instauration de stratégie de SUPPRESSION VIRALE
[…]
La vraie 2ème vague arrive maintenant, avec de nouveaux variants plus contagieux et qui pourront réinfecter ceux qui ont déjà contracté l'infection avec les anciens.
Les "vagues" de 2020 n'étaient que des variations artificielles d'incidence liées aux confinements.
Cette fois, on va avoir une vraie 2ème vague au sens virologique. Et comme pour toute pandémie à virus respiratoire, elle va être bien plus violente que 2020, ça s'est toujours passé comme cela. Les 2 premières années de la grippe espagnole n'ont quasiment pas fait plus de morts que la COVID actuellement, les 2 années suivantes ont fait grimper le bilan à près de 50M de morts.
La grippe de Hong-Kong et la grippe asiatique ont quasiment fait toutes leurs victimes la 2ème année.
C'est une constante, liée en partie à l'adaptation du virus qui devient plus contagieux, et à l'échappement immunitaire qui conduit à des réinfections plus violentes. »

Je commente un peu tard, mais… il y a quand même des doutes sur cette histoire de variante.

L’UK est de loin le pays qui séquence le plus (presque 50% des génomes publiés dans le monde ?) et tout le monde semble admettre que cette variante est apparue en UK. Le loup dormait sous le lampadaire. Drôle de coïncidence.

Ou bien la variante vient d’ailleurs, mais aucun signe pour l’instant, et cette hypothèse n’a pas freiné grand monde au moment de fermer les frontières aux britanniques.

Ou bien le système d’observation anglais a observé un phénomène (une vague dominée par une variante) qui en réalité arrive régulièrement dans cette pandémie et n’est pas particulièrement annonciateur de catastrophe.

Peut-être que dans le réseau social très structuré où se déplace le virus, un très petit avantage en contagiosité (ou le hasard) se traduit en très forte domination d’une variante ? Peut-être que dans une vague épidémique, la charge virale observée et la contagiosité apparente sont systématiquement plus élevées ? Peut-être que les scientifiques anglais font comme ils peuvent avec un nombre d’observations N=1, des modèles encore inadéquats et le soucis d’alerter sur l’hypothèse la plus inquiétante ? Peut-être que Boris Johnson y a vu une petite opportunité politique et a donné de l’ampleur à la nouvelle ? En tout cas pour l’instant ça me semble non confirmé et l’histoire reste un peu bancale. Ça mérite d’être vigilant, mais pas forcément de tenir le pire pour acquis, non ?

Pour les gens qui craindraient de devenir trop optimistes entre l'arrivée du vaccin (même si les Français ont compris que pour ça ils devaient attendre Noël *2021*) et une éventuelle immunité de groupe:
https://twitter.com/PaulBieniasz/status/1345195420033691648
https://twitter.com/photo_journ/status/1345203776198610944

C’est bizarre mais je ne crois pas que le confinement du mois de novembre était globalement moins dur que celui de mars, avril et mai sinon que ce dernière a duré plus longtemps (un peu moins que 2x plus) peut-être y a t il eu plus de dérogations pour les déplacements professionnels. En tout cas personnellement je les ai vécus dans les mêmes conditions et contraintes.

Ggauvain :

Je reformule juste pour être sûre de bien comprendre (et éventuellement qu'on me le confirme).

L'espoir déçu serait donc qu'on puisse gérer la situation en janvier comme en novembre (peu importe si on appelle cette situation « troisième vague » ou « suite de la deuxième vague »), voire plus généralement une monotonie dans les vagues (de moins en moins hautes avec des mesures de moins en moins dures).

Je dois donc être pessimiste, parce que ça ne m'était pas vu à l'idée. J'en suis restée à la différence entre mars et octobre noyée dans le bruit statistique ; si on veut la malchance d'avoir un évènement à Mulhouse ou la chance de ne pas en avoir.

La crainte que j'ai moi, pour reprentre tes termes, c'est que les mesures de "semi-confinement" qui ont fonctionné en novembre soient très insuffisantes pour faire face à une 3e vague qui serait due à quelque cause que ce soit. (Et donc que ça donne lieu à un confinement aussi strict voire plus strict qu'en mars…)

Et du coup je ne vois pas de différence profonde (au niveau des prédictions sur les mesures gouvernementales) entre l'émergence d'un nouveau variant (qui est une nouvelle possibilité), l'érosion de la mémoire immunologique de la population ou le relâchement des comportements parce que ça si bien marché en novembre (possibilités que j'ai à l'esprit depuis longtemps). Et ces dernières ne me semblent pas moins potentiellement violentes (la magie des exponentielles) que la première.

C'est peu rassurant de voir que c'est le niveau d'inquiétude des gens malins dans cet espace qui se rapproche du mien, et non pas qu'il s'en éloigne. À force de gérer l'incertude par un pessimisme volontaire, on perd la capacité à gérer les excès d'optimisme (ou les manques de pessimisme).

Natacha :

" Je ne vois aucun élément permettant de prédire l'ordre de grandeur de la hauteur ou de la largeur de la troisième vague ; avais-tu ce genre d'éléments que ces variantes t'on fait perdre ?"

La crainte que tout le monde a, c'est que les mesures de "semi-confinement" qui ont fonctionné en novembre soient très insuffisantes pour faire face à une 3e vague qui serait due à ce nouveau variant. Et donc que ça donne lieu à un confinement aussi strict voire plus strict qu'en mars…

Moi, dans cette histoire, j'ai l'impression de me retrouver en février-mars. Des spécialistes alertent et sont très inquiets, le gouvernement du pays où ça se passe (maintenant l'Angleterre, alors la Chine puis l'Italie) prennent ça très au sérieux, mais personne n'en parle trop dans les autres pays où tout le monde, à commencer par les experts des plateaux télé, minimise la situation. Sauf qu'en février-mars j'étais dans le camp des dupes, qui préféraient écouter ceux qui parlaient de grippette, alors que maintenant j'ai l'impression d'être dans le camp des alarmistes…

+0.24 fait référence à la constante de dissociation K_D pour le complexe formé entre le RBD ("Receptor binding domain", une sous-unité de la région du "spike" du virus SARS-CoV-2, qui va des résidus 331 à 524 dans S1) et l'enzyme ACE2. Ce qui est calculé est la différence entre log(K_D) pour un RBD de SARS-CoV-2 sauvage (le virus non muté) et log(K_D) pour le mutant N501Y. La constante d'équilibre K est de plus une constante apparente, pour éviter l'interférence d'autres molécules/cofacteurs, etc. Je suppose, sans l'avoir vérifié, que la cinétique d'association ou de dissociation est d'ordre 1.
En gros, plus le "ACE2-binding affinity" es positif, plus l'union du virus avec ACE2 est irréversible. Tout cela est bien sûr valable pour un mutant simple. En cas de cumul de mutations, les choses peuvent devenir beaucoup plus complexes. Pour plus de détails, lire la page e6 de l'article (très technique) suivant, en accès libre:

https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.012
(section: "Calculating variant phenotypes for ACE2-binding affinity")

D'autre part, je signale le blog de Derek Lowe, très informé, et qui, justement, ne se perd pas dans les détours trop spécialisés. C'est une difficulté de trouver des lectures intéressantes sur des sujets d'actualité quand on est littéralement bombardé d'informations dont la qualité va d'excellente à abyssale. Et c'est vraiment le cas pour cette pandémie. Le blog est là:

https://blogs.sciencemag.org/pipeline/

Et l'entrée du 22 décembre est justement consacrée à ces mutations. Les commentaires des lecteurs sont aussi instructifs.

Un message d'espoir "à travers des ténèbres qui puent".

Cette année 2020 (annus horribilis) est globalement absente et désertique.
L'atome présente une structure plus que lacunaire.
Les océans sont tous semblables ("Water, water, every where").
Les espaces intergalactiques sont des béances incommensurables.
Il ne manquerait plus, par dessus le marché, que mon propos soit creux et que l'Univers soit, dans l'absolu, vide de sens !
Mais, au bas mot, on le sait ("sapiens"): c'est donc qu'une première marche a été montée un jour.
Ainsi je me dirige - naturellement - vers la suite car il y a (potentiellement) du temps… "dans un monde où le plus beau reste à faire", ho, hein.

Je vais commencer par envoyer un câlin virtuel, parce que ça me semble le plus approprié en réponse à ce texte.

J'ai pris la (mauvaise) habitude de me rappeler que « l'espoir appelle la déception » dès que j'en ressens un peu trop à mon goût, justement pour éviter ce genre de déconvenues (ce qui n'est pas efficace à 100 %, <URL: https://instinctive.eu/weblog/05A-espoir-appelle-deception >).

Cependant, sur le fond, je ne comprends pas très bien ce que ces développements récents changent sur la luminosité du futur. Je ne saurais même pas dire si mon ressenti est plus ou moins sombre que le tien d'avant ou que le tien d'après. J'ai l'impression que tu passes un peu rapidement des énoncés factuels présents au ressenti sur les projections futures (ou au moins trop rapidement pour moi), et je ne trouve pas le sequitur.

* Qu'il reste des choses importantes à comprendre me semble aussi vrai, qu'il y ait des variantes ou non.
* C'est peut-être le résultat de mon passé universitaire biologiste, mais l'existence de variantes a toujours été pour moi une évidente, et l'émergence de variantes affectant des paramètres considérés comme importants par les humains m'a toujours semblé inévitable.
* L'arrivée d'une troisième vague m'a toujours semblé vraisemblable à court terme, sans m'engager sur une timeline, et que sa cause soit le relâchement des gens, une faible persistance immunitaire, ou le remplacement de la variante majoritaire ne change pas grand-chose à mon échelle individuelle.
* Je ne vois aucun élément permettant de prédire l'ordre de grandeur de la hauteur ou de la largeur de la troisième vague ; avais-tu ce genre d'éléments que ces variantes t'on fait perdre ?
* Je n'arrive pas à croire que quelque paramètre biologique ou médical ait une valeur prédictive satisfaisante sur les décisions gouvernementales (que je continue de craindre beaucoup plus que la maladie elle-même), donc ces découvertes n'ont pas d'effet sur mes prédictions de dépaysement dans l'absurdistan.

Bref, j'ai lu ces nouvelles avec la même curiosité froide et scientifique que l'émergence d'une nouvelle variante de la gravitation <URL: https://newatlas.com/physics/modified-gravity-evidence-dark-matter/ >, et je me demande sincèrement si c'est toi qui surréagis ou moi qui sousréagis

« il faut chercher à prendre des mesures vivant à baisser le taux de létalité »

Pas seulement: les effets, parfois graves, de la maladie ne se limitent pas aux décès immédiats. Il faut cesser les raisonnements binaires (mort immédiatement/pas mort immédiatement, (très) à risque/pas à risque (du tout), (complètement) immunisé ou non….)

Je ne comprends pas trop pourquoi tu parles de marches aléatoires. Tu as des fluctuations aléatoires importantes au début, mais si par ces fluctuations un mutant neutre représente 70% des infectés dans une sous-population qui s'auto-infecte beaucoup (et qui sera donc la plus visible dans les contaminations) et qu'il y a suffisamment d'infectés, alors ce taux de 70% va rester essentiellement stable non ? Où le problème dans ce que je raconte ?