Comments on Calculs de distances entre virus de la grippe

"ce qui m'énerve, c'est que ça soit à moi de faire ce genre de mesures, alors que je n'ai aucune compétence pour ça : je n'y connais rien en biologie ou en médecine — pourquoi, alors que tout le monde ne parle que de grippe, n'y a-t-il pas des vrais spécialistes de la grippe qui aient fait des commentaires publics intelligents sur la différence entre les différentes souches de H1N1 ?"

Cf http://www.madore.org/~david/weblog/d.2020-02-24.2637.html#d.2020-02-24.2637 : "Ça m'agace un petit peu de me retrouver à faire ces calculs tout seul sur un coin de blog alors que ça devrait être les chiffres dont on discute (au lieu de compter les cas et les morts en Chine ou ailleurs, qui n'ont d'intérêt que comme entrée à un modèle qui permettrait d'estimer r et f), et alors qu'il y a des gens infiniment plus compétents que moi pour faire de telles estimations."

ipidiblue "cochonou": grippe porcine, mexicaine, russe, de Hong Kong… ce qui compte, depuis 1918, c'est qu'elle vienne d'"ailleurs"; l"espagnole" a fait 400000 morts en France (c'est peu à côté des 1,4 million de morts au feu et du déficit de natalité…), mais beaucoup moins en Espagne… ce qui comptait c'était de ne pas désespérer une nation épuisée physiquement et moralement par 4 ans de guerre d'attrition!Avec les maladies infectieuses et apparentées, l'étranger, c'est toujours le responsable: pour les Anglais, la vérole, c'était le French disease, pour les Français, le mal italien; et pour les Florentins du début du 16ème siècle, c'était le mal de Naples…
Cela dit, à Hong Kong, on abat les porcs, en ce moment:-)

Ruxor → C'est un petit peu hors sujet, mais aurais-tu par hasard un ouvrage à conseiller sur les calculs de distance *en général* ?

La ressource ultime pour les biologeeks comme toi, avec des discussions de spécialistes en accès libre et des résultats mis à jour en continu : <URL: http://tree.bio.ed.ac.uk/groups/influenza/ > ;-)

Philippe : Je me sens de plus en plus manipulé par les médias, que cache cette machination?

Hum ! j'ai lu quelque part qu'il y avait comme un contentieux (au sujet de la drogue) entre les Etats-Unis et le Mexique, et que cette histoire de grippe "tombe à pic" ,-)

J'ai vu l'émission sur les phobies sur France 3, dont le sommaire a été modifié pour traiter de la grippe A. La proximité avec la grippe saisonnière a été abordée, la mortalité de la grippe saisonnière (et ses complications) également : 500000. Pourtant, on est au niveau 5 de la plan OMS contre la grippe A, alors qu'on ne fait rien contre la grippe saisonnière, beaucoup plus meurtrière…

Je me sens de plus en plus manipulé par les médias, que cache cette machination?

Aux dernières nouvelles c'est l'homme qui infecte maintenant le cochon ! Mais dans quel monde - médiatique - vivons-nous ?

On dit la grippe A, Tartaglia, pfuit ! Ce n'est plus politiquement correct du tout d'accuser les petits cochons …

iPidiblue: difficile d'établir un parallèle entre la grippe Espagnole et la grippe porcine dite Mexicaine. Le Mexique a un système de santé défaillant mais ne sort pas de quatre ans de guerre avec une population dénutrie et il dispose d'antibiotiques pour lutter contre les surinfections bactériennes. En revanche la taille d'une agglomération comme Mexico a de quoi faire peur.

D'ailleurs, pour l'histoire détaillée de ce virus, cf New Scientist :
<URL: http://www.newscientist.com/article/mg20227063.800-swine-flu-the-predictable-pandemic.html?full=true#bx270638B1>

Désolé rien à voir, mais aujourd'hui il y a eu une *excellente* émission sur le futur de Paris
<URL: http://www.france5.fr/c-dans-l-air/index-fr.php?page=resume&id_rubrique=1145 >
Qu'en pense Ruxor le Parisien?

Natacha n'a pas tout-à-fait tort: le nombre de distances a une certaine importance, mais il faudrait complexifier le calcul en prenant non pas les distances entre les molécules élémentaires mais leur séquence, cad en termes mathématiques leur arrangement. En effet une immunoglobuline est une très grosse molécule et la probabilité que son affinité (au sens biologique) pour l'antigène soit suffisante pour déclencher une réaction immunitaire aboutissant à la destruction du virus (ou des cellules infestées) dépend de la nature et de l'ordre et des petites molécules assemblées pour constituer l'antigène, autrement dit la cible, et de la spatialité de l'antigène.
En pratique on se fonde sur des données épidémiologiques (prévalence, mortalité)qu'on met en face de l'allure générale (la gueule!) du virus pour prédire la gravité de l'infection, sa capacité à se propager… mais avec une variabilité qui n'est pas abordée devant le grand public.

Il y a des spécialistes qui font des calculs. Et qui les bloguent :-)

<URL: http://scienceblogs.com/digitalbio/2009/04/did_the_california_h1n1_swine.php >

"Mais ce qui m'énerve, c'est que ça soit à moi de faire ce genre de mesures, alors que je n'ai aucune compétence pour ça"

Premièrement je ne vois pas pourquoi tu devrais t'énerver.

Deuxièmement, je pense avoir l'explication: ce genre de "petite" recherche (petite dans le sens où ça ne mange pas de pain, et c'est réalisable, par exemple, un jour de congé) a presque certainement été réalisée et même analysée par d'autres, experts en la matière. Mais vu la situation actuelle, c'est profondément non-médiatique. Quand sur un sujet donné, surtout s'il s'agit d'un fait de société, un point précis préoccupe plus que les autres, même s'il n'est pas dans l'absolu plus important il bouffera tout l'espace médiatique. Or, le sujet qui préoccupe actuellement, à juste titre d'ailleurs, c'est de prévoir quand et comment cette épidémie basculera vers une pandémie. Dans ces conditions, les séquençages et alignements de génomes, hein…

Encore un virus à la ramasse ! S'il était aussi méchant que la grippe espagnole il y aurait déjà des dizaines de milliers de morts au Mexique vu sa population et vu les conditions d'hygiène dans ce pays …

Peut-être parce que ce genre de mesure globale ne donne pas assez d'indications? Ce qui compte je crois c'est notamment la nature des protéines à la surface de l'enveloppe du virus: il faudrait localiser les gènes qui les codent et faire des études de distance sur eux en particulier. J'imagine qu'à un certain stade c'est un boulot de spécialiste, que les grand médias ne relayeront que lorsque tout sera confirmé.

Non seulement tu ne tiens pas compte de l'accessibilité de chaque acide aminé (et donc de la significativité moléculaire de la mutation), mais en plus tu ne sembles pas tenir que tous les remplacements n'ont pas les mêmes conséquences (un petit coup d'œil à la tête de ces molécules suffit à convaincre que remplacer une sérine par une cystéine a beaucoup moins de chances d'avoir un effet que remplacer une glycine par un tryptophane). Bref tout ça pour dire qu'on est encore loin de pouvoir prédire des résultats expérimentaux (par exemple la distance entre deux HA1 pour le système immunitaire) en regardant juste les séquences.

Pour en revenir au sujet initial, j'ai subi un cours de master de virologie, auquel je n'ai malheureusement pas accroché (les cours-catalogue à apprendre par cœur, ça n'a jamais été mon truc), et ce n'est pas sans déception que j'en suis au même point que toi sur cette histoire de grippe.

De ce que j'ai trouvé malgré mon isolation médiatique actuelle, il me semble que ce qui est surtout intéressant dans cette grippe c'est qu'elle est la réalisation de la pire crainte qu'on avait à l'époque de la grippe aviaire : la grippe aviaire était très méchante, mais pratiquement pas transmissible à l'homme ; grâce au cochon, à qui sont transmissibles la grippe aviaire et la grippe humaine, il peut se construire une grippe aussi méchante que la grippe aviaire et aussi transmissible à l'homme que la grippe humaine.

Voyons les choses du bon côté : la théorie de l'évolution prévoit qu'un virus trop méchant est contre-sélectionné, et est donc appelé à disparaître rapidement. Dommage que ça ne soit qu'une théorie :-p

Comme billet de blog que j'ai vu passé sur les différents H1N1, j'ai surtout retenu celui-ci : http://darwin2009.blog.lemonde.fr/2009/04/26/influenza-mexicana/

"Mais ce qui m'énerve, c'est que ça soit à moi de faire ce genre de mesures, alors que je n'ai aucune compétence pour ça"

peut être que la fin de la phrase fonctionne aussi avec 'alors que ça ne sert absolument à rien et que quant bien, je ne saurais aucunement interpréter les résultats' ? -:)

D'ailleurs, si on fait un XOR_grippe sur les molécules, on obtient quoi, hein ? :-)

Dans mon dernier billet, il y a deux publi qui devraient t'intéresser…

<URL: http://www.vicnent.info/blog/index.php?2009/04/26/1224-propagation-d-une-epidemie >