Comments on De l'importance (et du manque) de tests aléatoires pour mesurer l'épidémie

Apokrif (2020-05-13T11:59:29Z)

« pas l'oreille du ministère »: quelque chose à faire du côté de https://www.adioscorona.org/about.html ?

Apokrif (2020-05-10T01:09:24Z)

Encore faut-il avoir les moyens de traiter les résultats des tests: https://twitter.com/vincentglad/status/1259086833784360960

JML (2020-04-24T04:48:56Z)

@Touriste L'étude est sur medRxiv ils donnent le lien https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.18.20071134v1 . La méthodo statistique est complètement pourrie. Ils ont analysé à fond la cohorte des gens 1. qu'ils ont pu contacter 2. qui ont fait l'effort de participer. Environ 1/4 des lycéens. Le 41% trouvé sur ceux-là tu ne sais pas si ça vaut pour 20% ou 60% du lycée entier. Ils se permettent même de raisonner sur les 10% seulement des membres de la famille qui ont eu la maladie, alors qu'ils ne disent même pas d'où vient leur cohorte de membres de la famille.
Tout ce travail ne rime à rien. Je ne sais pas quoi penser du fait que l'Institut Pasteur publie un truc aussi mal fait. Faut-il craindre des Shadoks à la mise au point des tests et du vaccin ?

Touriste (2020-04-23T06:38:27Z)

Touriste (2020-04-23T06:37:46Z)

Une étude sérologique a été menée par l'Institut Pasteur à Crépy-en-Valois du 30 mars au 3 avril. Si je n'ai pas raté quelque chose, seul un communiqué de presse (daté du 22 avril) est pour l'instant livré au public; il précise "Ces résultats publiés en ligne prochainement".

On peut retenir, pour le résumer par la donnée la plus engageante, un taux de contamination de 41 % parmi les personnes ayant fréquenté le lycée de cette ville.

Vicnent (2020-04-19T07:06:37Z)

Pascal (2020-04-16T04:57:18+0200)

Sur ces 8,7%,

- il y a aussi le fait que l'Allemagne ne fait pas de test post mortem (de fait, le nombre final de cas sera peut être réajusté plus tard)
- ce serait visiblement des cas jeunes (au début, 70% des cas étaient des jeunes de 20 à 50 ans - chiffres aux alentours du 19 mars)

source : <URL: https://www.sciencesetavenir.fr/sante/coronavirus-le-mystere-du-faible-nombre-de-morts-en-allemagne_142608 >

Et donc, avec des graphes sociaux à priori peut être comparables à la France, si ce sont d'abord les jeunes entre eux qui se sont contaminés, ça pourrait expliquer des chiffres allemands sans que pour autant ça soit transposable à la France (ici deux raisons : types de population et décompte de morts)

Pascal (2020-04-16T02:57:18Z)

J’avais précédement posté que l’Allemagne avec 920.000 tests était à 8,7%

La France serait aujourd’hui selon le ministre de la santé à 10% donc environ 7 millions.

https://www.rtl.fr/actu/bien-etre/coronavirus-10-de-la-population-presenterait-une-immunite-dit-olivier-veran-sur-rtl-7800394341

Apokrif (2020-04-12T01:47:58Z)

William Dab (ancien directeur général de la santé) vient de passer sur BFMTV pour parler de la nécessité, pour le déconfinement, de tests sur un échantillon, en précisant que les tests sont faits actuellement de façon désordonnée et qu'il faut s'assurer de la fiabilité des tests (problème de tests chinois en Espagne).

zEgg (2020-04-09T13:03:22Z)

Bon en fait il y a déjà des résultats pour Stockholm seul. Voir la conférence de presse d'il y a un instant: <URL: https://www.svtplay.se/video/26321430/nyheter-direkt/folkhalsomyndigheten-om-covid-19 > à 09:40.

773 personnes de 2 à 86 ans ont été testées entre le 27 mars et le 3 avril pour la présence du virus (donc PAS des tests sérologiques).

2,5% de positifs (intervalle de confiance 95%: 1,4% à 4,2%).

(Étrange que Tegnell n'ait pas parlé de cette étude alors qu'elle était en train de se faire)

Une étude aléatoire sur toute la Suède est donc en train de se faire (comme dit dans mon dernier commentaire) avec résultats durant la semaine 17 avec 4000 participants, dont seulement 10% ont mal fait l'échantillonage.

Apokrif (2020-04-08T19:14:35Z)

Egalement un test sérologique aléatoire annoncé en Finlande: https://www.reuters.com/article/us-health-coronavirus-finland-testing/finland-to-begin-randomised-coronavirus-antibody-testing-idUSKBN21P1KT

Pascal: sait-on si le test à Marseille est aléatoire, ou s'il s'agit par exemple de gens qui avaient une maladie ou avaient été en contact avec des malades ?

zEgg (2020-04-08T17:21:54Z)

Ça y est la Suède a commencé des tests totalement aléatoires. On reçoit une lettre par la poste et on prend soi-même l'échantillon avant de le poser devant la porte et ce sont les militaires qui sont chargés de le récupérer. Voir <URL: https://www.svd.se/jesper-coronatestad-fick-stalla-provet-pa-trappan >

Bruno autodidacte (2020-04-08T12:41:36Z)

D’après ce que je comprends ce n’est que maintenant et encore aux États-Unis seulement que l’on commence a tester des tests sérologiques.

Autrement jusqu’à présent, toutes les personnes ayant eu la maladie et asymptomatiques ou guéries auraient testées négatif aux test actuels. Le test ne permettrait que de connaître la proportion d’infectée dans les deux semaines précédentes au mieux.

Dans ces conditions il est évident que les tests aléatoires n’avaient pratiquement aucun intérêt et en tous cas pas celui de connaître la proportion de la population ayant été infectée

La morale est que la modélisation sans connaissance de base du domaine modélisé (le point « tout à fait orthogonal ») conduit, même logiquement , mais en de prémisses fausses ou inadéquates et non pas simplement étiques, à tirer des conclusions les plus farfelues , inutiles voir dangereuses .

Pascal (2020-04-06T23:37:38Z)

@Ni

Marseille 16% , donc à peu près pareil que Robio.

Ni (2020-04-06T12:11:16Z)

Le journal de 13h de France 2 parlait de la ville de Robbio qui est en train de faire des tests sérologiques sur une grosse partie de la population. Il parlent de 13 ou 14% de positifs.
https://www.france.tv/france-2/journal-13h00/1368381-journal-13h00.html
(Autour de 12 minutes)

Apokrif (2020-04-06T09:13:36Z)

@Pascal: les laboratoires vétérinaires seraient autorisés, finalement (et le sont dans plusieurs pays européens selon Jean-Louis Hunault qui vient de passer sur BFMTV): https://www.rtl.fr/actu/debats-societe/coronavirus-les-laboratoires-veterinaires-mis-a-disposition-pour-faire-des-tests-7800358930

Sur leurs avantages: https://www.lepoint.fr/sante/exclusif-comment-la-france-se-prive-de-150-000-a-300-000-tests-par-semaine-03-04-2020-2369955_40.php : « Contrairement aux laboratoires de santé humaine, qui ne traitent ordinairement qu'un faible nombre d'analyses, ils sont dimensionnés pour travailler « par troupeaux » […] Les laboratoires de biologie humaine, qui réalisent les tests aujourd'hui, travaillent avec des machines très performantes, mais » fermées, « c'est-à-dire conçues pour ne travailler qu'avec un seul type de réactifs »

Apokrif (2020-04-06T06:48:30Z)

@Pascal: je ne le retrouve pas, mais j'avais lu que les machines de test pour vétérinaires avaient l'avantage, sur celles destinées aux anthropiatres, de ne pas être limitées aux produits d'un fabricant particulier (encore un problème d'ouverture et d'interopérabilité).

Touriste (2020-04-05T18:17:51Z)

Tests aléatoires annoncés en Tchéquie, d'une part au niveau dubpays, d'autre part au niveau d'une ville particulièrement touchée (Litovel).

<URL: https://www.radio.cz/en/section/news/blanket-screening-to-take-place-on-sample-of-czech-population >

Pascal (2020-04-05T11:39:43Z)

Maintenant un motif pour soulager tes angoisses.

Depuis les années Mitterrand, la présidence de la République française fait un grand usage des sondages utilisant, de 1981 à 2007, l'Ipsos comme prestataire attitré. En raison de ce monopole qu'il exerçait de fait, Jean-Marc Lech se présente comme « le sondeur privé de MM. Mitterrand et Chirac ». Homme de gauche, il est proche de François Mitterrand dont il avance que personne avant lui n'avait utilisé les méthodes reposant sur l'analyse des études d'opinion de façon aussi systématique. Durant toutes les années 1980-1990, l'Ipsos travaille de concert avec Jacques Pilhan pour préparer les « plans de communication » de la présidence bloquant la publication de sondage « dont les résultats étaient navrants pour Fabius. » Pour la présidentielle de 1988, François Mitterrand va jusqu’à commander “un sondage par jour” à l’institut collaborant avec son équipe de campagn. Jean-Marc Lech rapporte dans ses Mémoires, comment payé avec l'argent des fonds secrets, il repartait de l'Élysée avec des valises de billets de banque.

Durant toutes ces années, les prestations de conseil et d'études d'opinion, comme les autres dépenses de la présidence de la République bénéficient d'un statut dérogatoire au droit commun des administrations, au code des marchés publics et échappent à tout contrôle en vertu d'un privilège régalien. Pour la même raison, la Cour des comptes n'est pas autorisée à rentrer au Palais de l'Élysée pour contrôler ces dépenses.

Patrick Buisson conseiller officieux de Nicolas Sarkozy demande, selon ses affirmations, pour la première fois à encadrer ses prestations de manière plus transparent.

Bref.
Il est à mon avis inconcevable que l’Elysée n’ait pas pensé à sonder aléatoirement la population sur le covid.. C’est dans leurs gènes de sonder pour gouverner.
La difficulté est peut être justement là du reste ; ce n’est pas qu’´ils n’ont pas pensé à sonder. C’est plutôt qu’ ils sont tellement habitués à avoir de bons intervalles de confiance avec un sondage politique sur échantillon de 1000 personnes qu’ils ont peut être projeté cette confiance abusivement sur l’epidemie.

Pascal (2020-04-05T10:00:29Z)

si tu cherches un vraiment bon motif pour étouffer de rage et tapant la tête contre les murs en pleurant :

Les laboratoires d’analyses vétérinaire français seraient capables de réaliser quotidiennement 20.000 tests PCR (Polymerase chain reaction ou Réaction de polymérisation en chaîne), une technique qui permettrait de détecter le virus via un prélèvement nasal ; et 80 000 tests sérologiques, qui permettraient d’attester des anticorps produits dans le sang suite au passage du virus, soit un potentiel considérable de 100 000 tests par jour.
700.000 par semaine.

Mais des règlements tatillons interdisent semble-t-il de détourner ces labos de leur usage agro alimentaire. C’est fait pour détecter les zoonose en élevage industriel et en boucherie, pas pour gagner la guerre contre l’épidémie.

Apokrif (2020-04-05T09:40:05Z)

Apparemment on va chercher des anticorps dans les dons de sang (là encore, échantillon pas vraiment aléatoire, mais mieux que rien): https://twitter.com/Fraslin/status/1246680309661343744

Apokrif (2020-04-05T09:03:49Z)

@Pascal: un googlage rapide ne me donne pas la signification du résultat de Marseille: s'agit-il de tests vraiment aléatoires, sur des Marseillais lambda, ou sont-ils faits sur des gens qui se trouvent dans des cas particuliers (maladie, contact avec un malade du COVID, beaucoup de contacts avec des tiers…) ? Dans le deuxième cas, le résultat ne serait pas extrapolable à l'ensemble de la population.

Pascal (2020-04-05T06:50:20Z)

Sur les 20 987 Marseillais testés, près de 3500 étaient porteurs du virus, soit un taux de 16,6% de positifs.

Pascal (2020-04-05T06:49:22Z)

Random testing

India tests 20 samples per million population, 2% positive,
Italy : 6,524 spM ; 22% positive
UK : 1,714 spM ; 13% positive
USA : 1,916 spM ;

nameornick (2020-04-04T07:18:26Z)

@zEgg et @Ruxor: je viens de tomber sur ceci au sujet de l'exposition répétée <URL: https://dr-gomi.blog4ever.com/sarscov2-un-virus-des-villes-pas-un-virus-des-champs-effet-de-masse-critique-en-zone-urbaine-1 >

Apokrif (2020-04-03T07:15:56Z)

@Vicnent: bien sûr, mais ma question portait sur des virus *proches*.
Cf https://www.sciencesetavenir.fr/sante/covid-19-l-immunisation-pourrait-ne-pas-etre-protectrice-d-une-prochaine-infection_143024 : « Chez certains individus, les anticorps supposés protéger d'une prochaine infection facilitent au contraire le retour du virus. C'est notamment le cas du MERS et du SRAS, proches cousins du virus du Covid-19 » (le début de l'article est peu rassurant, mais la fin l'est plus)

JML (2020-04-03T01:17:11Z)

« Pour ça, elle a utilisé une cohorte qui avait été constituée pour des analyses génétiques, la cohorte deCODE »
J'arrive pas à retrouver cette info. J'ai trouvé une boîte, deCODE, qui a fait des études génétiques sur 2/3 des adultes islandais en tout, et qui par ailleurs a proposé aux Islandais un test PCR gratuit à qui voulait.
Donc tous les Islandais qui n'avaient pas été amenés à se faire tester par les autorités (suspicion de covid ou contact avec un covidé) et qui voulaient se faire tester (peut-être parce qu'ils ont des symptômes bizarres, ou parce qu'ils voulaient être sûrs) sont allés chez deCODE, c'est ça la 2ème cohorte, et ils ont trouvé 52 covidés qui avaient échappé à la stratégie test-isolement.
Bref, si tu supposes les Islandais disciplinés, une grande partie de ceux qui ont des symptômes suspects sont allés chez deCODE, il ne leur a échappé que les vraiment peu symptomatiques…

Max (2020-04-02T11:24:40Z)

En rapport avec ton moral: perso, j'ai regarde la totalite de ce qui etait disponible de l'audition de Philippe et Veyran (youtube bfmtv, helas ecourtee de quelques minutes a cause du direct bien moins interessant de Salomon).

Il y a quand meme pas mal d'elements encourageants sur la realite de la gestion politique… en particulier les commandes de masques/respirateurs/etc

zEgg (2020-04-02T07:20:31Z)

@Ruxor, l'agence de santé publique suédoise, par la voix de l'épidémiologiste d'État Anders Tegnell, est toujours très clairement déterminée a appliquer la stratégie de mitigation en contraste avec les pays voisins.

Quand j'ai écrit ce commentaire il insistait sur le fait que la priorité absolue était de tester les groupes à risques (contrairement à ce que tu souhaites). Dans la conférence de presse de lundi (<URL: https://www.svtplay.se/video/26220318/nyheter-direkt/presstraff-med-folkhalsomyndigheten-teckensprakstolkat-3?start=auto >), un journaliste lui a demandé pourquoi attendre d'avoir des symptômes pour tester et il a répondu (à 42:24) "Sen varken kan eller ska man testa personer som inte har symtom för att testerna är inte gjorda på det viset. Det ger inga bra resultat." ("On ne peut pas et ne fera pas de tests sur les personnes qui n'ont pas de symptômes car les tests ne sont pas faits de cette façon. Ils ne donnent pas de bons résultats.")

Comme partout, les choses évoluent vite, et les responsables n'arrêtent pas de changer de chemise, et dès le lendemain on apprenait qu'il y aura bien des tests un peu moins ciblés.

Ensuite il y a ces évènements ou de grands groupes de personnes (alors) asymptomatiques se rassemblent et une semaine plus tard ils sont tous malades. C'est arrivé à la fille d'une collègue. Voir aussi <URL: https://metro.co.uk/2020/03/31/two-choir-members-die-coronavirus-group-met-sing-despite-pandemic-12484955/ >. Mais ce n'est pas très systématique et il peut y avoir d'autres explications.

Il semble aussi que les symptômes dépendent de la charge virale lors de l'exposition. Par exemple le personnel médical semble avoir des symptômes plus sévères (et des morts plus jeunes) <URL: https://edition.cnn.com/2020/03/16/health/doctors-coronavirus-health-care-hit-harder/index.html >. Il peut aussi y avoir beaucoup d'explications.

Je ne sais plus où j'ai entendu l'histoire du mécanisme d'équilibre immunitaire en dessous d'un seuil détectable. Si un expert ne commente pas, tu peux donc considérer ça comme fake news.

Bruno autodidacte (2020-04-01T15:55:46Z)

Si le gouvernement disait le plan de sortie est de se donner du temps pour 1) fabriquer des masques 2) fabriquer des respirateurs en réquisitionnant les industries 3) en savoir plus sur la maladie et l’épidémie 4) voir si l’on avant sur des traitements et 5) créer des lits d’hôpital … les gens auraient au moins le sentiment qu’il y a une sorte de plan pour la première étape.

Ce serait une bonne idée d’utiliser des modelisateurs qui travaillent dans la finance, au chômage technique en ce moment - j’ai déjà parlé même à des normaliens mathématiciens devenus structureurs de produits dérivés et qui ont une relativement bonne intelligence fluide, qui pourraient aider les gens qui connaissent la maladie mais qui ne savent pas calculer. Car si le discours des spécialistes de santé publique sont le reflet en termes de qualité de leurs modèles, cela n’est pas très rassurant .

Ruxor (2020-04-01T13:23:56Z)

@zEgg: Peux-tu en dire plus sur cette hypothèse que « Il est possible que presque toute la population non-malade ait une petite charge virale non nulle mais tenue en équilibre par le système immunitaire en-dessous d'un seuil détectable, et ce sont les expositions répétées à tous ces porteurs sains qui feraient basculer la balance vers le symptomatique. » Qui avance cette hypothèse, sur la base de quels faits, et quelles conclusions en tirerait-on sur la gestion de l'épidémie ?

Egan (2020-04-01T11:09:12Z)

Un document compilant le retour d'expérience et les conseils des chinois :

http://yvespeysson.fr/coronavirus/Handbook+of+COVID-19.pdf

Pas mal d'infos.

Vicnent (2020-04-01T01:08:34Z)

Apokrif (2020-03-31T16:17:08+0200

Herpes, Zona, Hepatite C, HIV, papillomaVirus, les verrues, pour ne citer que ceux qui me sont venus en tête tout de suite.

Bruno autodidacte (2020-03-31T20:05:51Z)

Apokrif, je ne suis ni virologue ni toubib ni même biologiste.

Mais je dirais que si la réponse n’est pas « c’est très improbable », et qu’on est en asymétrie d’information, il faut agir comme si c’était le cas, car tout vaut mieux que d’avoir même 0,1% de chances d’avoir la majorité de sa population définitivement plombée. C’est l’un des rares cas où il n’y a pas stricto sensu de reaction trop zélée.

En revanche je suis d’accord avec David que réagir à l’aveugle n’est pas l’idéal, mais si les données ne permettent que d’écarter quelques erreurs. Et cela me choque autant que lui de voir que ceux qui nous dirigent confondent mitiger et annuler, qui ne sont pas mutuellement exclusifs à un instant donné, mais qui le sont strictement dans la durée !

Pour donner un exemple sur les remèdes et les donnes, aumoyen-âge, certains conseillers avaient convaincus les bourgeois que la peste n’était pas simplement dans l’air mais propagée par les chiens et les chats. Les données pouvaient permettre de se rendre compte que tuer tous les chiens et les chats n’est pas idéal, mais hélas vraisemblablement après la bataille … ces donnés seront plus importantes pour l’avenir. Peut être que le confinement quand il intervient trop tard et n’est pas total augmente la propagation et le nombre de cas (comme sur un bateau).

J’ai remarque que la religion, la politique et le ski sont particulièrement appréciées du virus.

Apokrif (2020-03-31T19:07:51Z)

Quelques infos sur les séquelles de la maladie: https://www.cnews.fr/france/2020-03-31/guerir-du-coronavirus-et-apres-quelles-sont-les-sequelles-laissees-par-le-covid-19

jonas (2020-03-31T17:54:17Z)

Out of curiosity, Ruxor, have you reread Asimov's “The Naked Sun” yet for its obvious current relevance? Or is that impossible because you don't have the book at home and all the libraries are closed?

Apokrif (2020-03-31T14:17:08Z)

@Bruno autodidacte: « conséquences éventuelles de long terme de la maladie pour la fraction infectée de la population »

Connaît-on des virus semblables à celui-ci qui auraient des conséquences à long terme pour des gens qui ont été peu ou pas malades au moment de l'infection ?

Bruno autodidacte (2020-03-31T10:32:41Z)

Les données n’ont pas la valeur prédictive que tu leur assignes quand on ne connaît pas la variance. Peu importe de savoir si 3% de la population est contaminée si une semaine après c’est 30%.

De plus, le taux de mortalité lui-même n’est pas si fondamental quand on ne connaît pas conséquences éventuelles de long terme de la maladie pour la fraction infectée de la population.

Enfin, si les malades pouvaient connaître les conditions de vie futures des personnes en respiration artificielle pendant plus d’un jour, j’imagine que l’immense majorité, même parmi les plus jeunes, préfèrerait la sédation. J’ai anecdotiquement entendu autrefois de nombreuses personnes travaillant en unité de soins intensifs (rattachées à Paris V et VI) dirent que leur travail était en général inutile au vue de ses conséquences sur la vie des patients même quand le taux de survie est habituellement de 75% contre 50% avec le covid19.

ama (2020-03-31T09:40:39Z)

Bonne nouvelle pour un déprimé symptomatique. Une telle étude commence ces jours-ci en Allemagne, dans le canton de Heinsberg (Westphalie), menée par les Pr. H. Streek et R. Schmithausen de l'université de Bonn. La date du début des infections dans cette commune est connue (15.02.20), cette ville était le premier foyer épidémique en Allemagne. Elle fut mise en quarantaine début mars. On peut considérer que les données récoltées peuvent se généraliser au pays entier, avec un retard de 15 jours environ pour l'Allemagne, 8 jours donc pour la région de Mulhouse.

1) Échantillon aléatoire de 1000 personnes (déjà établi et certifié), trois échantillons par personne (nasal, salive, sang). Les tests seront réalisés avec le plus grand soin (tant méthodologique que technique).

2) Échantillon aléatoire de 500 cellules familiales, trois échantillons par personne, prélèvements dans le domicile et sur les objets. Le but est de préciser les modes de transmission dans des groupes confinés ensemble. Je rappelle que le confinement en Allemagne est réel depuis une dizaine de jours, sans que des mesures autoritaires aient été imposées par l'Etat.

Les résultats seront disponibles d'ici 15 jours.
Je ne dispose pas de liens vers ce protocole, il vient d'être présenté sur certaines chaînes allemandes (Phoenix, ZDF). Cela doit se trouver facilement, surtout si on sait lire l'allemand.

D'ici là, restons calmes et confiants (difficile certes).

Apokrif (2020-03-31T08:54:42Z)

« proposer un test gratuit (voire rémunéré !) »

Rémunération -> risque de biais dans l'échantillon(cibler des gens pauvres et/ou peu douillets ?)

Idem pour les tests sérologiques prévus: pas besoin de tester tout le monde (pour savoir exactement qui peut être déconfiné), juste un échantillon représentatif de la population (éventuellement par région voire commune…) pour savoir si on a atteint l'immunité grégaire et si on peut donc lever ou alléger le confinement sans trop de risques ?

D'ailleurs, plutôt que de faire un test sérologique personne par personne pour savoir qui est (supposé) immunisé, envisage-t-on de lever au moins partiellement (par exemple pour aller au travail) pour les seules personnes qui (selon âge, état de santé…) sont les moins à risque ? Eventuellement avec une priorité selon que le travail est plus ou moins nécessaire, qu'on dispose de moyens de protection individuels plus ou moins efficaces, que le lieu de travail est plus ou moins bondé…

Apokrif (2020-03-31T08:43:58Z)

En complément de Twitter ( https://twitter.com/gro_tsen/status/1244286810311794694 ) avez-vous essayé, pour contacter les autorités, des endroits comme Tchap ou l'instance Mastodon d'Etalab, où on peut cibler plus facilement les bonnes personnes ?

Haroun (2020-03-30T19:51:27Z)

> cette interview de Josselin Garnier pour France Info qui comme moi appelle à ce que la France réalise des tests aléatoires pour estimer le nombre de porteurs asymptomatiques

Je me demande si le gouvernement utilise correctement les resources dont il dispose dans son processus de décision. A vrai dire, je ne sais vraiment pas si on est dans une situation où tout le monde s'improvise sélectionneur de l'équipe de foot en temps de coupe du monde (les anaylses de Garnier ou Ruxor sont peut-être des évidences pour le comité d'experts qui conseille Macron), ou si au contraire il faut trouver un moyen de mieux faire germer puis remonter les idées depuis les scientifiques vers l'exécutif. Peut-être que les instituts de recherche et les universités ont un rôle à jouer pour organiser ça.

Vicnent (2020-03-30T19:29:14Z)

sur les tests aléatoires et leur rendu probablement possible, à grande échelle dès le mois de mai.
<URL: https://www.ouest-france.fr/sante/virus/coronavirus/un-test-serologique-du-covid-19-cree-en-ille-et-vilaine-6795944 >

zEgg (2020-03-30T19:27:22Z)

Il semblerait que les tests de porteurs asymptomatiques soient assez peu fiables et c'est la raison avancée par les autorités suédoises pour ne pas les pratiquer. Il est possible que presque toute la population non-malade ait une petite charge virale non nulle mais tenue en équilibre par le système immunitaire en-dessous d'un seuil détectable, et ce sont les expositions répétées à tous ces porteurs sains qui feraient basculer la balance vers le symptomatique.

Vicnent (2020-03-30T19:24:43Z)

Ruxor (2020-03-30T18:54:02Z)

(Et j'oubliais, dans mon commentaire précédent, qu'on ne connaît pas, en tout cas moi je ne connais pas, le taux de croissance — le temps de doublement, si on veut — de l'épidémie en Islande. Ça fait vraiment trop d'inconnues, tout ça.)

Ruxor (2020-03-30T18:30:15Z)

@francois: Ah mais je n'ai pas prétendu calculer un taux de létalité sur la base des données islandaises. Ce que j'ai dit c'est « à un stade où le pays a un taux de mortalité observé par Covid-19 de seulement 0.0006%, ce pays a déjà au moins 1% d'infectés » : oui, bien sûr que ce rapport est en partie du à un décalage dans le temps entre infection et décès. Je prétends juste en conclure que la France, qui a un taux de mortalité observé bien supérieur, pour ne pas parler spécifiquement du Haut-Rhin, doit donc avoir un taux d'infection bien supérieur, et donc mesurable par des échantillons aléatoires même modestes.

Maintenant, si on veut calculer un taux de létalité sur la base des données islandaises, il y a un fait important qu'il faut savoir, c'est à quand remontent les tests en question (ceux qui ont donné 1% d'infectés) ! Or je n'ai pas cette information. Je vois un article de presse du 23 mars qui parle de résultats préliminaires, donc je pense que les tests datent de quelques jours avant ce moment-là. Du coup, ce n'est pas 17 jours qu'il faut utiliser dans les calculs, mais moins, puisque le nombre de décès, lui, il est d'aujourd'hui. Mais bon, sur la base de seulement 2 morts et sans connaître la date des tests, on ne peut vraiment pas conclure grand-chose.

francois (2020-03-30T17:37:16Z)

ET la même methode pour la France donne dans les 1,5 millions de malades, un sur 40 aussi

francois (2020-03-30T17:30:07Z)

Bonjour

Tout à fait d'accord avec le testing aléatoire pour avoir une idée du nombre de malades. C'est ce que veut faire Sunetra Gupka d'Oxford que tu mentionnes (a-t-elle commencé à analyser les résultats ?), et c'est scandaleux que Veran n'en ait pas parlé. Que font les scientifiques qui conseillent ces gens ? Tu as raison, avec un petit détournement de 100 tests on obtient une prcision déjà pas mal.

Mais je pense que tu commets une erreur avec les données islandaises, erreur qui tourne peut-être autour de la confusion entre taux de létalité et de mortalité. Je parle ici de la proba de mourir un jour à partir du moment où tu es infecté.
Voici le raisonnement, que j'ai trouvé sur le fameux article de Pueyo :

S'il y a un mort à t,
c'est qu'il a été infecté à t - 17 jours en moyenne,
Si on prend comme létalité (donc la probabilité de mourir un jour (typiquement au bout de 17 jours donc) quand tu es malade) p, on conclut que à t - 17, il y a eu 1/p contaminations.
Mais en 17 jours, on a 3 temps de doublement (si on prend 6 jours), ou plutôt 4 (si on prend 4 jours, ce qui est plus réaliste).
Donc il y a 16/p nouveaux malades à au jour t :
d'où la méthode d'estimation : à m nouveaux morts à la date t, on peut dire que le nombre de malades à t augmente de 16 m /p.
Pour bien faire, il faut plutôt raisonner sur une tranche de 3 jours. LE nombre de nouveaux malades sur une tranche de 3 jours (qui est en gros le total de tous les malades qui ont eu lieu avant, suite géom raison 2) est de l'ordre de 16 m /p.

Avec les données islandaises, si les 3000 malades correspondent à (en très gros) 1500 malades nouveaux sur les derniers jours où on a trouvé un mort, on trouve en gros une létalité de 1%.

Inversement, pour estimer le nombre total de malade, on regarde le nombre de nouveaux morts sur une durée de trois jours, on multiplie par 16 / p.
En belgique par exemple en prenant 1%, on a eu 220 nouveaux morts en trois jours, on est donc à 300 000 malades, un Belge sur 40. Mais attention, on est à confinement + 12 jours, donc ça devrait justement se tasser.

Tout ça pour dire que ce que tu dis sur les Islandais me paraît optimiste, et confirme au contraire le 1% qu'on voit ici ou là.

Que penses-tu de cette méthode ? Je me goure complètement ?

François C

Ni (2020-03-30T17:24:32Z)

Apparemment, les pays-bas on prévu de faire ça à partir des dons du sang: <URL: https://nltimes.nl/2020/03/19/blood-banks-test-covid-19-herd-immunity-netherlands-report >

JML (2020-03-30T16:14:36Z)

Oui les faux positifs sur PCR sont censés venir de contaminations donc répétition du test pour lever le doute.

Comment arrives-tu à 20% dans le Haut-Rhin ?
Je pense que tu peux et devrais détailler le processus, montrer que 20% est raisonnable est une partie importante de la démarche.

PS pour le cas de l'Islande, il est important de demander comment se comportent les postillons _gelés_. Ont-ils la même distribution en distance ? Rebondissent-ils sur les vêtements ? Vont-ils s'entrechoquer avec les postillons d'un interlocuteur pour multiplier les fragments fins infectants ?

PPS les sous-populations qui respectent moins bien le confinement ou sont plus exposées dans leur travail devraient arriver à peu près maintenant à l'hôpital. Des tas de données sociologiques précieuses passent : qui est contaminé en premier, puis qui est peu confinable.

Vicnent (2020-03-30T16:12:27Z)

Bien ! Je trouve un chouia dommage que le billet n'aborde pas la question finalement essentielle qui est Politique : si on a le (15 ou le) 30 avril, 2 ou 5 ou 15 ou 30% de citoyens immunisés, quelles sont alors les stratégies de sortie envisageables / optimales / interdites à ce moment-là.
Parce que nous sommes bien d'accord, savoir pour savoir ne sert à rien.

Le savoir est un outil de décision. Si le 30 avril il y a un faible taux d'immunisés et comme on ne va pas confiner 18 mois non plus, peut être pourrait-on « relâcher » les 25 - 45 ans dans un premier temps, ce qui permettrait peut-être de remettre les écoles pour juin puis finalement tout le monde en juillet, de sorte que l'économie ne soit pas trop par terre d'une part, tout en permettant à la réa de juguler petit à petit le flot. Quitte à par exemple décaler les grandes vacances de juillet aout en aout septembre et s'y préparer tous (entreprises, salariés, écoles, tourisme, …). C'est notamment en ce sens que ces tests aléatoires de mesure effective de la part de population immunisée sont tout à fait vitaux dans toutes les dimensions (sanitaires, sociétales, économiques, …). C’est même leur raison d'être et leur obligation absolue.

J'ai trouvé les couples "E Philippe et al." assez clairs et pédago finalement, mais je reste néanmoins sur ma faim : ils donnent l'impression de bien comprendre la situation actuelle mais "n'envisagent en rien demain" au moins en terme d'information ou d'hypothèses. Quand je dis demain, évidemment, c'est la phase de sortie de confinement. Qui elle, sera soumise à toute sorte de contraintes et parfois non des moindres (les gens pourraient être déconfinés, tout en interdisant les étrangers d'y venir, sous réserve d'une quarantaine stricte de 15 jours : autant dire qu'en terme de tourisme, de TVA, de croissance, c'est aussi la cata…)

Et quand bien même tout cela, je n'arrive pas à croire que certains (10, 30, 50 % de la population, d'une classe d'âge, d'une portion géographique, …) restent confinés 3 ou 4 voire 6 mois.

PC (2020-03-30T15:53:57Z)

Il semble que l'Allemagne a l'intention de s'y mettre:
https://www.dailymail.co.uk/news/article-8165563/Germany-issue-coronavirus-immunity-certificates.html

Ruxor (2020-03-30T15:31:49Z)

Avec la pratique de tests massive de l'Islande j'ose espérer que les ~50 personnes qui ont été testées positives, on les a surveillés médicalement et on leur a fait refaire un test derrière pour confirmer. Mais je n'en sais rien. C'est bien pour ça qu'il faut faire beaucoup plus d'études pour savoir ce qu'il en est !

Autre touriste (2020-03-30T15:07:51Z)

Bof pour l'Islande. Ça peut tout bêtement vouloir dire que le test a 1% de faux positifs.


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